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- PDB-9l1n: Structure of Western equine encephalitis virus 71V1658 strain VLP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9l1n
タイトルStructure of Western equine encephalitis virus 71V1658 strain VLP in complex with human PCDH10 EC1
要素
  • Capsid glycoprotein
  • E1 glycoprotein
  • E2 glycoprotein
  • Protocadherin-10
キーワードVIRAL PROTEIN / Western Equine Encephalitis virus / WEEV / PCDH10 / EC1 / receptor / complex / glycoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


T=4 icosahedral viral capsid / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / nervous system development / postsynaptic membrane / host cell cytoplasm / cell adhesion / symbiont entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / calcium ion binding ...T=4 icosahedral viral capsid / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / nervous system development / postsynaptic membrane / host cell cytoplasm / cell adhesion / symbiont entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / calcium ion binding / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / glutamatergic synapse / structural molecule activity / proteolysis / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cadherin, cytoplasmic C-terminal domain / Cadherin cytoplasmic C-terminal / Cadherin, N-terminal / Cadherin-like / : / Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein ...Cadherin, cytoplasmic C-terminal domain / Cadherin cytoplasmic C-terminal / Cadherin, N-terminal / Cadherin-like / : / Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein / Alphavirus E3 glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus core protein (CP) domain profile. / Cadherin conserved site / Cadherin domain signature. / Cadherin repeats. / Cadherin domain / Cadherin-like / Cadherins domain profile. / Cadherin-like superfamily / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / Immunoglobulin E-set / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Structural polyprotein / Protocadherin-10
類似検索 - 構成要素
生物種Western equine encephalitis virus (西部ウマ脳炎ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Cao, D. / Ma, B. / Cao, Z. / Zhang, X. / Xiang, Y.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China) 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
Chinese Academy of Sciences 中国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2025
タイトル: Structural basis for the recognition of two different types of receptors by Western equine encephalitis virus.
著者: Bingting Ma / Ziyi Cao / Weijia Ding / Xinzheng Zhang / Ye Xiang / Duanfang Cao /
要旨: Western equine encephalitis virus (WEEV) enters cells via various receptors. Here, we report the cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of WEEV in complex with its receptors PCDH10 and very-low- ...Western equine encephalitis virus (WEEV) enters cells via various receptors. Here, we report the cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of WEEV in complex with its receptors PCDH10 and very-low-density lipoprotein receptor (VLDLR). Structural analysis shows that PCDH10 binds in the cleft formed by adjacent E2-E1 heterodimers of WEEV through its EC1 ectodomain. Residues of viral envelope proteins involved in the interactions with PCDH10 EC1 are unique to WEEV. The strain-specific receptor VLDLR binds WEEV strain McMillan through two consecutive ecto-LDLR class A (LA) repeats. LA1-2, LA2-3, LA3-4, LA4-5, and LA5-6 of VLDLR all have detectable interactions with WEEV. Detailed structures of WEEV in complex with LA1-2 and LA2-3 show that the N-terminal LA repeat binds in the cleft and that the C-terminal LA repeat is attached to the E2 B domain. The acquisition of a single E2 mutation (V265F) allows WEEV strain 71V-1658, originally unable to bind VLDLR, to gain this receptor-binding ability. The binding of VLDLR to WEEV is in a mode different from those of other alphaviruses.
履歴
登録2024年12月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年6月4日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E1 glycoprotein
B: E2 glycoprotein
C: Capsid glycoprotein
D: E1 glycoprotein
E: E2 glycoprotein
F: Capsid glycoprotein
G: E1 glycoprotein
H: E2 glycoprotein
I: Capsid glycoprotein
J: E1 glycoprotein
K: E2 glycoprotein
L: Capsid glycoprotein
M: Protocadherin-10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)452,45621
ポリマ－450,68613
非ポリマー1,7708
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質
E1 glycoprotein / p130


分子量: 47326.781 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Western equine encephalitis virus (西部ウマ脳炎ウイルス)
株: 71V1658 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9J1K1
#2: タンパク質
E2 glycoprotein / p130


分子量: 46218.676 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Western equine encephalitis virus (西部ウマ脳炎ウイルス)
株: 71V1658 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9J1K1
#3: タンパク質
Capsid glycoprotein / p130


分子量: 16409.549 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Western equine encephalitis virus (西部ウマ脳炎ウイルス)
株: 71V1658 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9J1K1
#4: タンパク質 Protocadherin-10


分子量: 10866.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PCDH10, KIAA1400 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9P2E7
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Western equine encephalitis virus strain 71V1658 VLP in complex with its receptor PCDH10 EC1 at the asymmetric unit
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Western equine encephalitis virus (西部ウマ脳炎ウイルス)
株: strian 71V1658
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1700 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 516874 / 対称性のタイプ: POINT
精密化立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00732573
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.0444404
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.04219310
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0665000
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0095683

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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