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- PDB-9ml8: Crystal structure of the SARS-CoV-2 RBD in complex with the rabbi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ml8
タイトルCrystal structure of the SARS-CoV-2 RBD in complex with the rabbit M8b-B1 Fab
要素
  • M8b-B1 heavy chain
  • M8b-B1 light chain
  • Spike protein S1
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / immune system / neutralizing antibody / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / receptor ligand activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Fan, C. / Bjorkman, P.J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01-AI165075 米国
Bill & Melinda Gates Foundation 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2025
タイトル: Cross-reactive sarbecovirus antibodies induced by mosaic RBD nanoparticles.
著者: Chengcheng Fan / Jennifer R Keeffe / Kathryn E Malecek / Alexander A Cohen / Anthony P West / Viren A Baharani / Annie V Rorick / Han Gao / Priyanthi N P Gnanapragasam / Semi Rho / Jaasiel ...著者: Chengcheng Fan / Jennifer R Keeffe / Kathryn E Malecek / Alexander A Cohen / Anthony P West / Viren A Baharani / Annie V Rorick / Han Gao / Priyanthi N P Gnanapragasam / Semi Rho / Jaasiel Alvarez / Luisa N Segovia / Theodora Hatziioannou / Paul D Bieniasz / Pamela J Bjorkman /
要旨: Broad immune responses are needed to mitigate viral evolution and escape. To induce antibodies against conserved receptor-binding domain (RBD) regions of SARS-like betacoronavirus (sarbecovirus) ...Broad immune responses are needed to mitigate viral evolution and escape. To induce antibodies against conserved receptor-binding domain (RBD) regions of SARS-like betacoronavirus (sarbecovirus) spike proteins that recognize SARS-CoV-2 variants of concern and zoonotic sarbecoviruses, we developed mosaic-8b RBD nanoparticles presenting eight sarbecovirus RBDs arranged randomly on a 60-mer nanoparticle. Mosaic-8b immunizations protected animals from challenges from viruses whose RBDs were matched or mismatched to those on nanoparticles. Here, we describe neutralizing mAbs isolated from mosaic-8b-immunized rabbits, some on par with Pemgarda, the only currently FDA-approved therapeutic mAb. Deep mutational scanning, in vitro selection of spike resistance mutations, and single-particle cryo-electron microscopy structures of spike-antibody complexes demonstrated targeting of conserved RBD epitopes. Rabbit mAbs included critical D-gene segment RBD-recognizing features in common with human anti-RBD mAbs, despite rabbit genomes lacking an equivalent human D-gene segment, thus demonstrating that the immune systems of humans and other mammals can utilize different antibody gene segments to arrive at similar modes of antigen recognition. These results suggest that animal models can be used to elicit anti-RBD mAbs with similar properties to those raised in humans, which can then be humanized for therapeutic use, and that mosaic RBD nanoparticle immunization coupled with multiplexed screening represents an efficient way to generate and select broadly cross-reactive therapeutic pan-sarbecovirus and pan-SARS-CoV-2 variant mAbs.
履歴
登録2024年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年6月4日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spike protein S1
B: Spike protein S1
C: Spike protein S1
D: Spike protein S1
E: M8b-B1 heavy chain
F: M8b-B1 light chain
H: M8b-B1 heavy chain
L: M8b-B1 light chain
M: M8b-B1 heavy chain
N: M8b-B1 light chain
P: M8b-B1 heavy chain
Q: M8b-B1 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)291,68523
ポリマ－289,31512
非ポリマー2,37011
水13,601755
1
A: Spike protein S1
H: M8b-B1 heavy chain
L: M8b-B1 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,9456
ポリマ－72,3293
非ポリマー6173
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Spike protein S1
E: M8b-B1 heavy chain
F: M8b-B1 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,8495
ポリマ－72,3293
非ポリマー5202
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Spike protein S1
M: M8b-B1 heavy chain
N: M8b-B1 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,9456
ポリマ－72,3293
非ポリマー6173
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Spike protein S1
P: M8b-B1 heavy chain
Q: M8b-B1 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,9456
ポリマ－72,3293
非ポリマー6173
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)175.074, 173.441, 129.928
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 116.552, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

-
要素

-
抗体 , 2種, 8分子 EHMPFLNQ

#2: 抗体
M8b-B1 heavy chain


分子量: 24956.049 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体
M8b-B1 light chain


分子量: 23367.736 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 ABCD

#1: タンパク質
Spike protein S1


分子量: 24004.926 Da / 分子数: 4 / 断片: Receptor-Binding Domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2
#4: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 2種, 762分子

#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 755 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M lithium sulfate 0.1 sodium citrate 20% (w/v) PEG 1,000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月11日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→39.15 Å / Num. obs: 133293 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 38.38 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.172 / Rpim(I) all: 0.068 / Rrim(I) all: 0.185 / Χ2: 0.92 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.989 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 6593 / CC1/2: 0.769 / Rpim(I) all: 0.388 / Rrim(I) all: 1.063 / Χ2: 0.95 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.2_5419精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→39.15 Å / SU ML: 0.3103 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.5508
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2468 1757 1.32 %
Rwork0.2227 131154 -
obs0.223 132911 98.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 55.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→39.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19488 0 147 755 20390
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002120215
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.530227562
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04323053
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00373519
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.24637218
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.460.35591370.283610170X-RAY DIFFRACTION98.92
2.46-2.540.31891350.275410060X-RAY DIFFRACTION98.94
2.54-2.620.30011340.265710109X-RAY DIFFRACTION98.92
2.62-2.710.33161360.274310087X-RAY DIFFRACTION98.82
2.71-2.820.2921360.260910109X-RAY DIFFRACTION98.6
2.82-2.950.27841280.24839675X-RAY DIFFRACTION94.58
2.95-3.110.31071370.252510173X-RAY DIFFRACTION99.4
3.11-3.30.26741360.244410184X-RAY DIFFRACTION99.55
3.3-3.550.24231360.233610177X-RAY DIFFRACTION99.4
3.55-3.910.23181370.210110178X-RAY DIFFRACTION99.22
3.91-4.480.21511320.18429854X-RAY DIFFRACTION95.84
4.48-5.640.19921370.178410250X-RAY DIFFRACTION99.74
5.64-39.150.19891360.210510128X-RAY DIFFRACTION97.39
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.707517165640.920858419703-1.102602807681.75469321441-0.7447979666661.36490008299-0.00392816022032-0.0289804752548-0.0861605165658-0.0565931270632-0.0336493567644-0.0175962570471-0.1731843565440.03203412797260.01081712506990.325877262738-0.115995933818-0.06618557050450.4522990365790.05708755289090.25892159757140.548634826923.148598759915.5789387183
22.00126226538-1.360267362281.062720379762.05228447018-1.131034573911.497872187330.03015784672580.10683095792-0.1280851610040.08439191992470.0146732205618-0.104948199767-0.011855637784-0.0796612933621-0.04233493943560.4119681449540.116417075198-0.0868486138690.332522089524-0.06420086497990.286285834257-19.924211602814.421201724115.580846451
31.944936903521.38880240834-0.9844993506572.10821340894-1.626979615741.247376860320.148220928925-0.265423567430.2340488603180.0250644783845-0.0763020283448-0.0846457955514-0.034317626405-0.188694199939-0.04842850476660.480268760853-0.1549884176170.116697941620.397182984156-0.1045017906320.337283482629-20.070017704550.1604585461100.580545736
42.75914799775-2.106765491061.584432188152.01333084389-0.7181494483150.884564598503-0.148372667724-0.26392631640.1455734783030.3873020130220.2060560810290.153037578820.0406376970861-0.0993691367899-0.04424611618980.4626125271230.1745558742190.1100952741770.5846904733240.1354942617040.38575673202940.833074281140.8872165169100.580078234
50.4897995803750.124655507606-0.330106524363.100421206911.105396146581.596014421630.0009238418552-0.126515548597-0.02850224686610.663148434289-0.1800326690160.4858167222770.205425809238-0.08545917000610.01116435778390.3050779805920.00142121150110.09817907096690.267198984606-0.03980163138380.308347638399-3.263372497862.2360990207955.0349981642
60.1426193902770.0684033948662-0.656661185883.13423034991.796326971682.392291332080.04687538545950.01255086908650.1705872764120.705415264733-0.4505112338480.7524406551310.3169995168410.267305523283-0.07437515361680.435146027172-0.03921538316170.1411007601210.318681208088-0.1229928371250.404095394449-8.5257182322118.54286885863.0863827646
72.80073199390.002750343101151.044653237190.7467648031570.7074714975571.29592876755-0.179321005089-0.6244999361860.3927381575860.205559534743-0.0637527540326-0.0379161801972-0.000580285320607-0.219232013347-0.004856888175470.2585939465420.00342677337167-0.05228355792630.344801963925-0.07816509771540.32433608398228.28154188316.6512945729755.0703725884
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122.736761255320.0594649008918-1.27065433361-0.01263167152130.664922315832.30917177944-0.3697180495720.558993723456-0.7436364757310.01223647733180.0862454148333-0.100275068605-0.330420120611-0.3333515373060.0871974211510.361881376846-0.03067055887960.1106083337860.434841660568-0.1231654445850.49192967176244.823099053252.517161544853.3697052335
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11(chain 'A' and resid 333 through 528)AA333 - 5281 - 196
22(chain 'B' and resid 333 through 528)BD333 - 5281 - 196
33(chain 'C' and resid 333 through 528)CG333 - 5281 - 196
44(chain 'D' and resid 333 through 528)DJ333 - 5281 - 196
55(chain 'E' and resid 2 through 214)EM2 - 2141 - 224
66(chain 'F' and resid 1 through 213)FN1 - 2131 - 216
77(chain 'H' and resid 2 through 214)HO2 - 2141 - 224
88(chain 'L' and resid 1 through 213)LP1 - 2131 - 216
99(chain 'M' and resid 2 through 214)MQ2 - 2141 - 224
1010(chain 'N' and resid 1 through 213)NR1 - 2131 - 216
1111(chain 'P' and resid 2 through 214)PS2 - 2141 - 224
1212(chain 'Q' and resid 1 through 212)QT1 - 2121 - 215

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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