PDB-9jsx: G175S PMEL CAF amyloid - in vitro polymerized

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9jsx

タイトル

G175S PMEL CAF amyloid - in vitro polymerized

要素

M-alpha

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / melanosome / melanoma / pigment / melanin / amyloid / glaucoma

機能・相同性

機能・相同性情報

cis-Golgi network membrane / positive regulation of melanin biosynthetic process / melanin biosynthetic process / melanosome membrane / melanosome organization / multivesicular body, internal vesicle / multivesicular body membrane / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / melanosome / endoplasmic reticulum membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.79 Å

データ登録者

Oda, T. / Yanagisawa, H.

資金援助

日本,

フランス, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM of PMEL Amyloids Reveals Pathogenic Mechanism of G175S in Pigment Dispersion Syndrome.
著者: Yanagisawa, H. / Oda, T.

履歴

登録	2024年10月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9jsx.cif.gz	94.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9jsx.ent.gz	73.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9jsx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9jsx_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9jsx_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	9jsx_validation.xml.gz	20 KB	表示
CIF形式データ	9jsx_validation.cif.gz	29.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/js/9jsx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/js/9jsx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	61786MC 61782C 61783C 61784C 61785C 9jstC 9jsuC 9jsvC 9jswC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (1)

登録構造単位

A: M-alpha

E: M-alpha

B: M-alpha

F: M-alpha

C: M-alpha

G: M-alpha

D: M-alpha

H: M-alpha

30.3 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質・ペプチド	M-alpha / 95 kDa melanocyte-specific secreted glycoprotein / P26 / Secreted melanoma-associated ME20 antigen ...95 kDa melanocyte-specific secreted glycoprotein / P26 / Secreted melanoma-associated ME20 antigen / ME20-S / ME20S 分子量: 3786.343 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PMEL, D12S53E, PMEL17, SILV / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P40967
Has protein modification	N

#1: タンパク質・ペプチド

M-alpha / 95 kDa melanocyte-specific secreted glycoprotein / P26 / Secreted melanoma-associated ME20 antigen ...

分子量: 3786.343 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PMEL, D12S53E, PMEL17, SILV / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P40967

Has protein modification

N

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: G175S mutant PMEL CAF domain, expressed in E. coli / タイプ: CELL / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)	生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液	pH: 4.4
緩衝液成分	濃度: 150 mM / 名称: Sodium acetate / 式: CH₃COONa
試料	濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was monodisperse.
試料支持	グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結	装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283 K

-
電子顕微鏡撮影

顕微鏡	モデル: JEOL CRYO ARM 300
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 60000 X / 最大デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ	凍結剤: NITROGEN
撮影	平均露光時間: 5.5 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)
電子光学装置	エネルギーフィルター名称: In-column Omega Filter エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

-
解析

CTF補正	タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成	解像度: 1.79 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 781124 / 対称性のタイプ: POINT

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
電子顕微鏡撮影

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-電子顕微鏡撮影

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
電子顕微鏡撮影

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)