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- PDB-9lsi: Cryo-EM structure of the S82C-S82C diabody complex (CitS-diabody ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9lsi
タイトルCryo-EM structure of the S82C-S82C diabody complex (CitS-diabody #2-TLR3)
要素
  • Citrate/sodium symporter
  • Diabody (CitS VH-TLR3 VL)
  • Diabody (TLR3 VH-CitS VL)
  • Toll-like receptor 3
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Disulfide-bridged diabody / cryo-electron microscopy (cryo-EM) / small protein imaging / structural marker / antibody engineering / protein nanotechnology / STRUCTURAL PROTEIN / STRUCTURAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


TLR3 deficiency - HSE / response to dsRNA / UNC93B1 deficiency - HSE / TICAM1 deficiency - HSE / type III interferon production / positive regulation of type III interferon production / TRAF3 deficiency - HSE / regulation of dendritic cell cytokine production / I-kappaB phosphorylation / Toll Like Receptor 3 (TLR3) Cascade ...TLR3 deficiency - HSE / response to dsRNA / UNC93B1 deficiency - HSE / TICAM1 deficiency - HSE / type III interferon production / positive regulation of type III interferon production / TRAF3 deficiency - HSE / regulation of dendritic cell cytokine production / I-kappaB phosphorylation / Toll Like Receptor 3 (TLR3) Cascade / citrate metabolic process / TLR3-mediated TICAM1-dependent programmed cell death / inflammatory response to wounding / activation of NF-kappaB-inducing kinase activity / toll-like receptor 3 signaling pathway / detection of virus / necroptotic signaling pathway / organic anion transmembrane transporter activity / symporter activity / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / hyperosmotic response / endolysosome membrane / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / Trafficking and processing of endosomal TLR / positive regulation of macrophage cytokine production / sodium ion transport / toll-like receptor signaling pathway / pattern recognition receptor activity / cellular response to exogenous dsRNA / RSV-host interactions / response to exogenous dsRNA / negative regulation of osteoclast differentiation / ubiquitin-like protein ligase binding / positive regulation of interferon-alpha production / cellular response to interferon-beta / positive regulation of chemokine production / extrinsic apoptotic signaling pathway / JNK cascade / positive regulation of interleukin-12 production / Regulation of TBK1, IKKε-mediated activation of IRF3, IRF7 upon TLR3 ligation / extracellular matrix / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / positive regulation of interferon-beta production / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / positive regulation of interleukin-8 production / positive regulation of JNK cascade / microglial cell activation / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / cellular response to virus / cellular response to type II interferon / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of type II interferon production / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of inflammatory response / male gonad development / positive regulation of angiogenesis / positive regulation of tumor necrosis factor production / transmembrane signaling receptor activity / cellular response to xenobiotic stimulus / double-stranded RNA binding / signaling receptor activity / defense response to virus / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / early endosome / endosome membrane / defense response to bacterium / positive regulation of apoptotic process / Golgi membrane / lysosomal membrane / innate immune response / positive regulation of gene expression / endoplasmic reticulum membrane / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / metal ion binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
2-hydroxycarboxylate transporter / 2-hydroxycarboxylate transporter, Proteobacteria/Firmicutes / 2-hydroxycarboxylate transporter family / Toll-like receptor 3 trans-membrane domain / Toll-like receptor 3 trans-membrane domain / TIR domain / Leucine Rich repeat / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Toll - interleukin 1 - resistance ...2-hydroxycarboxylate transporter / 2-hydroxycarboxylate transporter, Proteobacteria/Firmicutes / 2-hydroxycarboxylate transporter family / Toll-like receptor 3 trans-membrane domain / Toll-like receptor 3 trans-membrane domain / TIR domain / Leucine Rich repeat / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / PALMITIC ACID / Toll-like receptor 3 / Citrate/sodium symporter
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
synthetic construct (人工物)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Kim, S. / Kim, J.W. / Park, J.G. / Lee, S.S. / Choi, S.H. / Lee, J.-O. / Jin, M.S.
資金援助 韓国, 3件
組織認可番号国
Samsung Science and Technology FoundationSSTF-BA1702-14 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)RS-2024-00344154 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)RS-2024-00440614 韓国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2025
タイトル: Disulfide-stabilized diabodies enable near-atomic cryo-EM imaging of small proteins: A case study of the bacterial Na/citrate symporter CitS.
著者: Subin Kim / Ji Won Kim / Jun Gyou Park / Sang Soo Lee / Seung Hun Choi / Jie-Oh Lee / Mi Sun Jin /
要旨: Diabodies are engineered antibody fragments with two antigen-binding Fv domains. Previously, we demonstrated that they are often highly flexible but can be rigidified by introducing a disulfide bond ...Diabodies are engineered antibody fragments with two antigen-binding Fv domains. Previously, we demonstrated that they are often highly flexible but can be rigidified by introducing a disulfide bond at the Fv interface. In this study, we explored the potential of disulfide-bridged, bispecific diabodies for near-atomic cryoelectron microscopy (cryo-EM) imaging of small proteins because they can predictably link target proteins to "structural marker" proteins. As a case study, we used the bacterial citrate transporter CitS as the target protein, and the horseshoe-shaped ectodomain of human Toll-like receptor 3 (TLR3) as the marker. We show that diabodies containing one or two disulfide bonds enabled the 3D reconstruction of CitS at resolutions of 3.3 Å and 3.1 Å, respectively. This resolution surpassed previous crystallographic results and allowed us to visualize the high-resolution structural features of the transporter. Our work expands the application of diabodies in structural biology to address a key limitation in the field.
履歴
登録2025年2月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月12日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月12日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月12日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月12日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月12日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Citrate/sodium symporter
B: Citrate/sodium symporter
C: Diabody (CitS VH-TLR3 VL)
D: Diabody (TLR3 VH-CitS VL)
E: Toll-like receptor 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)258,15816
ポリマ－254,7035
非ポリマー3,45511
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 2種, 3分子 ABE

#1: タンパク質 Citrate/sodium symporter / Citrate transporter CitS / Na(+)-dependent citrate carrier / Sodium-dependent citrate transport system


分子量: 47592.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: citS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31602
#4: タンパク質 Toll-like receptor 3


分子量: 103946.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TLR3 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: O15455

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抗体 , 2種, 2分子 CD

#2: 抗体 Diabody (CitS VH-TLR3 VL)


分子量: 27118.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
#3: 抗体 Diabody (TLR3 VH-CitS VL)


分子量: 28452.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

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糖 , 3種, 9分子

#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 627.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1-1/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#9: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 2分子

#7: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C16H32O2

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1CitS-diabody #2-TLR3 complexCOMPLEX#1-#40MULTIPLE SOURCES
2CitSCOMPLEX#11RECOMBINANT
3TLR3COMPLEX#41RECOMBINANT
4DiabodyCOMPLEX#2-#31RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)573
33Homo sapiens (ヒト)9606
44synthetic construct (人工物)32630
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Escherichia coli (大腸菌)562
33Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)7111
44Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)7111
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 123394 / 対称性のタイプ: POINT
精密化立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00515810
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.64221448
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d11.5572225
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0472540
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0032669

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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