PDB-9lpd: Crystal structure of Escherichia coli trptophanyl-tRNA synthetase...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9lpd

タイトル

Crystal structure of Escherichia coli trptophanyl-tRNA synthetase in complex with tirabrutinib

要素

Tryptophan--tRNA ligase

キーワード

LIGASE / trptophayl-tRNA synthetase / Tirabrutinib / complex

機能・相同性

機能・相同性情報

tryptophan-tRNA ligase / tryptophanyl-tRNA aminoacylation / tryptophan-tRNA ligase activity / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Peng, X. / Chen, B. / Xia, K. / Zhou, H.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The lineage-specific tRNA recognition mechanism of bacterial trptophanyl-tRNA synthetase and its implications for inhibitor discover
著者: Peng, X. / Xia, K. / Huang, Q. / Xiang, M. / Han, L. / Qiu, H. / Gu, Q. / Chen, B. / Zhou, H.

履歴

登録	2025年1月24日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年5月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb9lpd.ent.gz		表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

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文書・詳細版	9lpd_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	9lpd_validation.xml.gz	30.1 KB	表示
CIF形式データ	9lpd_validation.cif.gz	40.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lp/9lpd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lp/9lpd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9lotC 9lpcC 8i1yS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Tryptophan--tRNA ligase

B: Tryptophan--tRNA ligase

ヘテロ分子

78.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.773, 79.435, 79.278
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 105.71, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Tryptophan--tRNA ligase / Tryptophanyl-tRNA synthetase / TrpRS 分子量: 38373.738 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) 遺伝子: trpS, ACU57_16550, B6R15_000448, B6R31_002275, BANRA_02015, BCB93_002501, BGM66_002290, BGZ_04191, BK383_21195, BKL28_001915, BMT91_03555, BvCmsNSP007_00090, BXT93_04920, C0P57_000786, ...遺伝子: trpS, ACU57_16550, B6R15_000448, B6R31_002275, BANRA_02015, BCB93_002501, BGM66_002290, BGZ_04191, BK383_21195, BKL28_001915, BMT91_03555, BvCmsNSP007_00090, BXT93_04920, C0P57_000786, C2R31_002885, C3F40_19370, CG704_07870, CIG67_21025, CTR35_001866, D9D43_04205, DD762_12005, DL968_00250, DNQ45_04190, DTL43_13995, DU321_12325, E4K51_10330, E6D34_04225, EIA08_11870, EPS97_04620, F7F11_12075, F7N46_14665, F9413_17445, F9461_03030, F9B07_12605, FGAF848_25410, FKO60_13960, FOI11_018845, FOI11_04335, FPS11_03390, FZU14_04195, G3V95_06005, G4A38_16925, G4A47_18515, G5603_11025, GAI89_06310, GNW61_08470, GOP25_12480, GP944_08250, GQE86_01825, GQN24_10725, HEP34_002452, HI055_002233, HJQ60_002846, HL563_11055, HL601_09110, HLX92_09755, HLZ50_06610, HMV95_07850, HVW04_17215, HVW43_18350, HVY77_01760, I6H00_19775, IH772_08800, J0541_002134, JNP96_25720, NCTC10764_03793, NCTC10974_00460, NCTC9044_01447, NCTC9073_00479, NCTC9077_00527, NCTC9706_02656, P6223_000209, Q2V20_09290, QDW62_01780, QO046_14075, R8G00_13645, SAMEA3472044_01080, SAMEA3472056_01981, SAMEA3752557_02035 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E2QFN4, tryptophan-tRNA ligase

#1: タンパク質

Tryptophan--tRNA ligase / Tryptophanyl-tRNA synthetase / TrpRS

分子量: 38373.738 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: trpS, ACU57_16550, B6R15_000448, B6R31_002275, BANRA_02015, BCB93_002501, BGM66_002290, BGZ_04191, BK383_21195, BKL28_001915, BMT91_03555, BvCmsNSP007_00090, BXT93_04920, C0P57_000786, ...
発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E2QFN4, tryptophan-tRNA ligase

-
非ポリマー , 5種, 185分子

#2: 化合物	ChemComp-A1EK0 / Tirabrutinib / Btk Kinase inhibitor 分子量: 454.481 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₂₂N₆O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-CLW / CHLORZOXAZONE / 5-CHLORO-2-BENZOXAZOLONE / クロルゾキサゾン分子量: 169.565 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₄ClNO₂
#5: 化合物	ChemComp-TYM / TRYPTOPHANYL-5'AMP 分子量: 533.431 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₄N₇O₈P
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.58 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.15 M ammonium sulfate, 0.1M HEPES pH 7.5, 25% w/v PEG 3,350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→76.32 Å / Num. obs: 46067 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.077 / R_pim(I) all: 0.052 / R_rim(I) all: 0.093 / Net I/σ(I): 8.4
反射シェル	解像度: 2.05→2.16 Å / R_merge(I) obs: 0.473 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 6713 / R_pim(I) all: 0.306 / R_rim(I) all: 0.565

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.18.2_3874: ???)	精密化
autoPROC		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 8I1Y

8i1y

解像度: 2.05→30.65 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.05 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2499	2291	4.98 %	RANDOM
R_work	0.232	-	-	-
obs	0.233	45967	98.38 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→30.65 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4977	0	97	180	5254

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	5178
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.253	7040
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.127	1847
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.075	791
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	930

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.05-2.09	0.3586	132	0.3698	2774	X-RAY DIFFRACTION	99
2.09-2.14	0.3877	121	0.3505	2729	X-RAY DIFFRACTION	98
2.14-2.19	0.3126	138	0.3301	2736	X-RAY DIFFRACTION	99
2.19-2.25	0.3664	134	0.3147	2695	X-RAY DIFFRACTION	99
2.25-2.32	0.2747	153	0.2977	2730	X-RAY DIFFRACTION	99
2.32-2.39	0.3205	156	0.2875	2742	X-RAY DIFFRACTION	99
2.39-2.48	0.3377	134	0.2735	2722	X-RAY DIFFRACTION	98
2.48-2.58	0.3176	149	0.2652	2739	X-RAY DIFFRACTION	99
2.58-2.69	0.2411	123	0.2535	2686	X-RAY DIFFRACTION	97
2.69-2.84	0.2692	141	0.2524	2747	X-RAY DIFFRACTION	98
2.84-3.01	0.2762	146	0.2588	2694	X-RAY DIFFRACTION	98
3.01-3.25	0.2743	156	0.2362	2742	X-RAY DIFFRACTION	99
3.25-3.57	0.2465	145	0.2269	2740	X-RAY DIFFRACTION	99
3.57-4.09	0.2057	163	0.1902	2689	X-RAY DIFFRACTION	98
4.09-5.15	0.1869	148	0.1777	2753	X-RAY DIFFRACTION	98
5.15-30.65	0.2242	152	0.1962	2758	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0099	-0.0215	-0.0424	-0.0272	-0.0173	0.0034	-0.1107	0.1856	-0.13	0.0343	0.0803	-0.0371	-0.0833	-0.0642	-0	0.2101	-0.0325	0.0035	0.3319	-0.0287	0.2087	30.2956	-4.4796	-4.2004
2	0.1126	0.0739	-0.0415	0.2149	-0.1302	0.1775	-0.0756	0.1575	0.0178	-0.0332	0.1319	0.0257	0.0134	0.0668	-0	0.2038	-0.0423	0.0084	0.302	-0.0235	0.1529	23.488	-8.5571	-3.8432
3	0.1448	-0.0169	0.0466	0.0774	-0.247	0.0559	-0.0661	-0.0394	0.1652	0.0429	-0.0253	0.0262	0.0326	0.0464	0	0.1881	-0.0234	-0.0362	0.1811	-0.0418	0.2732	20.0003	3.3675	11.525
4	-0.0004	0.0419	-0.0043	0.0193	0.0956	0.0268	0.0004	0.0111	-0.026	0.1015	-0.0875	-0.1111	-0.167	0.0306	-0	0.2148	-0.0191	-0.0135	0.3105	0.0018	0.2826	33.903	-0.3419	5.9715
5	-0.0055	0.003	0.0208	-0.0061	-0.0175	0.0206	0.0196	0.0482	0.4649	0.283	0.1798	-0.0102	-0.0138	-0.3473	-0	0.353	0.0277	0.0602	0.5798	-0.0597	0.4953	32.0108	6.4245	-16.8863
6	0.0548	-0.0076	-0.1716	0.0963	-0.0012	0.1299	0.0347	-0.1041	0.0121	-0.0035	-0.2035	-0.1118	-0.0121	-0.1417	0	0.3439	-0.0079	0.002	0.4199	0.0346	0.296	48.4276	6.2725	-20.2965
7	0.0168	0.0719	0.0862	-0.0334	0.0377	0.0331	-0.2669	0.6806	0.2614	-0.3225	-0.6349	-1.1721	0.0293	-0.0328	-0	0.4081	-0.0792	0.1469	0.4198	-0.4846	-0.2792	34.9565	-7.7348	-20.8473
8	0.0803	0.1268	-0.0564	-0.1133	-0.0238	0.0367	-0.0918	-0.2265	-0.3359	0.0808	0.1286	0.1031	0.1969	0.2304	0	0.2189	-0.0087	-0.0133	0.1981	-0.0804	0.2811	14.9298	-15.3299	9.8869
9	0.4763	-0.0013	-0.2436	-0.0264	-0.3698	-0.0098	0.0218	0.0242	0.2138	0.0992	0.0511	0.0481	0.0281	-0.0767	-0	0.1644	0.0055	0.0002	0.1558	-0.0112	0.2601	-4.1511	0.716	14.6989
10	0.0439	-0.0829	0.3099	0.1515	0.5741	-0.0349	-0.0704	-0.2732	-0.0319	-0.3623	0.1491	0.0786	-0.1214	0.0762	-0	0.4339	0.0019	0.065	0.2542	-0.0043	0.2489	-18.337	9.098	34.8368
11	0.0855	0.0446	-0.0481	0.0642	0.1208	0.0179	-0.0261	0.1469	-0.0816	-0.03	0.092	0.0939	0.1553	-0.068	0	0.2492	-0.0293	-0.0166	0.3046	-0.0077	0.2643	0.3592	-13.4412	8.4025

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 24 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 25 through 86 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 87 through 168 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 169 through 189 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 190 through 212 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 213 through 269 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 270 through 298 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 299 through 335 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 2 through 183 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 184 through 298 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 299 through 334 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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