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- PDB-9lbn: The composite cryo-EM structure of the head-to-tail connector and... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9lbn
タイトルThe composite cryo-EM structure of the head-to-tail connector and head-proximal tail components of bacteriophage phiXacJX1
要素
  • adaptor protein gp5
  • portal protein gp1
  • stopper protein gp6
  • terminator protein gp8
  • tube protein gp9
キーワードVIRUS / Xanthomonas phage / head-to-tail connector / tail
生物種Xanthomonas phage phiXacJX1 (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Guo, M. / Wang, A. / Zheng, Y. / Liu, C. / Shao, Q. / Fang, Q.
資金援助1件
組織認可番号国
Other government
引用ジャーナル: Structure / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM structures of a Xanthomonas phage: Insights into viral architecture and implications for the model phage HK97.
著者: Mingcheng Guo / Aohan Wang / Yaqi Zheng / Chaoying Liu / Qianqian Shao / Yunfei Deng / Lin Li / Yueting Wang / Xiaofang Wang / Yue Shen / Jun Qian / Xiaofeng Zhou / Qianglin Fang /
要旨: Xanthomonas bacteria are responsible for disease outbreaks in several hundred plant species, causing significant economic losses. Xanthomonas phages have emerged as a promising biocontrol strategy in ...Xanthomonas bacteria are responsible for disease outbreaks in several hundred plant species, causing significant economic losses. Xanthomonas phages have emerged as a promising biocontrol strategy in managing various important plant diseases caused by Xanthomonas bacteria. However, structural information for Xanthomonas phages has remained limited so far. Here, we present high-resolution cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of the Xanthomonas citri phage ΦXacJX1 from siphoviruses. These structures include atomic models for the head, head-to-tail connector and head-proximal portion of the tail. ΦXacJX1's head and head-to-tail connector components show significant protein sequence and structural homology with those of the model siphophage HK97. However, the in-situ structures of head-to-tail connector of phage HK97 remain unavailable. The presented structures of phage ΦXacJX1 enhance our understanding of Xanthomonas phages and the mature virion of phage HK97. They provide a valuable framework for future structural and functional studies on both Xanthomonas phages and phage HK97.
履歴
登録2025年1月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年5月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年6月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _em_admin.last_update

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
H: portal protein gp1
I: adaptor protein gp5
J: stopper protein gp6
K: terminator protein gp8
L: tube protein gp9
M: tube protein gp9
h: portal protein gp1
i: adaptor protein gp5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)188,8868
ポリマ－188,8868
非ポリマー00
水00
1
H: portal protein gp1
I: adaptor protein gp5
J: stopper protein gp6
K: terminator protein gp8
L: tube protein gp9
M: tube protein gp9
h: portal protein gp1
i: adaptor protein gp5

H: portal protein gp1
I: adaptor protein gp5
J: stopper protein gp6
K: terminator protein gp8
L: tube protein gp9
M: tube protein gp9
h: portal protein gp1
i: adaptor protein gp5

H: portal protein gp1
I: adaptor protein gp5
J: stopper protein gp6
K: terminator protein gp8
L: tube protein gp9
M: tube protein gp9
h: portal protein gp1
i: adaptor protein gp5

H: portal protein gp1
I: adaptor protein gp5
J: stopper protein gp6
K: terminator protein gp8
L: tube protein gp9
M: tube protein gp9
h: portal protein gp1
i: adaptor protein gp5

H: portal protein gp1
I: adaptor protein gp5
J: stopper protein gp6
K: terminator protein gp8
L: tube protein gp9
M: tube protein gp9
h: portal protein gp1
i: adaptor protein gp5

H: portal protein gp1
I: adaptor protein gp5
J: stopper protein gp6
K: terminator protein gp8
L: tube protein gp9
M: tube protein gp9
h: portal protein gp1
i: adaptor protein gp5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,133,31348
ポリマ－1,133,31348
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5

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要素

#1: タンパク質 portal protein gp1


分子量: 46652.449 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: This protein corresponds to a novel sequence that is not yet available in UniProt. The current reference for the sequence is GenBank Accession Number: PQ476032.1
由来: (天然) Xanthomonas phage phiXacJX1 (ファージ)
#2: タンパク質 adaptor protein gp5


分子量: 12313.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: This protein corresponds to a novel sequence that is not yet available in UniProt. The current reference for the sequence is GenBank Accession Number: PQ476032.1
由来: (天然) Xanthomonas phage phiXacJX1 (ファージ)
#3: タンパク質 stopper protein gp6


分子量: 13217.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: This protein corresponds to a novel sequence that is not yet available in UniProt. The current reference for the sequence is GenBank Accession Number: PQ476032.1
由来: (天然) Xanthomonas phage phiXacJX1 (ファージ)
#4: タンパク質 terminator protein gp8


分子量: 13104.870 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: This protein corresponds to a novel sequence that is not yet available in UniProt. The current reference for the sequence is GenBank Accession Number: PQ476032.1
由来: (天然) Xanthomonas phage phiXacJX1 (ファージ)
#5: タンパク質 tube protein gp9


分子量: 22315.920 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: This protein corresponds to a novel sequence that is not yet available in UniProt. The current reference for the sequence is GenBank Accession Number: PQ476032.1
由来: (天然) Xanthomonas phage phiXacJX1 (ファージ)
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Xanthomonas phage phiXacJX1 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Xanthomonas phage phiXacJX1 (ファージ)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Xanthomonas citri pv. citri
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 59000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 26 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION4粒子像選択
4CTFFIND4CTF補正
9RELION4初期オイラー角割当
10RELION4最終オイラー角割当
12RELION4３次元再構成
13PHENIX1.19.2-4158-000モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 109188
対称性点対称性: C6 (6回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 79701 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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