PDB-9ldp: Zn-Carbonic Anhydrase II soaked with 3NT under 15 atm CO2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ldp

タイトル

Zn-Carbonic Anhydrase II soaked with 3NT under 15 atm CO2

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / Carbonic Anhydrase / enzyme mechanism / metalloenzymes

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of dipeptide transmembrane transport / : / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / Developmental Lineage of Pancreatic Ductal Cells ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.14 Å

データ登録者

Kim, C.U. / Kim, J.K.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Fast product release requires active-site water dynamics in carbonic anhydrase.
著者: Kim, J.K. / Lim, S.W. / Jeong, H. / Lee, C. / Kim, S. / Son, D.W. / Kumar, R. / Andring, J.T. / Lomelino, C. / Wierman, J.L. / Cohen, A.E. / Shin, T.J. / Ghim, C.M. / McKenna, R. / Jo, B.H. / ...

履歴

登録	2025年1月6日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年4月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年5月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ldp.cif.gz	168.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ldp.ent.gz	99.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ldp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ld/9ldp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ld/9ldp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7y2aC 7y2cC 7y2eC 7y2fC 7y2gC 7y2hC 7y2iC 7y2jC 7y2kC 7y2lC 7y2mC 7y2nC 7y2oC 7y2qC 8wepC 8werC 8wesC 9l2xC 9l2yC 9l2zC 9l30C 9l31C 9l32C 9l33C 9ldoC 9lr6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (2) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

29.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.787, 41.202, 71.952
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.082, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II 分子量: 29289.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CO2 / CARBON DIOXIDE / 二酸化炭素分子量: 44.010 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 248 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.04 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 / 詳細: 1.3 M sodium citrate, 50 mM Tris-HCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.8856 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月14日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.14→30 Å / Num. obs: 85689 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6.3 % / CC_1/2: 0.998 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.054 / R_pim(I) all: 0.022 / R_rim(I) all: 0.058 / Net I/σ(I): 34.8
反射シェル	解像度: 1.14→1.16 Å / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.378 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Num. unique obs: 4251 / CC_1/2: 0.903 / CC star: 0.974 / R_pim(I) all: 0.16 / R_rim(I) all: 0.412 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
REFMAC	5.8.0430	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.14→28.911 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.963 / SU B: 1.046 / SU ML: 0.023 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.036 / ESU R Free: 0.035 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.175	4178	4.878 %
R_work	0.1524	81468	-
all	0.153	-	-
obs	-	85646	98.759 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.087 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.323 Å²	0 Å²	-0.081 Å²
2-	-	-0.227 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.049 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.14→28.911 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2049	0	7	248	2304

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	2227
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2041
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.062	1.817	3045
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.73	1.781	4755
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.884	5	286
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.661	5	7
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.853	10	373
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.786	10	105
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.111	0.2	317
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	2668
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	499
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	457
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.198	0.2	1952
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.184	0.2	1069
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.091	0.2	1107
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.225	0.2	170
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.12	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.072	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.273	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.274	0.2	93
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.157	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.138	1.154	1084
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.109	1.153	1084
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.418	2.079	1372
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.419	2.08	1373
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.953	1.322	1143
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.931	1.322	1140
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.413	2.317	1667
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.394	2.318	1666
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	15.937	14.576	2596
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	14.707	13.694	2534
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.33	3	4268

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.14-1.17	0.22	324	0.204	5936	0.205	6354	0.974	0.979	98.5206	0.174
1.17-1.202	0.195	307	0.179	5849	0.179	6243	0.978	0.981	98.6064	0.149
1.202-1.236	0.185	311	0.161	5589	0.162	6002	0.977	0.983	98.3006	0.135
1.236-1.274	0.183	285	0.151	5490	0.153	5894	0.977	0.984	97.981	0.128
1.274-1.316	0.166	316	0.137	5249	0.138	5674	0.983	0.988	98.079	0.117
1.316-1.362	0.172	263	0.132	5150	0.134	5525	0.981	0.989	97.9729	0.113
1.362-1.413	0.166	219	0.137	4998	0.139	5301	0.981	0.988	98.4154	0.118
1.413-1.471	0.159	251	0.126	4798	0.128	5113	0.984	0.99	98.7483	0.11
1.471-1.536	0.171	242	0.131	4651	0.133	4930	0.98	0.989	99.2495	0.117
1.536-1.611	0.159	231	0.125	4420	0.126	4679	0.985	0.991	99.4016	0.115
1.611-1.698	0.166	201	0.126	4245	0.128	4460	0.983	0.99	99.6861	0.118
1.698-1.8	0.154	213	0.134	4039	0.135	4268	0.985	0.989	99.6251	0.13
1.8-1.924	0.168	207	0.138	3750	0.139	3968	0.984	0.988	99.7228	0.139
1.924-2.078	0.166	170	0.144	3547	0.145	3733	0.982	0.988	99.5714	0.151
2.078-2.275	0.156	170	0.147	3253	0.147	3430	0.986	0.987	99.7959	0.157
2.275-2.541	0.18	143	0.161	2944	0.162	3098	0.978	0.984	99.6449	0.177
2.541-2.931	0.194	107	0.176	2660	0.177	2769	0.98	0.98	99.9278	0.201
2.931-3.58	0.193	88	0.173	2252	0.174	2340	0.973	0.981	100	0.205
3.58-5.025	0.184	74	0.154	1752	0.155	1829	0.983	0.988	99.836	0.19
5.025-28.911	0.184	56	0.208	881	0.206	1084	0.98	0.978	86.4391	0.252

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関連情報:EMDBヘッダ

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