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万見
- PDB-9m08: Structure of outer membrane lipoprotein QseG and histidine kinase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9m08
タイトルStructure of outer membrane lipoprotein QseG and histidine kinase QseE complex
要素
  • Quorum-sensing regulator protein G
  • histidine kinase
キーワードSIGNALING PROTEIN / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


osmosensory signaling via phosphorelay pathway / phosphorelay response regulator activity / phosphorelay sensor kinase activity / histidine kinase / protein kinase activator activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Quorum-sensing regulator protein G / YfhG lipoprotein / : / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain ...Quorum-sensing regulator protein G / YfhG lipoprotein / : / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Hypothetical membrane protein / histidine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. SL1344 (サルモネラ菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Gao, X. / Li, G.B. / Gong, P.Q.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32200144 中国
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM structure of the QseG-QseE complex reveals an accessory protein-driven two-component system activation mechanism
著者: Gao, X. / Li, G.B. / Gong, P.Q.
履歴
登録2025年2月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年11月19日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Quorum-sensing regulator protein G
B: Quorum-sensing regulator protein G
C: histidine kinase
D: histidine kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,5414
ポリマ－151,5414
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Quorum-sensing regulator protein G / Two-component system QseEF-associated lipoprotein QseG


分子量: 21022.740 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. SL1344 (サルモネラ菌)
遺伝子: yfhG, qseG, SL1344_2525, G1W50_19190, G1W53_19070, G1W54_19660, G1W56_19535, G1W63_19335, G1W64_19365, G1W86_18045, G1W87_18985, G1W89_18830, G1W92_18735, G1X03_18695, G1X04_08460, G1X09_ ...遺伝子: yfhG, qseG, SL1344_2525, G1W50_19190, G1W53_19070, G1W54_19660, G1W56_19535, G1W63_19335, G1W64_19365, G1W86_18045, G1W87_18985, G1W89_18830, G1W92_18735, G1X03_18695, G1X04_08460, G1X09_19680, G1X10_19590, G1X13_19670, G1X17_20470, G1X23_19065, G1X29_19380, G1X32_19630, G1X38_19925, G1X42_18740, G1X47_19355, G1X49_18700, G1X51_19680, G1X52_19370, G1X66_19045, G1X68_16400, G1X69_19950, G1X71_19685, G1X76_19340, G1X80_18180, G1X84_18735, G1X85_19495, G1X86_19670, G1X94_19190, G1X96_19675, G1X99_19370, G1Y02_19370
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H3NKH9
#2: タンパク質 histidine kinase


分子量: 54747.652 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. SL1344 (サルモネラ菌)
遺伝子: G1W50_19185, G1W53_19065, G1W54_19655, G1W56_19530, G1W63_19330, G1W64_19360, G1W86_18040, G1W87_18980, G1W89_18825, G1W92_18730, G1X03_18690, G1X04_08455, G1X09_19675, G1X10_19585, G1X13_ ...遺伝子: G1W50_19185, G1W53_19065, G1W54_19655, G1W56_19530, G1W63_19330, G1W64_19360, G1W86_18040, G1W87_18980, G1W89_18825, G1W92_18730, G1X03_18690, G1X04_08455, G1X09_19675, G1X10_19585, G1X13_19665, G1X17_20465, G1X23_19060, G1X29_19375, G1X32_19625, G1X38_19920, G1X42_18735, G1X47_19350, G1X49_18695, G1X51_19675, G1X52_19365, G1X66_19040, G1X68_16395, G1X69_19945, G1X71_19680, G1X76_19335, G1X80_18175, G1X84_18730, G1X85_19490, G1X86_19665, G1X94_19185, G1X96_19670, G1X99_19365, G1Y02_19365
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A718UUF8, histidine kinase
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: QseG58-220 and QseE sensor complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
由来(天然)生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. SL1344 (サルモネラ菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 88834 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 3.9 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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