PDB-9ldo: Zn-Carbonic Anhydrase II soaked with 3NT

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ldo

タイトル

Zn-Carbonic Anhydrase II soaked with 3NT

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / Carbonic Anhydrase / enzyme mechanism / metalloenzymes

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.142 Å

データ登録者

Kim, C.U. / Kim, J.K.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Fast product release requires active-site water dynamics in carbonic anhydrase.
著者: Kim, J.K. / Lim, S.W. / Jeong, H. / Lee, C. / Kim, S. / Son, D.W. / Kumar, R. / Andring, J.T. / Lomelino, C. / Wierman, J.L. / Cohen, A.E. / Shin, T.J. / Ghim, C.M. / McKenna, R. / Jo, B.H. / ...

履歴

登録	2025年1月6日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年4月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年5月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ldo.cif.gz	167 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ldo.ent.gz	99.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ldo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ld/9ldo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ld/9ldo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7y2aC 7y2cC 7y2eC 7y2fC 7y2gC 7y2hC 7y2iC 7y2jC 7y2kC 7y2lC 7y2mC 7y2nC 7y2oC 7y2qC 8wepC 8werC 8wesC 9l2xC 9l2yC 9l2zC 9l30C 9l31C 9l32C 9l33C 9ldpC 9lr6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (2) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

29.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.983, 41.137, 72.435
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.301, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II 分子量: 29289.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 217 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.56 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 / 詳細: 1.3 M sodium citrate, 50 mM Tris-HCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.8856 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月14日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.14→30 Å / Num. obs: 83342 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 6.4 % / CC_1/2: 0.991 / CC star: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.083 / R_pim(I) all: 0.034 / R_rim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 27.6
反射シェル	解像度: 1.14→1.16 Å / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique obs: 4008 / CC_1/2: 0.867 / CC star: 0.964 / R_pim(I) all: 0.25 / R_rim(I) all: 0.597 / % possible all: 93.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
REFMAC	5.8.0430	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.142→28.943 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.966 / SU B: 1 / SU ML: 0.022 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.036 / ESU R Free: 0.035 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1712	4024	4.829 %
R_work	0.1503	79302	-
all	0.151	-	-
obs	-	83326	95.737 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.767 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.015 Å²	0 Å²	0.038 Å²
2-	-	-0.041 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.033 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.142→28.943 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2049	0	1	217	2267

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	2253
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2063
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.088	1.819	3088
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.716	1.786	4808
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.88	5	291
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.586	5	8
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.297	10	378
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.202	10	109
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.105	0.2	321
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	2717
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	509
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	432
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.194	0.2	1921
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.184	0.2	1053
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.093	0.2	1139
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.138	0.2	156
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.098	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.08	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.19	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.214	0.2	82
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.191	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.849	1.226	1093
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.806	1.225	1093
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.695	2.21	1385
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.699	2.212	1386
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.639	1.411	1160
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.636	1.414	1161
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.136	2.477	1695
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.133	2.479	1696
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	11.401	14.545	2558
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	11.126	14.129	2515
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.253	3	4316

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.142-1.171	0.241	287	0.231	5528	0.232	6342	0.977	0.98	91.6903	0.2
1.171-1.203	0.19	270	0.184	5635	0.184	6271	0.981	0.983	94.1636	0.155
1.203-1.238	0.177	271	0.157	5417	0.158	6024	0.981	0.986	94.4223	0.13
1.238-1.276	0.156	269	0.139	5360	0.14	5932	0.984	0.988	94.8921	0.117
1.276-1.318	0.153	251	0.129	5175	0.13	5702	0.985	0.99	95.1596	0.108
1.318-1.364	0.168	225	0.128	5050	0.129	5523	0.982	0.99	95.5097	0.108
1.364-1.416	0.163	232	0.126	4891	0.127	5342	0.984	0.99	95.9004	0.109
1.416-1.473	0.155	211	0.118	4726	0.119	5130	0.985	0.992	96.2378	0.104
1.473-1.539	0.155	212	0.115	4556	0.117	4948	0.985	0.992	96.3622	0.104
1.539-1.613	0.154	211	0.115	4340	0.117	4699	0.986	0.992	96.8504	0.107
1.613-1.7	0.16	225	0.121	4143	0.123	4491	0.985	0.991	97.2612	0.115
1.7-1.803	0.143	237	0.126	3927	0.127	4272	0.988	0.991	97.4719	0.123
1.803-1.927	0.16	213	0.137	3691	0.139	3995	0.985	0.989	97.7222	0.14
1.927-2.081	0.163	191	0.148	3468	0.149	3730	0.985	0.987	98.0965	0.156
2.081-2.278	0.184	173	0.15	3212	0.152	3442	0.98	0.986	98.344	0.163
2.278-2.545	0.183	150	0.16	2935	0.161	3131	0.979	0.984	98.5308	0.182
2.545-2.935	0.181	156	0.174	2580	0.174	2778	0.979	0.981	98.4881	0.206
2.935-3.585	0.169	122	0.179	2211	0.179	2348	0.98	0.98	99.3612	0.222
3.585-5.032	0.183	83	0.153	1752	0.155	1846	0.986	0.988	99.4041	0.193
5.032-28.943	0.202	35	0.206	705	0.206	1083	0.978	0.976	68.3287	0.255

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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