PDB-9jwd: Crystal structure of RNAs A treated with sodium cyanide

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9jwd

タイトル

Crystal structure of RNAs A treated with sodium cyanide

要素

Ribonuclease pancreatic

キーワード

HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / defense response to Gram-positive bacterium / lyase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.22 Å

データ登録者

Ahmad, M.S. / Shah, N.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2024
タイトル: Cyanide mediated conformational changes resulted in the displacement of sulfate ion from the active site of bovine pancreatic ribonuclease A.
著者: Shah, N. / Akbar, Z. / Ahmad, M.S.

履歴

登録	2024年10月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年12月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9jwd.cif.gz	41 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9jwd.ent.gz	26.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9jwd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jw/9jwd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jw/9jwd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9jwhC 1eicS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (9) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (9) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #206 - 2017年2月グロビンの進化 (Globin Evolution) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

14 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.329, 64.329, 64.102
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-390- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Ribonuclease pancreatic / RNase 1 / RNase A 分子量: 13708.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P61823, EC: 3.1.27.5

-
非ポリマー , 5種, 108分子

#2: 化合物	ChemComp-CYN / CYANIDE ION / シアニド分子量: 26.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CN / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.96 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1M sodium acetate buffer pH 5.5. reservoir solution containing 24-34% (NH4)2SO4, 0.1M sodium acetate buffer pH 5.5, and super-saturated solution of NaCl.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER D8 QUEST / 波長: 1.5406 Å
検出器	タイプ: BRUKER PHOTON 100 / 検出器: CMOS / 日付: 2023年3月13日
放射	モノクロメーター: Ni / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5406 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.22→22.71 Å / Num. obs: 7822 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 10.5 % / B_iso Wilson estimate: 16 Å² / CC_1/2: 0.96 / Net I/σ(I): 1.44
反射シェル	解像度: 2.22→2.22 Å / Num. unique obs: 683 / R_pim(I) all: 0.521

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
PROTEUM PLUS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1EIC

1eic

解像度: 2.22→22.71 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.92 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.838 / SU B: 7.121 / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.26 / ESU R Free: 0.219 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25752	342	4.4 %	RANDOM
R_work	0.20091	-	-	-
obs	0.2034	7462	99.38 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.002 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.01 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.01 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.22→22.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	951	0	16	102	1069

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	981
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	876
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.517	1.654	1325
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.317	1.587	2029
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.799	5	123
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.531	23.958	48
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.706	15	168
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.857	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.066	0.2	134
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1128
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	220
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.252	1.499	496
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.254	1.498	494
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.197	2.244	617
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.195	2.244	618
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.328	1.655	484
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.295	1.634	481
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.245	2.381	703
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.741	18.459	1124
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.436	18.431	1115
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.224→2.281 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.338	17	-
R_work	0.294	504	-
obs	-	-	93.2 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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