PDB-9kxc: Crystal structure of the PIN1 and fragment 36 complex.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9kxc

タイトル

Crystal structure of the PIN1 and fragment 36 complex.

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase NIMA-interacting 1

キーワード

ISOMERASE / cis-trans isomerase

機能・相同性

機能・相同性情報

cis-trans isomerase activity / phosphothreonine residue binding / negative regulation of cell motility / ubiquitin ligase activator activity / regulation of protein localization to nucleus / GTPase activating protein binding / mitogen-activated protein kinase kinase binding / protein targeting to mitochondrion / protein peptidyl-prolyl isomerization / regulation of mitotic nuclear division ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.53 Å

データ登録者

Xiao, Q.J. / Wu, T.T. / Shu, H.L. / Qin, W.M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Uncovering druggable hotspots on Pin1 via X-ray crystallographic fragment screening.
著者: Xiao, Q. / Tang, J. / Shu, H. / Wu, T. / Zhang, H. / Wang, W. / Wang, L. / Qin, W.

履歴

登録	2024年12月6日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年10月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年10月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9kxc.cif.gz	79 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9kxc.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9kxc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9kxc_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9kxc_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	9kxc_validation.xml.gz	11 KB	表示
CIF形式データ	9kxc_validation.cif.gz	14.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kx/9kxc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kx/9kxc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9jyoC 9jypC 9jyrC 9jytC 9jyvC 9jz2C 9jz3C 9jz4C 9jz6C 9jzgC 9jzsC 9jzuC 9jzvC 9ke7C 9ke9C 9kebC 9kecC 9kelC 9keqC 9kesC 9kewC 9keyC 9kezC 9kf0C 9kfcC 9kfhC 9kg9C 9kx7C 9kx9C 9kxdC 9kxeC 9kxfC 9kxgC 9kxhC 9kxiC 9kxjC 9kxlC 9kxmC 9kxnC 9kxoC 9kxpC 9kxqC 9v92C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (8) #31 - 2002年7月 p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (8)
#31 - 2002年7月
p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#213 - 2017年9月
サーチュイン (Sirtuins)
類似性 (1)
#221 - 2018年5月
ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase NIMA-interacting 1

ヘテロ分子

19 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.632, 69.632, 79.442
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase NIMA-interacting 1 / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase Pin1 / PPIase Pin1 / Rotamase Pin1 分子量: 18185.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIN1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13526, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物	ChemComp-A1EHE / quinolin-5-amine 分子量: 144.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₈N₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PE8 / 3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL 分子量: 370.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₄O₉
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.77 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸発脱水法詳細: 2.6M AMMONIUM SULPHATE, 0.1M HEPES BUFFER PH7.5, 1% PEG 400

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: NFPSS

/ ビームライン: BL18U / 波長: 0.96 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年5月27日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.96 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.53→50 Å / Num. obs: 34040 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.8 % / CC_1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.118 / R_pim(I) all: 0.028 / R_rim(I) all: 0.122 / Χ²: 1.775 / Net I/σ(I): 5.5 / Num. measured all: 638316

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.53-1.56	10.3	1.347	1661	0.709	0.911	0.407	1.414	0.62	99.2
1.56-1.58	13	1.092	1682	0.905	0.975	0.297	1.135	0.513	100
1.58-1.62	17.4	1.132	1652	0.947	0.986	0.273	1.166	0.506	100
1.62-1.65	19.6	1.007	1698	0.96	0.99	0.232	1.033	0.524	100
1.65-1.68	20	0.854	1680	0.981	0.995	0.196	0.876	0.575	100
1.68-1.72	19.8	0.781	1674	0.981	0.995	0.18	0.802	0.782	100
1.72-1.77	19.8	0.619	1675	0.99	0.997	0.143	0.635	0.664	100
1.77-1.81	20.1	0.445	1689	0.991	0.998	0.102	0.457	0.682	100
1.81-1.87	20	0.386	1684	0.994	0.998	0.088	0.396	0.807	100
1.87-1.93	19.9	0.543	1710	0.983	0.996	0.125	0.557	3.051	100
1.93-2	20	0.312	1687	0.994	0.998	0.072	0.321	1.779	100
2-2.08	18.7	0.231	1690	0.995	0.999	0.055	0.238	1.774	100
2.08-2.17	19.8	0.186	1689	0.997	0.999	0.043	0.191	1.582	100
2.17-2.29	19.5	0.191	1696	0.996	0.999	0.044	0.196	2.337	100
2.29-2.43	20.6	0.123	1712	0.998	0.999	0.028	0.126	1.642	100
2.43-2.62	19.9	0.109	1714	0.997	0.999	0.025	0.112	1.877	100
2.62-2.88	19.8	0.099	1717	0.998	0.999	0.023	0.101	2.317	100
2.88-3.3	20.3	0.081	1738	0.999	1	0.018	0.083	2.463	100
3.3-4.15	18.2	0.074	1735	0.998	1	0.018	0.076	3.307	100
4.15-50	18.3	0.07	1857	0.995	0.999	0.017	0.072	6.424	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19_4092: ???)	精密化
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.53→28.19 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.18 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2327	1975	5.83 %
R_work	0.2093	-	-
obs	0.2107	33859	99.4 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.53→28.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1164	0	57	149	1370

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1251
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.963	1673
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.715	208
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	164
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	214

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.53-1.57	0.3156	133	0.3028	2161	X-RAY DIFFRACTION	96
1.57-1.61	0.2921	137	0.2575	2245	X-RAY DIFFRACTION	99
1.61-1.66	0.2747	140	0.2557	2264	X-RAY DIFFRACTION	99
1.66-1.71	0.3213	140	0.248	2224	X-RAY DIFFRACTION	99
1.71-1.77	0.2787	142	0.249	2257	X-RAY DIFFRACTION	99
1.77-1.84	0.2632	140	0.2272	2257	X-RAY DIFFRACTION	99
1.84-1.93	0.269	141	0.235	2266	X-RAY DIFFRACTION	99
1.93-2.03	0.25	142	0.2163	2261	X-RAY DIFFRACTION	100
2.03-2.16	0.2433	139	0.2275	2290	X-RAY DIFFRACTION	100
2.16-2.32	0.2332	140	0.2062	2292	X-RAY DIFFRACTION	100
2.32-2.56	0.223	144	0.2175	2287	X-RAY DIFFRACTION	100
2.56-2.93	0.224	142	0.2224	2318	X-RAY DIFFRACTION	100
2.93-3.69	0.2391	146	0.1962	2332	X-RAY DIFFRACTION	100
3.69-28.19	0.1992	149	0.1816	2430	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6052	0.5822	-0.1446	1.9441	0.6941	1.9369	-0.1741	0.1059	-0.2374	-0.1143	0.1069	-0.3733	0.0285	0.2469	0.0947	0.2776	-0.1022	-0.0134	0.2469	0.0135	0.2532	-19.4134	20.1818	6.6909
2	3.1264	0.3783	-0.793	1.3563	-0.0329	2.431	-0.0496	-0.0513	0.2346	-0.1515	0.0151	0.0839	-0.1042	-0.369	-0.0153	0.1757	-0.0236	-0.0177	0.2362	0.015	0.2025	-36.7208	29.6692	12.7669
3	2.0163	-0.6136	-0.3522	1.8297	0.4757	2.2112	-0.1218	-0.0566	-0.05	-0.0131	0.0972	0.0493	0.4472	-0.2835	0.0192	0.2486	-0.1016	-0.001	0.2236	0.0055	0.1784	-31.2624	16.7289	14.7227

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 7 through 62 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 63 through 110 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 111 through 163 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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