PDB-9lr6: Zn-Carbonic Anhydrase II complexed with 3NPA at RT

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9lr6

タイトル

Zn-Carbonic Anhydrase II complexed with 3NPA at RT

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / Carbonic Anhydrase / enzyme mechanism / metalloenzymes

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase activity / cyanamide hydratase / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.25 Å

データ登録者

Kim, C.U. / Kim, J.K.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Fast product release requires active-site water dynamics in carbonic anhydrase.
著者: Kim, J.K. / Lim, S.W. / Jeong, H. / Lee, C. / Kim, S. / Son, D.W. / Kumar, R. / Andring, J.T. / Lomelino, C. / Wierman, J.L. / Cohen, A.E. / Shin, T.J. / Ghim, C.M. / McKenna, R. / Jo, B.H. / ...

履歴

登録	2025年1月29日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年4月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年5月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9lr6.cif.gz	169 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9lr6.ent.gz	100.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9lr6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9lr6_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9lr6_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	9lr6_validation.xml.gz	16.1 KB	表示
CIF形式データ	9lr6_validation.cif.gz	22.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/9lr6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/9lr6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7y2aC 7y2cC 7y2eC 7y2fC 7y2gC 7y2hC 7y2iC 7y2jC 7y2kC 7y2lC 7y2mC 7y2nC 7y2oC 7y2qC 8wepC 8werC 8wesC 9l2xC 9l2yC 9l2zC 9l30C 9l31C 9l32C 9l33C 9ldoC 9ldpC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (2) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

29.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.889, 41.795, 72.869
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.633, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II 分子量: 29289.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MNP / 2-(3-NITROPHENYL)ACETIC ACID 分子量: 181.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₇NO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 242 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.99 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 / 詳細: 1.3 M sodium citrate, 50 mM Tris-HCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年11月3日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.25→30 Å / Num. obs: 69133 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.2 % / CC_1/2: 0.98 / CC star: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.097 / R_pim(I) all: 0.055 / R_rim(I) all: 0.112 / Net I/σ(I): 13.8
反射シェル	解像度: 1.25→1.27 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 3457 / CC_1/2: 0.81 / CC star: 0.946 / R_pim(I) all: 0.27 / R_rim(I) all: 0.553 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
REFMAC	5.8.0430	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.25→21.434 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.982 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.976 / SU B: 1.228 / SU ML: 0.024 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.036 / ESU R Free: 0.035 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1442	3500	5.065 %
R_work	0.1225	65601	-
all	0.124	-	-
obs	-	69101	99.713 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.422 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.113 Å²	0 Å²	-0.072 Å²
2-	-	0.116 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.169 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.25→21.434 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2049	0	14	242	2305

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	2228
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2040
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.934	1.817	3046
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.732	1.781	4748
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.773	5	282
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.668	5	8
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.247	10	371
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.999	10	105
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.133	0.2	315
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2670
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	500
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.193	0.2	348
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.194	0.2	1699
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	1007
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	1103
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.173	0.2	116
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.06	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.244	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.202	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.143	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.701	1.228	1080
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.675	1.227	1080
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.455	2.218	1366
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.463	2.22	1367
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.931	1.583	1148
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.928	1.584	1149
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.857	2.715	1676
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	9.855	2.715	1677
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	16.36	15.094	2375
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	15.813	13.501	2335
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	5.065	3	4268

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.25-1.282	0.194	247	0.187	4787	0.188	5035	0.979	0.98	99.9801	0.17
1.282-1.317	0.168	239	0.151	4717	0.152	4956	0.982	0.985	100	0.132
1.317-1.355	0.15	237	0.134	4598	0.135	4835	0.986	0.988	100	0.117
1.355-1.397	0.156	248	0.127	4438	0.128	4686	0.982	0.989	100	0.111
1.397-1.443	0.142	216	0.113	4302	0.114	4519	0.987	0.991	99.9779	0.099
1.443-1.493	0.142	204	0.105	4230	0.106	4436	0.987	0.993	99.9549	0.092
1.493-1.549	0.129	210	0.103	4003	0.104	4214	0.988	0.993	99.9763	0.093
1.549-1.612	0.126	184	0.097	3894	0.098	4082	0.989	0.994	99.902	0.09
1.612-1.683	0.131	209	0.099	3690	0.101	3900	0.989	0.994	99.9744	0.094
1.683-1.765	0.129	198	0.101	3568	0.102	3768	0.99	0.994	99.9469	0.099
1.765-1.86	0.137	197	0.1	3367	0.102	3571	0.989	0.994	99.804	0.101
1.86-1.971	0.126	212	0.102	3157	0.103	3373	0.99	0.993	99.8814	0.105
1.971-2.106	0.143	163	0.11	3008	0.111	3179	0.987	0.993	99.7484	0.117
2.106-2.273	0.138	156	0.116	2819	0.117	2988	0.987	0.991	99.5649	0.127
2.273-2.487	0.14	125	0.125	2598	0.126	2734	0.989	0.991	99.5977	0.142
2.487-2.776	0.186	108	0.14	2376	0.142	2499	0.979	0.988	99.3998	0.165
2.776-3.197	0.168	120	0.142	2071	0.143	2208	0.982	0.987	99.2301	0.172
3.197-3.894	0.152	104	0.131	1771	0.132	1894	0.984	0.989	98.9968	0.168
3.894-5.418	0.121	90	0.119	1357	0.119	1482	0.991	0.992	97.6383	0.161
5.418-21.434	0.155	33	0.167	825	0.167	894	0.983	0.981	95.9732	0.233

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関連情報:EMDBヘッダ

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