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- PDB-9lpc: Crystal structure of Escherichia coli trptophanyl-tRNA synthetase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9lpc
タイトルCrystal structure of Escherichia coli trptophanyl-tRNA synthetase in complex with tRNA(Trp)
要素
  • Tryptophan--tRNA ligase
  • tRNA(Trp)
キーワードLIGASE/RNA / trptophanyl-tRNA synthetase / tRNA / complex / LIGASE-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


tryptophan-tRNA ligase / tryptophanyl-tRNA aminoacylation / tryptophan-tRNA ligase activity / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tryptophan-tRNA ligase, bacterial-type / : / Tryptophan-tRNA ligase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA (> 10) / Tryptophan--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.82 Å
データ登録者Peng, X. / Chen, B. / Zhou, H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)22177140 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The lineage-specific tRNA recognition mechanism of bacterial trptophanyl-tRNA synthetase and its implications for inhibitor discover
著者: Peng, X. / Xia, K. / Huang, Q. / Xiang, M. / Han, L. / Qiu, H. / Gu, Q. / Chen, B. / Zhou, H.
履歴
登録2025年1月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年5月7日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tryptophan--tRNA ligase
B: Tryptophan--tRNA ligase
C: tRNA(Trp)
D: tRNA(Trp)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,0144
ポリマ－125,0144
非ポリマー00
水1267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7670 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area47080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.788, 63.206, 91.629
Angle α, β, γ (deg.)98.50, 97.25, 100.04
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Tryptophan--tRNA ligase / Tryptophanyl-tRNA synthetase / TrpRS


分子量: 38373.738 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: trpS, ACU57_16550, B6R15_000448, B6R31_002275, BANRA_02015, BCB93_002501, BGM66_002290, BGZ_04191, BK383_21195, BKL28_001915, BMT91_03555, BvCmsNSP007_00090, BXT93_04920, C0P57_000786, ...遺伝子: trpS, ACU57_16550, B6R15_000448, B6R31_002275, BANRA_02015, BCB93_002501, BGM66_002290, BGZ_04191, BK383_21195, BKL28_001915, BMT91_03555, BvCmsNSP007_00090, BXT93_04920, C0P57_000786, C2R31_002885, C3F40_19370, CG704_07870, CIG67_21025, CTR35_001866, D9D43_04205, DD762_12005, DL968_00250, DNQ45_04190, DTL43_13995, DU321_12325, E4K51_10330, E6D34_04225, EIA08_11870, EPS97_04620, F7F11_12075, F7N46_14665, F9413_17445, F9461_03030, F9B07_12605, FGAF848_25410, FKO60_13960, FOI11_018845, FOI11_04335, FPS11_03390, FZU14_04195, G3V95_06005, G4A38_16925, G4A47_18515, G5603_11025, GAI89_06310, GNW61_08470, GOP25_12480, GP944_08250, GQE86_01825, GQN24_10725, HEP34_002452, HI055_002233, HJQ60_002846, HL563_11055, HL601_09110, HLX92_09755, HLZ50_06610, HMV95_07850, HVW04_17215, HVW43_18350, HVY77_01760, I6H00_19775, IH772_08800, J0541_002134, JNP96_25720, NCTC10764_03793, NCTC10974_00460, NCTC9044_01447, NCTC9073_00479, NCTC9077_00527, NCTC9706_02656, P6223_000209, Q2V20_09290, QDW62_01780, QO046_14075, R8G00_13645, SAMEA3472044_01080, SAMEA3472056_01981, SAMEA3752557_02035
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E2QFN4, tryptophan-tRNA ligase
#2: RNA鎖 tRNA(Trp)


分子量: 24133.295 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 1841774800
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.59 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.5 M ammonium acetate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 16% w/v PEG 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97954 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年3月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.82→89.51 Å / Num. obs: 30805 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 21.2
反射 シェル解像度: 2.82→2.87 Å / Rmerge(I) obs: 0.491 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 1346 / CC1/2: 0.795 / Rpim(I) all: 0.356 / Rrim(I) all: 0.61

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.18.2_3874: ???)精密化
DIALSデータスケーリング
xia2データ削減
MERLOT位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8I1Y

8i1y


解像度: 2.82→59.12 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 31.75 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2711 1472 4.79 %RANDOM
Rwork0.2364 ---
obs0.238 30742 97.16 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.82→59.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4577 2879 0 7 7463
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.017872
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.20711369
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.4853151
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0691418
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008979
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.82-2.910.35871200.37912387X-RAY DIFFRACTION87
2.91-3.020.36821490.33072638X-RAY DIFFRACTION97
3.02-3.140.35271430.31722667X-RAY DIFFRACTION98
3.14-3.280.29431430.2962669X-RAY DIFFRACTION97
3.28-3.450.32071320.28342686X-RAY DIFFRACTION98
3.45-3.670.30211410.25892698X-RAY DIFFRACTION99
3.67-3.950.28051180.23312743X-RAY DIFFRACTION98
3.95-4.350.25071480.21922665X-RAY DIFFRACTION99
4.35-4.980.24981430.20552680X-RAY DIFFRACTION98
4.98-6.270.26341190.22992737X-RAY DIFFRACTION99
6.27-59.120.22131160.19652700X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.29980.1911-0.09771.9573-0.13010.5424-0.09570.02130.69660.19970.1345-0.46270.41090.0475-0.12030.9783-0.1260.00890.78610.0241.30528.625534.340313.5075
29.0999-3.75280.99419.3319-4.51285.91180.7032-0.3631-0.2045-0.90610.0668-0.01780.9870.3427-0.63820.85970.03120.10591.12850.30641.18422.725450.06389.8541
31.5911-0.0486-0.65630.4428-0.11031.54590.66270.74650.1082-0.6279-0.46281.3758-0.9664-0.6964-0.25521.17010.22690.14811.22750.11921.758322.952327.3044-4.5403
42.63231.6975-0.69721.718-0.01692.89450.42060.71731.1575-0.43680.0844-0.3391-0.82920.0837-0.67660.842-0.05930.08790.81130.12520.844328.571618.499-13.0287
53.9270.73912.43084.5627-0.41891.46350.0522-0.1061-0.2505-0.0954-0.1281-0.58950.11580.20730.12580.791-0.02340.03070.61410.07131.04894.972343.573211.3604
62.5453-0.14060.84533.4184-1.04041.9827-0.1917-0.5066-0.25960.4820.158-0.0088-0.3529-0.6388-0.00610.95950.077-0.060.93860.22730.8986.1252-0.230437.5363
72.1878-1.69741.431.9214-0.46790.9542-1.163-1.74790.41021.2340.53640.1914-1.1729-1.09410.54461.55010.4827-0.06531.9005-0.12421.02492.15454.305256.9306
81.37550.4774-0.45850.1706-0.14920.1091-0.5194-0.9578-0.5114-0.5871-0.60410.0614-0.1560.24880.86732.71990.25250.37223.0587-0.7661.2623-22.678517.18766.4438
96.47097.12387.11158.10997.67437.97990.1073-2.64170.96641.465-1.16631.36031.471-2.04521.02311.68360.4530.13711.8016-0.080.9522-1.5552-4.003253.4958
102.47210.02231.70821.96670.05325.1867-0.0015-0.6999-0.29020.68150.52470.51790.63960.1656-0.62931.24310.29240.04431.14960.20770.830410.8784-14.89250.4725
112.6130.52821.50663.9115-0.69541.4777-0.20430.1729-0.04430.08550.4656-0.00810.23540.7792-0.14010.68030.0750.05030.81350.06910.6268.5785-3.022534.3943
121.8592-1.1678-0.33811.13070.05882.8481-0.01550.38950.043-0.0689-0.052-0.08520.02410.24770.04530.3852-0.0616-0.01860.52310.0540.464-6.18433.53815.9283
132.7161-0.1206-2.16870.06010.09232.82570.07360.0264-0.3055-0.1707-0.11550.05650.0410.36570.01580.60290.0285-0.00750.6550.01360.57714.24920.67284.0663
142.48610.0378-1.02741.28540.28170.99270.02991.3066-0.6365-0.25260.01530.00650.17610.05330.01560.81270.0202-0.03461.0449-0.13230.690714.9799-2.4385-15.7336
152.53370.6942-0.54880.31670.08460.2922-0.04330.6644-0.05310.03550.07960.27030.4022-1.159-0.04190.6202-0.044-0.00950.7655-0.04540.8367-23.3278-0.6929.2561
162.60070.2959-0.21572.6779-1.35761.7014-0.0697-0.54520.24650.53350.16830.5034-0.4664-0.1821-0.07410.610.04460.02790.5364-0.09410.5919-28.117615.449226.9723
171.8587-1.90631.60263.7639-2.24594.3393-0.2335-1.0858-0.54331.49580.2718-0.7043-0.7665-0.0301-0.04570.92630.0359-0.13610.77960.07520.7764-4.393318.613228.4159
182.53-0.80440.5711.7148-1.0050.7227-0.0182-0.35850.77180.21270.06730.177-0.2546-0.02240.0290.6576-0.0328-0.02670.5281-0.05110.8209-16.808923.715120.6137
192.8697-1.0599-2.55042.33323.06894.1865-0.1085-0.41190.88720.13510.19760.1263-0.27990.00350.45880.75480.05920.0040.741-0.02991.0802-23.172929.584923.7655
201.40050.50630.02440.7440.06940.0393-0.4543-0.69050.75810.4953-0.4166-0.1999-0.3598-0.02370.50921.69390.89660.0771.1143-1.01450.3016-22.108619.302548.5247
211.3454-0.41651.0292.359-0.10420.8905-0.2714-0.65330.40390.87520.26190.4768-0.0692-0.45840.05270.830.09810.0740.926-0.15220.8315-33.453117.897937.0701
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'C' and (resid 1 through 15 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'C' and (resid 16 through 20 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 21 through 30 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'C' and (resid 31 through 45 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 46 through 73 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'D' and (resid 1 through 10 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'D' and (resid 11 through 27 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 28 through 38 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 45 through 49 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 50 through 59 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 60 through 73 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 3 through 150 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 151 through 221 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'A' and (resid 222 through 298 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and (resid 299 through 340 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 3 through 98 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 99 through 122 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 123 through 168 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 169 through 188 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'B' and (resid 189 through 206 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'B' and (resid 207 through 334 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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