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- PDB-9lkl: Cryo-EM map of C1ql1-gC1q hexamer and BAI3-eCUB complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9lkl
タイトルCryo-EM map of C1ql1-gC1q hexamer and BAI3-eCUB complex
要素
  • Adhesion G protein-coupled receptor B3
  • C1q-related factor
キーワードSIGNALING PROTEIN / C1ql1 / BAI3 / synapse / CF-PC / Calcium
機能・相同性
機能・相同性情報


climbing fiber / motor learning / maintenance of synapse structure / cerebellar climbing fiber to Purkinje cell synapse / regulation of synapse pruning / collagen trimer / regulation of synapse maturation / myoblast fusion / positive regulation of synapse assembly / neuron remodeling ...climbing fiber / motor learning / maintenance of synapse structure / cerebellar climbing fiber to Purkinje cell synapse / regulation of synapse pruning / collagen trimer / regulation of synapse maturation / myoblast fusion / positive regulation of synapse assembly / neuron remodeling / regulation of dendrite morphogenesis / synaptic cleft / negative regulation of angiogenesis / GTPase activator activity / postsynaptic density membrane / G protein-coupled receptor activity / presynapse / cell surface receptor signaling pathway / postsynapse / G protein-coupled receptor signaling pathway / signaling receptor binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GPCR, family 2, brain-specific angiogenesis inhibitor / Adhesion G protein-coupled receptor B, N-terminal domain / Adhesion GPCR B N-terminal region / : / GAIN domain, N-terminal / AGRL2-4 GAIN subdomain A / C1q domain / C1q domain / C1q domain profile. / Complement component C1q domain. ...GPCR, family 2, brain-specific angiogenesis inhibitor / Adhesion G protein-coupled receptor B, N-terminal domain / Adhesion GPCR B N-terminal region / : / GAIN domain, N-terminal / AGRL2-4 GAIN subdomain A / C1q domain / C1q domain / C1q domain profile. / Complement component C1q domain. / GPCR proteolysis site, GPS, motif / GAIN domain superfamily / : / GPS motif / G-protein-coupled receptor proteolytic site domain / GAIN-B domain profile. / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / CUB domain / CUB domain profile. / Thrombospondin type 1 domain / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat superfamily / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat profile. / Thrombospondin type 1 repeats / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / Hormone receptor domain / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily / G-protein coupled receptors family 2 signature 2. / GPCR, family 2, secretin-like, conserved site / GPCR, family 2, secretin-like / 7 transmembrane receptor (Secretin family) / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2.
類似検索 - ドメイン・相同性
Adhesion G protein-coupled receptor B3 / C1q-related factor
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.48 Å
データ登録者Liao, L. / Niu, F. / Wei, Z.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32471250 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32471262 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural basis of calcium-dependent C1ql1/BAI3 assemblies in synaptic connectivity.
著者: Liangyu Liao / Ying Han / Fengfeng Niu / Yingjie Wang / Yang Lu / Shun Xu / Houming Zhu / Leishu Lin / Jinman Xiao / Hoi In Tou / Jiali Gao / Bo Zhang / Zhiyi Wei /
要旨: Cell adhesion molecules (CAMs) are pivotal in establishing and maintaining synaptic connectivity. Emerging evidence indicates that some secreted factors within the synaptic cleft, including C1q-like ...Cell adhesion molecules (CAMs) are pivotal in establishing and maintaining synaptic connectivity. Emerging evidence indicates that some secreted factors within the synaptic cleft, including C1q-like proteins (C1qls), play a crucial role in bridging pre- and post-synapses by connecting the bilateral CAMs. However, the mechanisms of those secreted factors in synapse assembly remain incomplete. Here, we explore C1ql-mediated synaptic connectivity, focusing on the assembly of C1ql1 and its postsynaptic receptor brain-specific angiogenesis inhibitor 3 (BAI3, also called ADGRB3). Our biochemical, structural, and computational analyses reveal that the trimeric globular C1q (gC1q) domain of C1ql1 undergoes a calcium-modulated domain-swapping event to form a hexamer. Cryo-EM study manifests the stabilizing role of calcium ions on the C1ql1_gC1q hexamer in complex with the extended CUB domain of BAI3. Using the gC1q hexamer, full-length C1ql1 further assembles into linear clusters, possibly providing a scaffold to accumulate BAI3 receptors on the plasma membrane. Our cellular and in vivo studies support a role for the gC1q-mediated dynamic assembly of C1ql1 in receptor accumulation and synapse maintenance. Collectively, our findings provide a plausible mechanism of secreted factor-mediated synaptic connectivity, driven by the calcium-modulated assembly of C1qls and their interactions with CAMs.
履歴
登録2025年1月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年12月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月17日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月17日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月17日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月17日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月17日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12026年1月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update
改定 1.12026年1月14日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C1q-related factor
B: C1q-related factor
C: C1q-related factor
D: Adhesion G protein-coupled receptor B3
E: Adhesion G protein-coupled receptor B3
F: C1q-related factor
G: C1q-related factor
H: C1q-related factor
I: Adhesion G protein-coupled receptor B3
J: Adhesion G protein-coupled receptor B3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)201,55418
ポリマ－201,23310
非ポリマー3218
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
C1q-related factor / C1q and tumor necrosis factor-related protein 14 / C1q/TNF-related protein 14 / CTRP14 / Complement ...C1q and tumor necrosis factor-related protein 14 / C1q/TNF-related protein 14 / CTRP14 / Complement component 1 Q subcomponent-like 1


分子量: 15184.653 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: C1ql1, C1qrf, Crf, Ctrp14 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O88992
#2: タンパク質
Adhesion G protein-coupled receptor B3 / Brain-specific angiogenesis inhibitor 3


分子量: 27531.328 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADGRB3, BAI3, KIAA0550
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O60242
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1C1ql1-gC1q and BAI3-eCUB complexCOMPLEX#1-#20RECOMBINANT
2BAI3-eCUBCOMPLEX#21RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID実験値
11NO
22
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Mus musculus (ハツカネズミ)10090
32Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)469008
32Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)7108
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 50mM Tris, 150mM NaCl, and 10mM CaCl2
試料濃度: 0.6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Topaz粒子像選択
2SerialEMv3.7画像取得
4CTFFINDv4.0CTF補正
7UCSF ChimeraXモデルフィッティング
9cryoSPARCv4.1初期オイラー角割当
10cryoSPARCv4.1最終オイラー角割当
11cryoSPARCv4.1分類
12cryoSPARCv4.1３次元再構成
13PHENIX1.19.2_4158モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 8710226
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.48 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 143870 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
14qq2

4qq2

14qq21PDBexperimental model
21AlphaFoldin silico model
精密化最高解像度: 3.48 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00311477
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.70715506
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.0741511
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0471634
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0051991

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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