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- PDB-9m5n: Plasmodium vivax aspartyl-tRNA synthetase in complex with asparty... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9m5n
タイトルPlasmodium vivax aspartyl-tRNA synthetase in complex with aspartyl-adenylate (Asp-AMP) Complex.
要素aspartate--tRNA ligase
キーワードLIGASE / AMINOACYLATION / AMINOACYL-TRNA SYNTHETASE / TRNA-BINDING / ATP-BINDING / MALARIA / INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


aspartate-tRNA ligase / aspartate-tRNA ligase activity / aspartyl-tRNA aminoacylation / aminoacyl-tRNA synthetase multienzyme complex / RNA binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aspartate-tRNA synthetase, type 2 / Aspartyl/Asparaginyl-tRNA synthetase, class IIb / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (D/K/N) / tRNA synthetases class II (D, K and N) / OB-fold nucleic acid binding domain, AA-tRNA synthetase-type / OB-fold nucleic acid binding domain / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / ASPARTYL-ADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / aspartate--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.14 Å
データ登録者Sharma, V.K. / Manickam, Y. / Sharma, A. / Bagale, S. / Pradeepkumar, P.I.
資金援助 インド, 3件
組織認可番号国
Department of Science & Technology (DST, India)CRG/2023/004351 インド
Indian Council of Medical ResearchCAR-2024-01-000140 インド
Department of Biotechnology (DBT, India)PR32713 インド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Natural product-mediated reaction hijacking mechanism validates Plasmodium aspartyl-tRNA synthetase as an antimalarial drug target
著者: Ketprasit, N. / Tai, C.W. / Sharma, V.K. / Manickam, Y. / Khandokar, Y. / Ye, W. / Dogovski, C. / Hilko, D.H. / Morton, C. / Braun, A.S.C. / Leeming, M. / Bagale, S. / Pradeepkumar, P.I. / ...著者: Ketprasit, N. / Tai, C.W. / Sharma, V.K. / Manickam, Y. / Khandokar, Y. / Ye, W. / Dogovski, C. / Hilko, D.H. / Morton, C. / Braun, A.S.C. / Leeming, M. / Bagale, S. / Pradeepkumar, P.I. / Panjikar, S. / Poulsen, S.A. / Griffin, M.D.W. / Sharma, A. / Tilley, L. / Xie, S.C.
履歴
登録2025年3月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年6月4日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: aspartate--tRNA ligase
B: aspartate--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,4858
ポリマ－124,2582
非ポリマー1,2276
水8,845491
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11430 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area39620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)139.939, 139.939, 271.801
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 aspartate--tRNA ligase / Aspartyl-tRNA synthetase


分子量: 62128.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
遺伝子: PVC01_020016700, PVW1_020019400 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1G4H6Y1, aspartate-tRNA ligase
#2: 化合物 ChemComp-AMO / ASPARTYL-ADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE


分子量: 462.309 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H19N6O10P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 491 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2M Sodium acetate trihydrate, 0.1M Bis-Tris pH 5.5, 25% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.14→121.19 Å / Num. obs: 80749 / % possible obs: 92.6 % / 冗長度: 34.8 % / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.12 / Net I/σ(I): 23.4
反射 シェル解像度: 2.14→2.18 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 4253 / CC1/2: 0.352 / Rrim(I) all: 4.391 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.21.2_5419: ???)精密化
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
autoPROCデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.14→60.6 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2215 4010 4.98 %
Rwork0.1838 --
obs0.1856 80475 92.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.14→60.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8043 0 82 491 8616
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.89311262
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.6423102
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0521236
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081472
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.14-2.160.35991460.35382690X-RAY DIFFRACTION96
2.16-2.190.36071680.32622761X-RAY DIFFRACTION99
2.19-2.220.30681360.30422822X-RAY DIFFRACTION100
2.22-2.230.3369670.29411352X-RAY DIFFRACTION94
2.27-2.280.296510.29141036X-RAY DIFFRACTION97
2.28-2.310.29211320.26012837X-RAY DIFFRACTION100
2.31-2.340.29911430.26452832X-RAY DIFFRACTION100
2.34-2.380.2921620.24832801X-RAY DIFFRACTION100
2.38-2.420.32991710.25972800X-RAY DIFFRACTION100
2.42-2.460.28161570.24652798X-RAY DIFFRACTION100
2.46-2.510.27061570.23922807X-RAY DIFFRACTION100
2.51-2.560.29931400.22312828X-RAY DIFFRACTION100
2.56-2.610.22041680.19452811X-RAY DIFFRACTION100
2.61-2.650.22811260.19092292X-RAY DIFFRACTION100
2.69-2.730.2135940.17731803X-RAY DIFFRACTION99
2.73-2.790.23531480.1782835X-RAY DIFFRACTION100
2.79-2.870.23221410.18152844X-RAY DIFFRACTION100
2.87-2.950.22191200.19172878X-RAY DIFFRACTION100
2.95-3.050.25431580.20022840X-RAY DIFFRACTION100
3.05-3.160.23931420.20342837X-RAY DIFFRACTION100
3.16-3.280.22861540.18422865X-RAY DIFFRACTION100
3.28-3.420.19811400.17662670X-RAY DIFFRACTION100
3.45-3.620.17241310.17112519X-RAY DIFFRACTION100
3.62-3.840.22391140.17032456X-RAY DIFFRACTION85
3.84-4.140.20161220.15422435X-RAY DIFFRACTION84
4.14-4.550.15921480.13452919X-RAY DIFFRACTION100
4.55-5.210.16431530.14322942X-RAY DIFFRACTION100
5.21-6.570.24481500.18352982X-RAY DIFFRACTION100
6.57-60.60.23891710.19643173X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 18.7903 Å / Origin y: 54.9066 Å / Origin z: 13.7018 Å
111213212223313233
T0.3663 Å20.025 Å20.0722 Å2-0.4289 Å20.0022 Å2--0.3732 Å2
L0.7981 °20.2234 °2-0.0901 °2-1.0081 °20.0628 °2--0.742 °2
S0.0375 Å °-0.0799 Å °0.0986 Å °0.137 Å °-0.0031 Å °0.046 Å °-0.0898 Å °0.0912 Å °-0.0305 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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