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- PDB-9jwb: Cyanophage A4 capsid asymmetric unit -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9jwb
タイトルCyanophage A4 capsid asymmetric unit
要素
  • Major capsid protein
  • Major cement
  • Plastocyanin-like domain-containing protein
キーワードVIRUS / Cyanophage / Capsid
機能・相同性Phage capsid protein / Phage capsid protein / Uncharacterized protein / Major capsid protein / Plastocyanin-like domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Anabaena phage A-4L (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Hou, P. / Li, Q. / Zhou, C.Z.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)U19A2020 中国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM structure of cyanopodophage A4 reveals a pentameric pre-ejectosome in the double-stabilized capsid.
著者: Pu Hou / Rui-Qian Zhou / Yong-Liang Jiang / Rong-Cheng Yu / Kang Du / Nanqin Gan / Fei Ke / Qi-Ya Zhang / Qiong Li / Cong-Zhao Zhou /
要旨: Upon infection, the podophages usually eject a couple of proteins from the capsid to form a transmembrane ejectosome on the host cell membrane that facilitates the ejection of viral genome. However, ...Upon infection, the podophages usually eject a couple of proteins from the capsid to form a transmembrane ejectosome on the host cell membrane that facilitates the ejection of viral genome. However, it remains unclear how these proteins of pre-ejectosome are finely assembled at the center of highly packaged genome. Here, we report the intact structure of cyanopodophage A4, which consists of a capsid stabilized by two types of cement proteins and a short tail attached with six tail fibers. Notably, we find a pentameric pre-ejectosome at the core of capsid, which is composed of four ejection proteins wrapped into a coaxial cylinder of triple layers. Moreover, a segment of genomic DNA runs along the positively charged circular cleft formed by two ejection proteins. Based on the mortise-and-tenon architecture of pre-ejectosome in combination with previous studies, we propose a putative DNA packaging process and ejection mechanism for podophages. These findings largely enrich our knowledge on the assembly mechanism of podophages, which might facilitate the application of A4 as a chassis cyanophage in synthetic biology.
履歴
登録2024年10月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年4月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月9日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月9日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月9日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月9日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月9日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年7月2日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年7月2日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major capsid protein
B: Major capsid protein
C: Major capsid protein
D: Major capsid protein
E: Major capsid protein
F: Major capsid protein
G: Major capsid protein
Z: Plastocyanin-like domain-containing protein
a: Major cement
b: Major cement
c: Major cement
d: Major cement
e: Major cement
f: Major cement
g: Major cement


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)353,58215
ポリマ－353,58215
非ポリマー00
水00
1
A: Major capsid protein
B: Major capsid protein
C: Major capsid protein
D: Major capsid protein
E: Major capsid protein
F: Major capsid protein
G: Major capsid protein
Z: Plastocyanin-like domain-containing protein
a: Major cement
b: Major cement
c: Major cement
d: Major cement
e: Major cement
f: Major cement
g: Major cement
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,214,947900
ポリマ－21,214,947900
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Major capsid protein
B: Major capsid protein
C: Major capsid protein
D: Major capsid protein
E: Major capsid protein
F: Major capsid protein
G: Major capsid protein
Z: Plastocyanin-like domain-containing protein
a: Major cement
b: Major cement
c: Major cement
d: Major cement
e: Major cement
f: Major cement
g: Major cement
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 1.77 MDa, 75 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,767,91275
ポリマ－1,767,91275
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Major capsid protein
B: Major capsid protein
C: Major capsid protein
D: Major capsid protein
E: Major capsid protein
F: Major capsid protein
G: Major capsid protein
Z: Plastocyanin-like domain-containing protein
a: Major cement
b: Major cement
c: Major cement
d: Major cement
e: Major cement
f: Major cement
g: Major cement
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 2.12 MDa, 90 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,121,49590
ポリマ－2,121,49590
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: タンパク質
Major capsid protein


分子量: 38341.383 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Anabaena phage A-4L (ファージ) / 参照: UniProt: A0A059PY92
#2: タンパク質 Plastocyanin-like domain-containing protein / Auxiliary cement


分子量: 21217.752 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Anabaena phage A-4L (ファージ) / 参照: UniProt: A0A059PYA7
#3: タンパク質
Major cement


分子量: 9139.288 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Anabaena phage A-4L (ファージ) / 参照: UniProt: A0A059PY26
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Anabaena phage A-4L / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Anabaena phage A-4L (ファージ)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: SPECIES / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影電子線照射量: 55 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
8PHENIXモデル精密化
13RELION3.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
3次元再構成解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 124173 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 2.8 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00325057
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.50334128
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.583542
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0464076
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0044431

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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