PDB-9kxp: Crystal structure of the PIN1 and fragment 33 complex.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9kxp

タイトル

Crystal structure of the PIN1 and fragment 33 complex.

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase NIMA-interacting 1

キーワード

ISOMERASE / cis-trans isomerase

機能・相同性

機能・相同性情報

cis-trans isomerase activity / phosphothreonine residue binding / negative regulation of cell motility / ubiquitin ligase activator activity / regulation of protein localization to nucleus / GTPase activating protein binding / mitogen-activated protein kinase kinase binding / protein targeting to mitochondrion / protein peptidyl-prolyl isomerization / regulation of mitotic nuclear division ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.81 Å

データ登録者

Xiao, Q.J. / Wu, T.T. / Shu, H.L. / Qin, W.M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Uncovering druggable hotspots on Pin1 via X-ray crystallographic fragment screening.
著者: Xiao, Q. / Tang, J. / Shu, H. / Wu, T. / Zhang, H. / Wang, W. / Wang, L. / Qin, W.

履歴

登録	2024年12月7日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年10月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年10月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9kxp.cif.gz	77.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9kxp.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9kxp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9kxp_validation.pdf.gz	1005.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9kxp_full_validation.pdf.gz	1005.1 KB	表示
XML形式データ	9kxp_validation.xml.gz	9.9 KB	表示
CIF形式データ	9kxp_validation.cif.gz	13.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kx/9kxp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kx/9kxp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9jyoC 9jypC 9jyrC 9jytC 9jyvC 9jz2C 9jz3C 9jz4C 9jz6C 9jzgC 9jzsC 9jzuC 9jzvC 9ke7C 9ke9C 9kebC 9kecC 9kelC 9keqC 9kesC 9kewC 9keyC 9kezC 9kf0C 9kfcC 9kfhC 9kg9C 9kx7C 9kx9C 9kxcC 9kxdC 9kxeC 9kxfC 9kxgC 9kxhC 9kxiC 9kxjC 9kxlC 9kxmC 9kxnC 9kxoC 9kxqC 9v92C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (8) #31 - 2002年7月 p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (8)
#31 - 2002年7月
p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#213 - 2017年9月
サーチュイン (Sirtuins)
類似性 (1)
#221 - 2018年5月
ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase NIMA-interacting 1

ヘテロ分子

18.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.498, 69.498, 79.224
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase NIMA-interacting 1 / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase Pin1 / PPIase Pin1 / Rotamase Pin1 分子量: 18185.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIN1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13526, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物	ChemComp-A1EHB / (2,4-dimethyl-1,3-thiazol-5-yl)methanol 分子量: 143.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₉NOS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PE8 / 3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL 分子量: 370.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₄O₉
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.5 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸発脱水法詳細: 2.6M AMMONIUM SULPHATE, 0.1M HEPES BUFFER PH7.5, 1% PEG 400

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.96 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年5月27日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.96 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.81→50 Å / Num. obs: 20771 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.4 % / CC_1/2: 0.987 / CC star: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.179 / R_pim(I) all: 0.043 / R_rim(I) all: 0.185 / Χ²: 1.744 / Net I/σ(I): 4.3 / Num. measured all: 403065

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.81-1.84	18.9	1.628	1036	0.95	0.987	0.384	1.673	0.587	100
1.84-1.87	20.4	1.505	1014	0.97	0.992	0.342	1.544	0.637	100
1.87-1.91	20.3		1017	0.969	0.992		1.342	1.027	100
1.91-1.95	19	1.658	1026	0.924	0.98	0.4	1.707	2.675	100
1.95-1.99	20.1	0.932	1039	0.983	0.996	0.213	0.956	0.875	100
1.99-2.04	19.6	0.684	1008	0.983	0.996	0.159	0.703	0.902	100
2.04-2.09	18.9	0.69	1021	0.984	0.996	0.163	0.709	1.127	100
2.09-2.15	20.2	0.515	1019	0.99	0.998	0.117	0.528	1.08	100
2.15-2.21	19.6	0.461	1026	0.989	0.997	0.108	0.474	1.112	100
2.21-2.28	18	0.746	1028	0.955	0.989	0.187	0.769	2.988	100
2.28-2.36	20.4	0.435	1032	0.991	0.998	0.099	0.447	1.288	100
2.36-2.46	20.3	0.301	1035	0.995	0.999	0.069	0.309	1.421	100
2.46-2.57	19.9	0.264	1038	0.993	0.998	0.061	0.271	1.553	100
2.57-2.7	19.3	0.25	1028	0.992	0.998	0.059	0.257	1.783	100
2.7-2.87	19.8	0.203	1034	0.996	0.999	0.047	0.209	1.9	100
2.87-3.09	19.7	0.167	1049	0.997	0.999	0.039	0.171	2.196	100
3.09-3.41	19.8	0.137	1047	0.996	0.999	0.032	0.141	2.52	100
3.41-3.9	18.4	0.13	1062	0.996	0.999	0.032	0.134	3.284	100
3.9-4.91	18.8	0.104	1064	0.997	0.999	0.025	0.107	2.968	100
4.91-50	17.2	0.111	1148	0.996	0.999	0.028	0.114	3.232	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19_4092: ???)	精密化
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.81→28.13 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.4 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2667	1968	9.65 %
R_work	0.2219	-	-
obs	0.2262	20396	98.36 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.81→28.13 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1198	0	10	89	1297

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	1236
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.118	1653
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.175	190
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	164
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.013	215

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.81-1.85	0.3443	136	0.2918	1319	X-RAY DIFFRACTION	99
1.85-1.9	0.3935	134	0.3144	1248	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9-1.96	0.4906	121	0.4469	1170	X-RAY DIFFRACTION	89
1.96-2.02	0.2975	143	0.2358	1329	X-RAY DIFFRACTION	99
2.02-2.09	0.2526	140	0.2537	1307	X-RAY DIFFRACTION	99
2.09-2.18	0.2981	138	0.231	1312	X-RAY DIFFRACTION	99
2.18-2.28	0.3082	138	0.3199	1274	X-RAY DIFFRACTION	96
2.28-2.4	0.2796	145	0.2502	1322	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4-2.55	0.3215	143	0.2332	1315	X-RAY DIFFRACTION	100
2.55-2.74	0.2576	144	0.2373	1338	X-RAY DIFFRACTION	100
2.74-3.02	0.2418	146	0.2299	1352	X-RAY DIFFRACTION	100
3.02-3.46	0.302	146	0.2203	1346	X-RAY DIFFRACTION	100
3.46-4.35	0.1936	142	0.1783	1365	X-RAY DIFFRACTION	100
4.35-28.13	0.254	152	0.1836	1431	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0701	0.9755	-0.4863	1.2359	0.3716	2.3598	-0.1091	0.3047	-0.2538	-0.1269	0.1328	-0.2891	0.2847	0.0955	-0.028	0.3927	-0.1145	-0.0008	0.3176	-0.0028	0.3356	-19.2491	20.0986	6.7784
2	3.6266	-0.2727	-0.0498	2.1971	-0.2319	3.2539	-0.0161	-0.2419	0.2817	-0.181	0.0376	0.1311	-0.0435	-0.6474	-0.0665	0.2533	-0.0395	-0.0076	0.3928	0.0256	0.2684	-36.6904	29.5973	12.751
3	1.7827	-0.4866	0.4482	1.7639	-0.1562	2.6906	-0.0891	-0.0625	-0.1484	-0.2042	0.12	0.0842	0.6527	-0.5478	-0.0284	0.3419	-0.17	0.0004	0.351	0.0157	0.2574	-31.2712	16.6061	14.7467

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 7 through 62 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 63 through 110 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 111 through 163 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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