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タイトルCryo-EM structure of cyanopodophage A4 reveals a pentameric pre-ejectosome in the double-stabilized capsid.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 122, Issue 14, Page e2423403122, Year 2025
掲載日2025年4月8日
著者Pu Hou / Rui-Qian Zhou / Yong-Liang Jiang / Rong-Cheng Yu / Kang Du / Nanqin Gan / Fei Ke / Qi-Ya Zhang / Qiong Li / Cong-Zhao Zhou /
PubMed 要旨Upon infection, the podophages usually eject a couple of proteins from the capsid to form a transmembrane ejectosome on the host cell membrane that facilitates the ejection of viral genome. However, ...Upon infection, the podophages usually eject a couple of proteins from the capsid to form a transmembrane ejectosome on the host cell membrane that facilitates the ejection of viral genome. However, it remains unclear how these proteins of pre-ejectosome are finely assembled at the center of highly packaged genome. Here, we report the intact structure of cyanopodophage A4, which consists of a capsid stabilized by two types of cement proteins and a short tail attached with six tail fibers. Notably, we find a pentameric pre-ejectosome at the core of capsid, which is composed of four ejection proteins wrapped into a coaxial cylinder of triple layers. Moreover, a segment of genomic DNA runs along the positively charged circular cleft formed by two ejection proteins. Based on the mortise-and-tenon architecture of pre-ejectosome in combination with previous studies, we propose a putative DNA packaging process and ejection mechanism for podophages. These findings largely enrich our knowledge on the assembly mechanism of podophages, which might facilitate the application of A4 as a chassis cyanophage in synthetic biology.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:40163721
手法EM (単粒子)
解像度2.6 - 3.6 Å
構造データ

61850

9jwb

EMDB-61850, PDB-9jwb:
Cyanophage A4 capsid asymmetric unit
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

61942

9k09

EMDB-61942, PDB-9k09:
Cyanophage A4 portal-tail complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

61998

9k2v

EMDB-61998, PDB-9k2v:
Cyanophage A4 pre-ejectosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

62011

9k3a

EMDB-62011, PDB-9k3a:
Cyanophage A4 pre-ejectosome with C1 symmetry
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • anabaena phage a-4l (ファージ)
キーワードVIRUS / Cyanophage / Capsid / VIRAL PROTEIN / Tail / Portal / Zozzle / Adaptor / Tail Fiber / Ejectosome

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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