PDB-9m5o: Plasmodium vivax aspartyl-tRNA synthetase in complex with asparty...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9m5o

タイトル

Plasmodium vivax aspartyl-tRNA synthetase in complex with aspartyl sulfamoyl adenosine (Asp-AMS) Complex

要素

aspartate--tRNA ligase

キーワード

LIGASE / AMINOACYLATION / AMINOACYL-TRNA SYNTHETASE / TRNA-BINDING / ATP-BINDING / MALARIA / INHIBITOR

機能・相同性

機能・相同性情報

aspartate-tRNA ligase / aspartate-tRNA ligase activity / aspartyl-tRNA aminoacylation / aminoacyl-tRNA synthetase multienzyme complex / RNA binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium vivax (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.839 Å

データ登録者

Sharma, V.K. / Manickam, Y. / Sharma, A. / Bagale, S. / Pradeepkumar, P.I.

資金援助

インド, 3件

組織	認可番号	国
Department of Science & Technology (DST, India)	CRG/2023/004351	インド
Indian Council of Medical Research	CAR-2024-01-000140	インド
Department of Biotechnology (DBT, India)	PR32713	インド

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Natural product-mediated reaction hijacking mechanism validates Plasmodium aspartyl-tRNA synthetase as an antimalarial drug target
著者: Ketprasit, N. / Tai, C.W. / Sharma, V.K. / Manickam, Y. / Khandokar, Y. / Ye, W. / Dogovski, C. / Hilko, D.H. / Morton, C. / Braun, A.S.C. / Leeming, M. / Bagale, S. / Pradeepkumar, P.I. / ...

履歴

登録	2025年3月6日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年6月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9m5o.cif.gz	463.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9m5o.ent.gz	374.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9m5o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9m5o_validation.pdf.gz	3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9m5o_full_validation.pdf.gz	3 MB	表示
XML形式データ	9m5o_validation.xml.gz	54.6 KB	表示
CIF形式データ	9m5o_validation.cif.gz	76.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m5/9m5o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m5/9m5o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9m5mC 9m5nC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (11) #227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: aspartate--tRNA ligase

B: aspartate--tRNA ligase

ヘテロ分子

125 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	140.253, 140.253, 267.611
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

#1: タンパク質	aspartate--tRNA ligase / Aspartyl-tRNA synthetase 分子量: 62128.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium vivax (マラリア病原虫) 遺伝子: PVC01_020016700, PVW1_020019400 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1G4H6Y1, aspartate-tRNA ligase
#2: 化合物	ChemComp-DSZ / 5'-O-(L-alpha-aspartylsulfamoyl)adenosine / 5′-O-(L-Asp-アミノスルホニル)アデノシン分子量: 461.407 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₉N₇O₉S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 888 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.77 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2M Sodium acetate trihydrate, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 25% w/v PEG 3350, PvAspRS-Asp-AMS 0.06M Divalents (0.3M Magnesium chloride hexahydrate, 0.3M Calcium chloride dihydrate), 0.1M Buffer ...詳細: 0.2M Sodium acetate trihydrate, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 25% w/v PEG 3350, PvAspRS-Asp-AMS 0.06M Divalents (0.3M Magnesium chloride hexahydrate, 0.3M Calcium chloride dihydrate), 0.1M Buffer System (Tris (base) and BICINE) pH 8.5, 30% v/v Precipitant Mix (40% v/v PEG 500 MME and 20% w/v PEG 20000)

結晶

マシュー密度: 3.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.77 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2M Sodium acetate trihydrate, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 25% w/v PEG 3350, PvAspRS-Asp-AMS 0.06M Divalents (0.3M Magnesium chloride hexahydrate, 0.3M Calcium chloride dihydrate), 0.1M Buffer ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.839→121.46 Å / Num. obs: 134470 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 39.3 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.22 / R_rim(I) all: 0.223 / Net I/σ(I): 14.7
反射シェル	解像度: 1.839→1.87 Å / R_merge(I) obs: 5.537 / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 6630 / CC_1/2: 0.366 / R_rim(I) all: 5.653 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.15rc1_3423: ???)	精密化
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定
autoPROC		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.839→50.201 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.83 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1956	6602	4.91 %
R_work	0.1677	-	-
obs	0.1691	134353	99.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.839→50.201 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8117	0	66	888	9071

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	8488
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.961	11482
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.152	7172
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	1248
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1505

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8392-1.8601	0.3665	206	0.3443	4125	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8601-1.882	0.3307	212	0.3216	4210	X-RAY DIFFRACTION	100
1.882-1.9049	0.3037	218	0.2803	4154	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9049-1.9291	0.3017	228	0.2792	4201	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9291-1.9544	0.2754	207	0.2496	4214	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9544-1.9812	0.3042	195	0.2219	4216	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9812-2.0095	0.2166	211	0.2099	4224	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0095-2.0395	0.2178	205	0.1937	4223	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0395-2.0714	0.2061	208	0.1945	4216	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0714-2.1054	0.216	220	0.1939	4175	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1054-2.1417	0.2387	235	0.1831	4230	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1417-2.1806	0.2149	223	0.1782	4191	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1806-2.2225	0.1987	213	0.1711	4241	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2225-2.2679	0.2047	217	0.171	4234	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2679-2.3172	0.209	228	0.1677	4202	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3172-2.3711	0.186	219	0.1592	4228	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3711-2.4304	0.2002	223	0.1604	4241	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4304-2.4961	0.1779	217	0.16	4241	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4961-2.5696	0.1877	239	0.1656	4227	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5696-2.6525	0.1926	234	0.1598	4228	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6525-2.7473	0.1805	231	0.1621	4252	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7473-2.8573	0.2053	209	0.1632	4278	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8573-2.9873	0.2121	215	0.1657	4288	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9873-3.1448	0.1915	229	0.1644	4264	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1448-3.3418	0.1773	243	0.1645	4297	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3418-3.5997	0.1896	218	0.1551	4306	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5997-3.9619	0.1734	194	0.1416	4359	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9619-4.5348	0.1426	229	0.1253	4386	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5348-5.7121	0.1846	224	0.1466	4428	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7121-50.201	0.1997	252	0.1852	4672	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 17.8289 Å / Origin y: 55.9617 Å / Origin z: 13.8792 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1376 Å²	0.0227 Å²	0.0201 Å²	-	0.1914 Å²	0.0209 Å²	-	-	0.1472 Å²
L	0.5677 °²	-0.0088 °²	-0.0578 °²	-	0.5199 °²	0.1823 °²	-	-	0.4407 °²
S	-0.0286 Å °	-0.0273 Å °	0.0124 Å °	0.0059 Å °	0.02 Å °	-0.0146 Å °	0.0163 Å °	0.0447 Å °	0.0047 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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