PDB-9mrx: Cryo-EM structure of KwaA-KwaB complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9mrx

タイトル

Cryo-EM structure of KwaA-KwaB complex

要素

Kiwa protein KwaA
Kiwa protein KwaB

キーワード

IMMUNE SYSTEM / KwaA-KwaB complex / anti-phage defense

機能・相同性

Protein of unknown function DUF4868 / : / : / Kiwa protein KwaB-like / defense response to virus / plasma membrane / Kiwa protein KwaA / Kiwa protein KwaB

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.75 Å

データ登録者

Zhang, Z. / Patel, D.J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of KwaA-KwaB complex
著者: Zhang, Z. / Patel, D.J.

履歴

登録	2025年1月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年8月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年8月6日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年8月6日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年8月6日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年8月6日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年8月6日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9mrx.cif.gz	511.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9mrx.ent.gz	429.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9mrx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9mrx_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9mrx_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	9mrx_validation.xml.gz	88.5 KB	表示
CIF形式データ	9mrx_validation.cif.gz	131.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mr/9mrx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mr/9mrx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	48564MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

G: Kiwa protein KwaA

A: Kiwa protein KwaA

C: Kiwa protein KwaA

I: Kiwa protein KwaA

K: Kiwa protein KwaB

L: Kiwa protein KwaB

H: Kiwa protein KwaB

J: Kiwa protein KwaB

D: Kiwa protein KwaB

E: Kiwa protein KwaB

F: Kiwa protein KwaB

343 kDa, 11 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Kiwa protein KwaA 分子量: 22526.590 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: kwaA, ECO55CA74_24535 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DW45
#2: タンパク質	Kiwa protein KwaB 分子量: 36147.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: kwaB, ECO55CA74_24530 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DW46
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: KwaA-KwaB COMPLEX / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)	生物種: Escherichia coli (大腸菌)
由来(組換発現)	生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液	pH: 7.5
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズ	モード: DIFFRACTION / 最大デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影	電子線照射量: 58.73 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487 / カテゴリ: モデル精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

3次元再構成

解像度: 3.75 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 73574 / 対称性のタイプ: POINT

精密化

最高解像度: 3.75 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.005	24601
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.976	33177
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	5.848	3196
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.055	3842
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.008	4162

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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