PDB-9kxo: Crystal structure of the PIN1 and fragment 21 complex.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9kxo

タイトル

Crystal structure of the PIN1 and fragment 21 complex.

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase NIMA-interacting 1

キーワード

ISOMERASE / cis-trans isomerase

機能・相同性

機能・相同性情報

cis-trans isomerase activity / phosphothreonine residue binding / negative regulation of cell motility / ubiquitin ligase activator activity / regulation of protein localization to nucleus / GTPase activating protein binding / mitogen-activated protein kinase kinase binding / protein targeting to mitochondrion / protein peptidyl-prolyl isomerization / regulation of mitotic nuclear division ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Xiao, Q.J. / Wu, T.T. / Shu, H.L. / Qin, W.M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Uncovering druggable hotspots on Pin1 via X-ray crystallographic fragment screening.
著者: Xiao, Q. / Tang, J. / Shu, H. / Wu, T. / Zhang, H. / Wang, W. / Wang, L. / Qin, W.

履歴

登録	2024年12月7日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年10月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年10月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9kxo.cif.gz	78.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9kxo.ent.gz	56.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9kxo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9kxo_validation.pdf.gz	921.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9kxo_full_validation.pdf.gz	921.3 KB	表示
XML形式データ	9kxo_validation.xml.gz	10.7 KB	表示
CIF形式データ	9kxo_validation.cif.gz	14.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kx/9kxo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kx/9kxo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9jyoC 9jypC 9jyrC 9jytC 9jyvC 9jz2C 9jz3C 9jz4C 9jz6C 9jzgC 9jzsC 9jzuC 9jzvC 9ke7C 9ke9C 9kebC 9kecC 9kelC 9keqC 9kesC 9kewC 9keyC 9kezC 9kf0C 9kfcC 9kfhC 9kg9C 9kx7C 9kx9C 9kxcC 9kxdC 9kxeC 9kxfC 9kxgC 9kxhC 9kxiC 9kxjC 9kxlC 9kxmC 9kxnC 9kxpC 9kxqC 9v92C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (8) #31 - 2002年7月 p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (8)
#31 - 2002年7月
p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#213 - 2017年9月
サーチュイン (Sirtuins)
類似性 (1)
#221 - 2018年5月
ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase NIMA-interacting 1

ヘテロ分子

19.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.242, 69.242, 79.696
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase NIMA-interacting 1 / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase Pin1 / PPIase Pin1 / Rotamase Pin1 分子量: 18185.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIN1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13526, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物	ChemComp-UUY / 2-[methyl(pyridin-2-yl)amino]ethan-1-ol 分子量: 152.194 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₂N₂O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PE8 / 3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL 分子量: 370.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₄O₉
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.44 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸発脱水法詳細: 2.6M AMMONIUM SULPHATE, 0.1M HEPES BUFFER PH7.5, 1% PEG 400

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.96 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年5月17日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.96 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 22916 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.9 % / CC_1/2: 0.986 / CC star: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.151 / R_pim(I) all: 0.049 / R_rim(I) all: 0.159 / Χ²: 1.227 / Net I/σ(I): 4 / Num. measured all: 248825

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.75-1.78	10.7	1.846	1137	0.928	0.981	0.593	1.94	0.516	100
1.78-1.81	10.8	1.437	1125	0.879	0.967	0.459	1.51	0.582	100
1.81-1.85	10.5	1.318	1121	0.897	0.972	0.426	1.387	0.597	100
1.85-1.89	11.1	1.427	1147	0.941	0.985	0.446	1.496	0.643	100
1.89-1.93	10.2	1.427	1126	0.878	0.967	0.489	1.511	1.816	100
1.93-1.97	10.7	3.209	1105	0.894	0.972	1.036	3.375	1.42	100
1.97-2.02	11.4	0.675	1137	0.955	0.989	0.208	0.707	0.797	100
2.02-2.07	11.4	0.586	1139	0.971	0.993	0.182	0.614	0.913	100
2.07-2.14	11.2	0.528	1114	0.968	0.992	0.165	0.554	0.952	100
2.14-2.2	10.8	0.387	1151	0.979	0.995	0.123	0.406	1.019	100
2.2-2.28	10.3	0.525	1132	0.947	0.986	0.177	0.555	1.82	99.9
2.28-2.38	11	0.302	1126	0.984	0.996	0.096	0.317	1.065	100
2.38-2.48	11.3	0.233	1153	0.991	0.998	0.072	0.244	1.109	100
2.48-2.61	11.4	0.194	1124	0.988	0.997	0.06	0.204	1.195	100
2.61-2.78	11	0.174	1181	0.987	0.997	0.055	0.183	1.287	100
2.78-2.99	11.1	0.133	1134	0.993	0.998	0.042	0.139	1.446	100
2.99-3.29	11	0.11	1170	0.994	0.999	0.035	0.116	1.598	100
3.29-3.77	11	0.105	1155	0.995	0.999	0.033	0.111	2.395	100
3.77-4.75	10.1	0.081	1181	0.996	0.999	0.026	0.085	2.101	100
4.75-50	10	0.074	1258	0.996	0.999	0.025	0.078	1.365	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19_4092: ???)	精密化
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.75→29.98 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.64 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2226	1980	8.69 %
R_work	0.2049	-	-
obs	0.2065	22774	99.43 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→29.98 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1197	0	10	136	1343

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	1235
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.983	1648
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.83	201
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	162
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	213

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.79	0.2667	138	0.2653	1452	X-RAY DIFFRACTION	98
1.79-1.84	0.3123	139	0.2486	1457	X-RAY DIFFRACTION	99
1.84-1.89	0.2572	141	0.251	1453	X-RAY DIFFRACTION	99
1.89-1.95	0.3473	135	0.327	1436	X-RAY DIFFRACTION	96
1.95-2.02	0.2455	137	0.2339	1469	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.1	0.2349	143	0.2103	1479	X-RAY DIFFRACTION	100
2.11-2.2	0.2656	141	0.2244	1469	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2-2.32	0.2853	139	0.2305	1495	X-RAY DIFFRACTION	100
2.32-2.46	0.2611	143	0.2204	1456	X-RAY DIFFRACTION	100
2.46-2.65	0.23	142	0.2009	1496	X-RAY DIFFRACTION	100
2.65-2.92	0.2528	141	0.221	1491	X-RAY DIFFRACTION	100
2.92-3.34	0.2275	142	0.1984	1522	X-RAY DIFFRACTION	100
3.34-4.21	0.1848	142	0.1748	1521	X-RAY DIFFRACTION	100
4.21-29.98	0.1854	157	0.1907	1598	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6622	0.3353	0.1816	1.9758	-0.7004	2.6754	-0.1399	0.1538	0.1731	-0.152	0.1226	0.4527	-0.0819	-0.2895	0.0051	0.3558	-0.116	0.0104	0.3054	0.0093	0.3323	19.4877	-20.0919	6.6737
2	3.9389	-0.4929	0.5981	1.9462	0.3815	3.0778	-0.0036	0.0288	-0.3212	-0.205	0.1142	-0.2128	0.0579	0.5051	-0.052	0.2149	-0.0442	0.0147	0.303	-0.0355	0.2458	36.6517	-29.5831	12.8778
3	2.223	-0.7349	0.0394	2.3361	0.1015	2.8919	-0.1243	-0.0159	0.1106	-0.0834	0.0917	-0.0384	-0.5086	0.418	0.0192	0.2988	-0.1208	-0.0103	0.3099	-0.0152	0.2207	31.1663	-16.5776	14.7391

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 7 through 62 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 63 through 110 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 111 through 163 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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