PDB-9keb: Crystal structure of the PIN1 and fragment 24 complex.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9keb

タイトル

Crystal structure of the PIN1 and fragment 24 complex.

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase NIMA-interacting 1

キーワード

ISOMERASE / cis-trans isomerase

機能・相同性

機能・相同性情報

cis-trans isomerase activity / phosphothreonine residue binding / negative regulation of cell motility / ubiquitin ligase activator activity / regulation of protein localization to nucleus / GTPase activating protein binding / mitogen-activated protein kinase kinase binding / protein targeting to mitochondrion / protein peptidyl-prolyl isomerization / regulation of mitotic nuclear division ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Xiao, Q.J. / Wu, T.T. / Shu, H.L. / Qin, W.M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Uncovering druggable hotspots on Pin1 via X-ray crystallographic fragment screening.
著者: Xiao, Q. / Tang, J. / Shu, H. / Wu, T. / Zhang, H. / Wang, W. / Wang, L. / Qin, W.

履歴

登録	2024年11月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年8月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9keb.cif.gz	79.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9keb.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9keb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9keb_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9keb_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	9keb_validation.xml.gz	11.1 KB	表示
CIF形式データ	9keb_validation.cif.gz	15.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ke/9keb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ke/9keb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9jyoC 9jypC 9jyrC 9jytC 9jyvC 9jz2C 9jz3C 9jz4C 9jz6C 9jzgC 9jzsC 9jzuC 9jzvC 9ke7C 9ke9C 9kecC 9kelC 9keqC 9kesC 9kewC 9keyC 9kezC 9kf0C 9kfcC 9kfhC 9kg9C 9kxhC 9kxiC 9kxjC 9kxlC 9kxmC 9kxnC 9kxqC 9v92C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (8) #31 - 2002年7月 p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (8)
#31 - 2002年7月
p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#213 - 2017年9月
サーチュイン (Sirtuins)
類似性 (1)
#221 - 2018年5月
ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase NIMA-interacting 1

ヘテロ分子

19 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.759, 69.759, 79.284
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase NIMA-interacting 1 / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase Pin1 / PPIase Pin1 / Rotamase Pin1 分子量: 18185.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIN1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13526, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物	ChemComp-A1EE8 / [2-(4-methyl-1,4-diazepan-1-yl)phenyl]methanol / 915707-55-0 分子量: 220.311 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₂₀N₂O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PE8 / 3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL 分子量: 370.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₄O₉
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.83 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸発脱水法詳細: 2.6M AMMONIUM SULPHATE, 0.1M HEPES BUFFER PH7.5, 1% PEG 400

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: NFPSS

/ ビームライン: BL18U / 波長: 0.96 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年5月23日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.96 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 27340 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.6 % / CC_1/2: 0.999 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.113 / R_pim(I) all: 0.026 / R_rim(I) all: 0.116 / Χ²: 1.141 / Net I/σ(I): 4.9 / Num. measured all: 536448

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.65-1.68	15.2	0.764	1353	0.95	0.987	0.198	0.791	0.519	100
1.68-1.71	18.7	0.777	1317	0.973	0.993	0.183	0.799	0.514	100
1.71-1.74	19.9	0.695	1357	0.972	0.993	0.159	0.713	0.529	100
1.74-1.78	20.2	0.599	1357	0.986	0.996	0.137	0.615	0.561	100
1.78-1.82	20.1	0.505	1331	0.983	0.996	0.116	0.519	0.59	100
1.82-1.86	19.5	0.422	1357	0.99	0.998	0.098	0.434	0.647	100
1.86-1.9	20.3	0.419	1339	0.988	0.997	0.095	0.43	0.78	100
1.9-1.96	19.3	0.402	1368	0.99	0.997	0.094	0.413	1.157	100
1.96-2.01	20.7	0.276	1348	0.991	0.998	0.062	0.283	0.904	100
2.01-2.08	20.5	0.245	1348	0.994	0.999	0.055	0.251	1.016	100
2.08-2.15	20.2	0.213	1369	0.995	0.999	0.049	0.219	1.069	100
2.15-2.24	19.6	0.188	1346	0.994	0.999	0.044	0.193	1.196	100
2.24-2.34	20.1	0.18	1375	0.995	0.999	0.042	0.185	1.334	100
2.34-2.46	20.1	0.149	1351	0.997	0.999	0.034	0.153	1.308	100
2.46-2.62	20.6	0.134	1374	0.996	0.999	0.03	0.137	1.397	100
2.62-2.82	19.8	0.122	1370	0.995	0.999	0.028	0.125	1.535	100
2.82-3.11	20.1	0.106	1388	0.997	0.999	0.024	0.109	1.764	100
3.11-3.55	20.1	0.093	1387	0.998	0.999	0.021	0.095	1.986	100
3.55-4.48	19.2	0.081	1410	0.998	1	0.019	0.084	2.092	100
4.48-50	18.1	0.074	1495	0.998	1	0.018	0.076	1.655	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19_4092: ???)	精密化
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.65→30.21 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.74 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.212	2011	7.39 %
R_work	0.1923	-	-
obs	0.1938	27223	99.64 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→30.21 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1196	0	10	165	1371

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1235
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.943	1651
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.363	199
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	164
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.012	212

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.65-1.69	0.2697	140	0.2581	1738	X-RAY DIFFRACTION	98
1.69-1.74	0.276	138	0.2372	1781	X-RAY DIFFRACTION	99
1.74-1.79	0.2744	141	0.2313	1774	X-RAY DIFFRACTION	99
1.79-1.85	0.2743	141	0.2178	1790	X-RAY DIFFRACTION	99
1.85-1.91	0.2725	141	0.2241	1740	X-RAY DIFFRACTION	99
1.91-1.99	0.2278	145	0.2146	1807	X-RAY DIFFRACTION	100
1.99-2.08	0.262	140	0.2024	1772	X-RAY DIFFRACTION	100
2.08-2.19	0.2338	144	0.1976	1797	X-RAY DIFFRACTION	100
2.19-2.33	0.202	144	0.2025	1806	X-RAY DIFFRACTION	100
2.33-2.51	0.2085	144	0.1961	1792	X-RAY DIFFRACTION	100
2.51-2.76	0.2484	142	0.2024	1823	X-RAY DIFFRACTION	100
2.76-3.16	0.1886	143	0.2003	1819	X-RAY DIFFRACTION	100
3.16-3.97	0.2025	153	0.1704	1839	X-RAY DIFFRACTION	100
3.98-30.21	0.1835	155	0.1766	1934	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1342	0.8139	0.1296	1.4792	-0.3303	1.7103	-0.2175	0.1924	0.1655	-0.114	0.1882	0.3918	0.0847	-0.2827	0.0667	0.2901	-0.1402	0.0025	0.2967	-0.0054	0.2999	19.5653	-20.4094	6.7164
2	2.6156	0.0005	0.9905	1.7978	-0.2896	2.6	-0.0423	-0.0008	-0.1648	-0.2119	0.0324	-0.1226	0.1922	0.4263	0.0017	0.1872	-0.0076	0.018	0.2695	-0.0343	0.2188	36.8247	-29.7715	12.7123
3	1.4237	-0.3783	0.0828	1.9327	-0.6231	2.3477	-0.0821	-0.0541	0.0319	-0.0092	0.0646	-0.0334	-0.4853	0.3594	-0.0029	0.2631	-0.1162	-0.0028	0.263	-0.0177	0.2	31.3273	-16.7586	14.6919

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 7 through 62 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 63 through 110 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 111 through 163 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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