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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9jow | |||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the myxol-bound light-driven chloride ion-pumping rhodopsin, NM-R3 | |||||||||||||||||||||||||||
![]() | Chloride pumping rhodopsin | |||||||||||||||||||||||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / chloride ion-pumping rhodopsin RETINAL CELL-FREE SYNTHESIS Bacterial type rhodopsin | |||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.48 Å | |||||||||||||||||||||||||||
![]() | Hosaka, T. / Shirouzu, M. | |||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Intracellular carotenoids enhance the pump activation of microbial rhodopsin in two ways: The light-harvesting antenna and the photocycle acceleration 著者: Fujiwara, T. / Hosaka, T. / Hasegawa-Takano, M. / Nishimura, Y. / Tominaga, K. / Mori, K. / Nishino, S. / Kawasaki, Y. / Takahashi, Y. / Uchikubo-Kamo, T. / Hanada, K. / Takaichi, S. / Inoue, ...著者: Fujiwara, T. / Hosaka, T. / Hasegawa-Takano, M. / Nishimura, Y. / Tominaga, K. / Mori, K. / Nishino, S. / Kawasaki, Y. / Takahashi, Y. / Uchikubo-Kamo, T. / Hanada, K. / Takaichi, S. / Inoue, K. / Shirouzu, M. / Yoshizawa, S. | |||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 303.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 67.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 90.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 5分子 ABCDE
#1: タンパク質 | 分子量: 30710.936 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: ClR, NMS_1267 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 11種, 241分子 


















#2: 化合物 | ChemComp-RET / #3: 化合物 | ChemComp-A1L4O / ( 分子量: 584.871 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O3 #4: 化合物 | ChemComp-CL / #5: 化合物 | ChemComp-PC1 / #6: 化合物 | ChemComp-PLC / #7: 化合物 | ChemComp-R16 / #8: 化合物 | #9: 化合物 | #10: 化合物 | ChemComp-C14 / #11: 化合物 | ChemComp-D10 / | #12: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: NM-R3 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.2 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60.425 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 2.48 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 791219 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 解像度: 2.48→2.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.833 / SU B: 4.051 / SU ML: 0.08 / ESU R: 0.205 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 101.513 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 合計: 11677 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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