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- EMDB-63355: Cryo-EM structure of the wild-type diabody complex (CitS-diabody ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-63355
タイトルCryo-EM structure of the wild-type diabody complex (CitS-diabody #1-TLR3)
マップデータ
試料
  • 複合体: CitS-diabody #1-TLR3 complex
    • 複合体: CitS
      • タンパク質・ペプチド: Citrate/sodium symporter
    • 複合体: TLR3
      • タンパク質・ペプチド: Toll-like receptor 3
    • 複合体: Diabody
      • タンパク質・ペプチド: Diabody (CitS VH-TLR3 VL)
      • タンパク質・ペプチド: Diabody (TLR3 VH-CitS VL)
  • リガンド: CITRIC ACID
  • リガンド: PALMITIC ACID
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードDisulfide-bridged diabody / cryo-electron microscopy (cryo-EM) / small protein imaging / structural marker / antibody engineering / protein nanotechnology / STRUCTURAL PROTEIN / STRUCTURAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


TLR3 deficiency - HSE / response to dsRNA / UNC93B1 deficiency - HSE / type III interferon production / positive regulation of type III interferon production / TICAM1 deficiency - HSE / TRAF3 deficiency - HSE / regulation of dendritic cell cytokine production / Toll Like Receptor 3 (TLR3) Cascade / citrate metabolic process ...TLR3 deficiency - HSE / response to dsRNA / UNC93B1 deficiency - HSE / type III interferon production / positive regulation of type III interferon production / TICAM1 deficiency - HSE / TRAF3 deficiency - HSE / regulation of dendritic cell cytokine production / Toll Like Receptor 3 (TLR3) Cascade / citrate metabolic process / TLR3-mediated TICAM1-dependent programmed cell death / inflammatory response to wounding / activation of NF-kappaB-inducing kinase activity / toll-like receptor 3 signaling pathway / detection of virus / necroptotic signaling pathway / symporter activity / organic anion transmembrane transporter activity / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / endolysosome membrane / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / Trafficking and processing of endosomal TLR / hyperosmotic response / positive regulation of macrophage cytokine production / toll-like receptor signaling pathway / sodium ion transport / pattern recognition receptor activity / cellular response to exogenous dsRNA / RSV-host interactions / response to exogenous dsRNA / negative regulation of osteoclast differentiation / ubiquitin-like protein ligase binding / positive regulation of interferon-alpha production / Regulation of TBK1, IKKε-mediated activation of IRF3, IRF7 upon TLR3 ligation / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / cellular response to interferon-beta / positive regulation of chemokine production / extrinsic apoptotic signaling pathway / JNK cascade / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / positive regulation of interleukin-12 production / extracellular matrix / positive regulation of interferon-beta production / positive regulation of interleukin-8 production / positive regulation of JNK cascade / microglial cell activation / cellular response to virus / cellular response to type II interferon / positive regulation of interleukin-6 production / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of type II interferon production / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of angiogenesis / male gonad development / positive regulation of tumor necrosis factor production / cellular response to xenobiotic stimulus / transmembrane signaling receptor activity / signaling receptor activity / double-stranded RNA binding / defense response to virus / early endosome / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / endosome membrane / defense response to bacterium / positive regulation of apoptotic process / Golgi membrane / lysosomal membrane / innate immune response / endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of gene expression / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / metal ion binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
2-hydroxycarboxylate transporter / 2-hydroxycarboxylate transporter, Proteobacteria/Firmicutes / 2-hydroxycarboxylate transporter family / Toll-like receptor 3 trans-membrane domain / Toll-like receptor 3 trans-membrane domain / TIR domain / Leucine Rich repeat / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Toll - interleukin 1 - resistance ...2-hydroxycarboxylate transporter / 2-hydroxycarboxylate transporter, Proteobacteria/Firmicutes / 2-hydroxycarboxylate transporter family / Toll-like receptor 3 trans-membrane domain / Toll-like receptor 3 trans-membrane domain / TIR domain / Leucine Rich repeat / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Toll-like receptor 3 / Citrate/sodium symporter
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Kim S / Kim JW / Park JG / Lee SS / Choi SH / Lee J-O / Jin MS
資金援助 韓国, 3件
OrganizationGrant number国
Samsung Science and Technology FoundationSSTF-BA1702-14 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)RS-2024-00344154 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)RS-2024-00440614 韓国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2025
タイトル: Disulfide-stabilized diabodies enable near-atomic cryo-EM imaging of small proteins: A case study of the bacterial Na/citrate symporter CitS.
著者: Subin Kim / Ji Won Kim / Jun Gyou Park / Sang Soo Lee / Seung Hun Choi / Jie-Oh Lee / Mi Sun Jin /
要旨: Diabodies are engineered antibody fragments with two antigen-binding Fv domains. Previously, we demonstrated that they are often highly flexible but can be rigidified by introducing a disulfide bond ...Diabodies are engineered antibody fragments with two antigen-binding Fv domains. Previously, we demonstrated that they are often highly flexible but can be rigidified by introducing a disulfide bond at the Fv interface. In this study, we explored the potential of disulfide-bridged, bispecific diabodies for near-atomic cryoelectron microscopy (cryo-EM) imaging of small proteins because they can predictably link target proteins to "structural marker" proteins. As a case study, we used the bacterial citrate transporter CitS as the target protein, and the horseshoe-shaped ectodomain of human Toll-like receptor 3 (TLR3) as the marker. We show that diabodies containing one or two disulfide bonds enabled the 3D reconstruction of CitS at resolutions of 3.3 Å and 3.1 Å, respectively. This resolution surpassed previous crystallographic results and allowed us to visualize the high-resolution structural features of the transporter. Our work expands the application of diabodies in structural biology to address a key limitation in the field.
履歴
登録2025年2月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月12日-
マップ公開2025年3月12日-
更新2025年6月18日-
現状2025年6月18日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_63355.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_63355.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 300 pix.
= 330. Å		1.1 Å/pix.
x 300 pix.
= 330. Å		1.1 Å/pix.
x 300 pix.
= 330. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0908
最小 - 最大-0.14085212 - 0.42872268
平均 (標準偏差)0.0009526498 (±0.016730895)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 330.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_63355_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_63355_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : CitS-diabody #1-TLR3 complex

全体名称: CitS-diabody #1-TLR3 complex
要素
  • 複合体: CitS-diabody #1-TLR3 complex
    • 複合体: CitS
      • タンパク質・ペプチド: Citrate/sodium symporter
    • 複合体: TLR3
      • タンパク質・ペプチド: Toll-like receptor 3
    • 複合体: Diabody
      • タンパク質・ペプチド: Diabody (CitS VH-TLR3 VL)
      • タンパク質・ペプチド: Diabody (TLR3 VH-CitS VL)
  • リガンド: CITRIC ACID
  • リガンド: PALMITIC ACID
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

+
超分子 #1: CitS-diabody #1-TLR3 complex

超分子名称: CitS-diabody #1-TLR3 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4

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超分子 #2: CitS

超分子名称: CitS / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

+
超分子 #3: TLR3

超分子名称: TLR3 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #4: Diabody

超分子名称: Diabody / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

+
分子 #1: Citrate/sodium symporter

分子名称: Citrate/sodium symporter / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
分子量理論値: 47.592492 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MTNMSQPPAT EKKGVSDLLG FKIFGMPLPL YAFALITLLL SHFYNALPTD IVGGFAIMFI IGAIFGEIGK RLPIFNKYIG GAPVMIFLV AAYFVYAGIF TQKEIDAISN VMDKSNFLNL FIAVLITGAI LSVNRRLLLK SLLGYIPTIL MGIVGASIFG I AIGLVFGI ...文字列:
MTNMSQPPAT EKKGVSDLLG FKIFGMPLPL YAFALITLLL SHFYNALPTD IVGGFAIMFI IGAIFGEIGK RLPIFNKYIG GAPVMIFLV AAYFVYAGIF TQKEIDAISN VMDKSNFLNL FIAVLITGAI LSVNRRLLLK SLLGYIPTIL MGIVGASIFG I AIGLVFGI PVDRIMMLYV LPIMGGGNGA GAVPLSEIYH SVTGRSREEY YSTAIAILTI ANIFAIVFAA VLDIIGKKHT WL SGEGELV RKASFKVEED EKTGQITHRE TAVGLVLSTT CFLLAYVVAK KILPSIGGVA IHYFAWMVLI VAALNASGLC SPE IKAGAK RLSDFFSKQL LWVLMVGVGV CYTDLQEIIN AITFANVVIA AIIVIGAVLG AAIGGWLMGF FPIESAITAG LCMA NRGGS GDLEVLSACN RMNLISYAQI SSRLGGGIVL VIASIVFGMM I

UniProtKB: Citrate/sodium symporter

+
分子 #2: Toll-like receptor 3

分子名称: Toll-like receptor 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 103.94632 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MRQTLPCIYF WGGLLPFGML CASSTTKCTV SHEVADCSHL KLTQVPDDLP TNITVLNLTH NQLRRLPAAN FTRYSQLTSL DVGFNTISK LEPELCQKLP MLKVLNLQHN ELSQLSDKTF AFCTNLTELH LMSNSIQKIK NNPFVKQKNL ITLDLSHNGL S STKLGTQV ...文字列:
MRQTLPCIYF WGGLLPFGML CASSTTKCTV SHEVADCSHL KLTQVPDDLP TNITVLNLTH NQLRRLPAAN FTRYSQLTSL DVGFNTISK LEPELCQKLP MLKVLNLQHN ELSQLSDKTF AFCTNLTELH LMSNSIQKIK NNPFVKQKNL ITLDLSHNGL S STKLGTQV QLENLQELLL SNNKIQALKS EELDIFANSS LKKLELSSNQ IKEFSPGCFH AIGRLFGLFL NNVQLGPSLT EK LCLELAN TSIRNLSLSN SQLSTTSNTT FLGLKWTNLT MLDLSYNNLN VVGNDSFAWL PQLEYFFLEY NNIQHLFSHS LHG LFNVRY LNLKRSFTKQ SISLASLPKI DDFSFQWLKC LEHLNMEDND IPGIKSNMFT GLINLKYLSL SNSFTSLRTL TNET FVSLA HSPLHILNLT KNKISKIESD AFSWLGHLEV LDLGLNEIGQ ELTGQEWRGL ENIFEIYLSY NKYLQLTRNS FALVP SLQR LMLRRVALKN VDSSPSPFQP LRNLTILDLS NNNIANINDD MLEGLEKLEI LDLQHNNLAR LWKHANPGGP IYFLKG LSH LHILNLESNG FDEIPVEVFK DLFELKIIDL GLNNLNTLPA SVFNNQVSLK SLNLQKNLIT SVEKKVFGPA FRNLTEL DM RFNPFDCTCE SIAWFVNWIN ETHTNIPELS SHYLCNTPPH YHGFPVRLFD TSSCKDSAPF ELFFMINTSI LLIFIFIV L LIHFEGWRIS FYWNVSVHRV LGFKEIDRQT EQFEYAAYII HAYKDKDWVW EHFSSMEKED QSLKFCLEER DFEAGVFEL EAIVNSIKRS RKIIFVITHH LLKDPLCKRF KVHHAVQQAI EQNLDSIILV FLEEIPDYKL NHALCLRRGM FKSHCILNWP VQKERIGAF RHKLQVALGS KNSVH

UniProtKB: Toll-like receptor 3

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分子 #3: Diabody (CitS VH-TLR3 VL)

分子名称: Diabody (CitS VH-TLR3 VL) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 27.134967 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: EVQLVESGGG LVQPGGSLRL SCAASGFTFR NSAMHWVRQA PGKGLEWVSS IWYSGSNTYY ADSVKGRFTI SRDNSKNTLY LQMNSLTAE DTAVYYCARF AGGWGAYDVW GQGTLVTVSS GGGGSDIQMT QSPSSLSASV GDRVTITCRA SQSIGLYLAW Y QQKPGKAP ...文字列:
EVQLVESGGG LVQPGGSLRL SCAASGFTFR NSAMHWVRQA PGKGLEWVSS IWYSGSNTYY ADSVKGRFTI SRDNSKNTLY LQMNSLTAE DTAVYYCARF AGGWGAYDVW GQGTLVTVSS GGGGSDIQMT QSPSSLSASV GDRVTITCRA SQSIGLYLAW Y QQKPGKAP KLLIYAASSL QSGVPSRFSG SGSGTDFTLT ISSLQPEDFA TYYCQQGNTL SYTFGQGTKV EIKPWLVPRG SH HHHHHSG GGGSGGGGS

+
分子 #4: Diabody (TLR3 VH-CitS VL)

分子名称: Diabody (TLR3 VH-CitS VL) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 28.436426 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: GGGGSGGGGL VPRGSPGEVQ LVQSGAEVKK PGESLKISCK GSGYSFTNYW VGWVRQMPGK GLEWMGFIDP SDSYTNYADS VKGRFTISA DKSISTAYLQ MNSLTASDTA MYYCARELYQ GYMDTFDSWG QGTLVTVSSG GGGSDIVLTQ SPATLSLSPG E RATLSCRA ...文字列:
GGGGSGGGGL VPRGSPGEVQ LVQSGAEVKK PGESLKISCK GSGYSFTNYW VGWVRQMPGK GLEWMGFIDP SDSYTNYADS VKGRFTISA DKSISTAYLQ MNSLTASDTA MYYCARELYQ GYMDTFDSWG QGTLVTVSSG GGGSDIVLTQ SPATLSLSPG E RATLSCRA SQSVSSNYLA WYQQKPGQAP RLLIYDSSSR ATGVPARFSG SGSGTDFTLT ISSLEPEDFA VYYCHQYSDI SP TFGQGTK VEIKSGRLVP RGSHHHHHH

+
分子 #7: CITRIC ACID

分子名称: CITRIC ACID / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: CIT
分子量理論値: 192.124 Da
Chemical component information

ChemComp-CIT:
CITRIC ACID / クエン酸

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分子 #8: PALMITIC ACID

分子名称: PALMITIC ACID / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: PLM
分子量理論値: 256.424 Da
Chemical component information

ChemComp-PLM:
PALMITIC ACID / パルミチン酸

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分子 #9: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 5 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 203935
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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