PDB-9m5m: Crystal structure of Plasmodium vivax aspartyl-tRNA synthetase (PvDRS)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9m5m

タイトル

Crystal structure of Plasmodium vivax aspartyl-tRNA synthetase (PvDRS)

要素

aspartate--tRNA ligase

キーワード

LIGASE / AMINOACYLATION / AMINOACYL-TRNA SYNTHETASE / MALARIA / INHIBITOR / ATP-BINDING / L-ASP

機能・相同性

機能・相同性情報

aspartate-tRNA ligase / aspartate-tRNA ligase activity / aspartyl-tRNA aminoacylation / aminoacyl-tRNA synthetase multienzyme complex / RNA binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium vivax (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.06 Å

データ登録者

Sharma, V.K. / Manickam, Y. / Bagale, S. / Pradeepkumar, P.I. / Sharma, A.

資金援助

インド, 3件

組織	認可番号	国
Department of Science & Technology (DST, India)	CRG/2023/004351	インド
Indian Council of Medical Research	CAR-2024-01-000140	インド
Department of Biotechnology (DBT, India)	PR32713	インド

引用

ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2025
タイトル: Natural product-mediated reaction hijacking mechanism validates Plasmodium aspartyl-tRNA synthetase as an antimalarial drug target.
著者: Ketprasit, N. / Tai, C.W. / Sharma, V.K. / Manickam, Y. / Khandokar, Y. / Ye, X. / Dogovski, C. / Hilko, D.H. / Morton, C.J. / Braun, A.C. / Leeming, M.G. / Siddharam, B. / Shami, G.J. / ...

履歴

登録	2025年3月6日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年6月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年7月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9m5m.cif.gz	436.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9m5m.ent.gz	356.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9m5m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9m5m_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9m5m_full_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示
XML形式データ	9m5m_validation.xml.gz	47.5 KB	表示
CIF形式データ	9m5m_validation.cif.gz	64.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m5/9m5m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m5/9m5m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9m5nC 9m5oC 9npjC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (11) #227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: aspartate--tRNA ligase

B: aspartate--tRNA ligase

ヘテロ分子

125 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	140.447, 140.447, 272.559
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

#1: タンパク質	aspartate--tRNA ligase / Aspartyl-tRNA synthetase 分子量: 62128.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium vivax (マラリア病原虫) 遺伝子: PVC01_020016700, PVW1_020019400 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1G4H6Y1, aspartate-tRNA ligase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 492 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.61 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2M Lithium sulfate, 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 25% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.06→90.85 Å / Num. obs: 98198 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 33.1 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.109 / R_pim(I) all: 0.018 / R_rim(I) all: 0.11 / Net I/σ(I): 20.4 / Num. measured all: 3254813
反射シェル	解像度: 2.06→2.1 Å / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 11.8 % / R_merge(I) obs: 2.617 / Num. measured all: 55961 / Num. unique obs: 4723 / CC_1/2: 0.323 / R_pim(I) all: 0.75 / R_rim(I) all: 2.732 / Net I/σ(I) obs: 0.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.21.2_5419: ???)	精密化
DIALS		データスケーリング
PHASER		位相決定
DIALS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.06→72.79 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.92 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2111	4843	4.96 %
R_work	0.183	-	-
obs	0.1844	97555	99.28 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.06→72.79 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8058	0	28	492	8578

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	8263
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.847	11156
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.662	3048
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	1216
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1431

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.06-2.08	0.3782	144	0.3769	2630	X-RAY DIFFRACTION	86
2.08-2.11	0.382	128	0.3471	2898	X-RAY DIFFRACTION	94
2.11-2.13	0.359	155	0.3285	3038	X-RAY DIFFRACTION	98
2.13-2.16	0.3243	138	0.3013	3068	X-RAY DIFFRACTION	100
2.16-2.19	0.2672	152	0.2793	3053	X-RAY DIFFRACTION	100
2.19-2.22	0.2635	168	0.2498	3045	X-RAY DIFFRACTION	100
2.22-2.25	0.248	166	0.2333	3076	X-RAY DIFFRACTION	100
2.25-2.28	0.2454	141	0.2194	3069	X-RAY DIFFRACTION	100
2.28-2.32	0.2617	166	0.2087	3063	X-RAY DIFFRACTION	100
2.32-2.36	0.2613	182	0.2077	3063	X-RAY DIFFRACTION	100
2.36-2.4	0.2155	166	0.204	3069	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4-2.44	0.231	167	0.2027	3060	X-RAY DIFFRACTION	100
2.44-2.49	0.2963	181	0.2038	3078	X-RAY DIFFRACTION	100
2.49-2.54	0.246	151	0.208	3077	X-RAY DIFFRACTION	100
2.54-2.6	0.2667	184	0.2066	3087	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6-2.66	0.2114	156	0.1826	3070	X-RAY DIFFRACTION	100
2.66-2.72	0.1993	144	0.1789	3106	X-RAY DIFFRACTION	100
2.72-2.8	0.2214	169	0.1794	3096	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8-2.88	0.2158	154	0.1894	3112	X-RAY DIFFRACTION	100
2.88-2.97	0.2574	176	0.192	3092	X-RAY DIFFRACTION	100
2.97-3.08	0.2158	148	0.1966	3122	X-RAY DIFFRACTION	100
3.08-3.2	0.2303	162	0.1958	3123	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2-3.35	0.2362	180	0.1862	3110	X-RAY DIFFRACTION	100
3.35-3.52	0.1964	178	0.178	3107	X-RAY DIFFRACTION	100
3.52-3.74	0.2134	150	0.1689	3155	X-RAY DIFFRACTION	100
3.74-4.03	0.1678	153	0.1496	3169	X-RAY DIFFRACTION	100
4.03-4.44	0.1467	155	0.1371	3178	X-RAY DIFFRACTION	100
4.44-5.08	0.1725	151	0.1406	3225	X-RAY DIFFRACTION	100
5.08-6.4	0.2259	173	0.1839	3257	X-RAY DIFFRACTION	100
6.4-72.79	0.1873	205	0.1926	3416	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 18.0167 Å / Origin y: 55.3233 Å / Origin z: 13.7756 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.2868 Å²	0.0436 Å²	0.0732 Å²	-	0.318 Å²	0.0127 Å²	-	-	0.2839 Å²
L	0.8543 °²	0.1664 °²	-0.1331 °²	-	0.9953 °²	0.096 °²	-	-	0.7316 °²
S	0.0469 Å °	-0.0498 Å °	0.0906 Å °	0.1026 Å °	-0.0036 Å °	0.0184 Å °	-0.1135 Å °	0.0452 Å °	-0.0311 Å °

精密化 TLSグループ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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