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- PDB-9md9: Photoactivation in Bacteriophytochromes; 3ps TR-SFX structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9md9
タイトルPhotoactivation in Bacteriophytochromes; 3ps TR-SFX structure
要素Photoreceptor-histidine kinase BphP
キーワードSIGNALING PROTEIN / phytochrome / SaBphP2 / time-resolved serial femtosecond crystallography
機能・相同性
機能・相同性情報


osmosensory signaling via phosphorelay pathway / detection of visible light / phosphorelay response regulator activity / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / protein kinase activator activity / photoreceptor activity / regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
Phytochrome / : / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain ...Phytochrome / : / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / PAS domain superfamily / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
BENZAMIDINE / BILIVERDINE IX ALPHA / histidine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Stigmatella aurantiaca (バクテリア)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / フーリエ合成 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Schmidt, M. / Malla, T.
資金援助 米国, European Union, 3件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)1231306 米国
National Science Foundation (NSF, United States)2423601 米国
European Research Council (ERC)279944European Union
引用ジャーナル: Commun Chem / 年: 2025
タイトル: Observation of early events in the photoactivation of Myxobacterial phytochrome using time-resolved serial femtosecond crystallography.
著者: Malla, T.N. / Aldama, L. / Leon, V. / Feliz, D. / Hu, H. / Thomas, I. / Cellini, A. / Wahlgren, W.Y. / Nimmrich, A. / Botha, S. / Sierra, R. / Hunter, M.S. / Poitevin, F. / Lisova, S. / ...著者: Malla, T.N. / Aldama, L. / Leon, V. / Feliz, D. / Hu, H. / Thomas, I. / Cellini, A. / Wahlgren, W.Y. / Nimmrich, A. / Botha, S. / Sierra, R. / Hunter, M.S. / Poitevin, F. / Lisova, S. / Batyuk, A. / Gate, G. / Jernigan, R. / Kupitz, C.J. / Maj, P. / Meszaros, P. / Kurttila, M. / Monrroy, L. / Luo, F. / Owada, S. / Kang, J. / Slavov, C. / Maj, M. / Gautier, C. / Kashipathy, M. / Tolstikova, A. / Mariani, V. / Barty, A. / Moss, F. / Schwander, P. / Liu, H. / Boutet, S. / Fromme, P. / Takala, H. / Ihalainen, J.A. / Weierstall, U. / Westenhoff, S. / Stojkovic, E.A. / Schmidt, M.
履歴
登録2024年12月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年10月8日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Photoreceptor-histidine kinase BphP
B: Photoreceptor-histidine kinase BphP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,2485
ポリマ－103,9632
非ポリマー1,2853
水1,00956
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6080 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area42910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.690, 83.400, 86.870
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.630, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb

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要素

#1: タンパク質 Photoreceptor-histidine kinase BphP / PCM Myxobacterial Phytochrome


分子量: 51981.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Stigmatella aurantiaca (バクテリア)
遺伝子: STIAU_8420 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q09E27
#2: 化合物 ChemComp-BLA / BILIVERDINE IX ALPHA


分子量: 582.646 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H34N4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-BEN / BENZAMIDINE


分子量: 120.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C7H8N2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.74 % / 解説: 15 - 20 micrometer plates
結晶化温度: 293 K / 手法: batch mode / pH: 5.6
詳細: mother liquor: 0.17 M Ammonium-acetate, 0.085 M Sodium citrate pH 5.6, 25.5 % PEG 4000, 15% glycerol and 3 % Benzamidine protein:motherliquor 3:2
Temp details: room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Ambient temp details: room temperature / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: MFX / 波長: 1.3 Å
検出器タイプ: SLAC ePix10k 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月24日
放射モノクロメーター: no monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.3 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→24.33 Å / Num. obs: 50738 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 1262 % / CC1/2: 0.99 / R split: 0.083 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.3 / Num. unique obs: 5024 / CC1/2: 0.164 / R split: 2.35 / % possible all: 100
Serial crystallography measurementFocal spot size: 1.5 µm2 / Pulse duration: 40 fsec. / Pulse photon energy: 9.3 keV / XFEL pulse repetition rate: 60 Hz
Serial crystallography sample delivery解説: viscous matrix / 手法: injection
Serial crystallography sample delivery injectionCarrier solvent: nuclear grade grease (superlube) / Flow rate: 3 µL/min / Injector diameter: 75 µm / Preparation: mixing
Serial crystallography data reductionCrystal hits: 142564 / Frames indexed: 88398

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21_5207精密化
CrystFEL0.9.1データ削減
CrystFEL0.9.1データスケーリング
PHENIX1.21精密化
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.3→24.33 Å / SU ML: 0.5318 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 34.4246
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2956 1927 5.1 %
Rwork0.2239 35828 -
obs0.2276 37755 74.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 25.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→24.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7320 0 95 56 7471
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00817595
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.105710368
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04931172
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01251365
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.61952814
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.360.4967630.43151061X-RAY DIFFRACTION31.36
2.36-2.420.501830.40791420X-RAY DIFFRACTION42.27
2.42-2.490.5047950.39641643X-RAY DIFFRACTION48.22
2.49-2.570.44281120.3961754X-RAY DIFFRACTION51.8
2.57-2.670.4391170.36551993X-RAY DIFFRACTION58.59
2.67-2.770.39561410.34412315X-RAY DIFFRACTION68.26
2.77-2.90.41351480.32352626X-RAY DIFFRACTION76.97
2.9-3.050.40541400.30362873X-RAY DIFFRACTION83.83
3.05-3.240.30221640.23263138X-RAY DIFFRACTION91.17
3.24-3.490.28141840.19123285X-RAY DIFFRACTION95.86
3.49-3.840.24621580.17933379X-RAY DIFFRACTION98
3.84-4.40.20971570.15353425X-RAY DIFFRACTION98.7
4.4-5.530.20781900.14253440X-RAY DIFFRACTION99.59
5.53-24.330.20331750.15943476X-RAY DIFFRACTION98.54

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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