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万見
- PDB-9ja3: Herpes simplex virus type 1 polymerase machinery in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ja3
タイトルHerpes simplex virus type 1 polymerase machinery in complex with duplex DNA, acyclovir triphosphate and calcium ions
要素
  • DNA (27-MER)
  • DNA (5'-D(*AP*GP*GP*CP*CP*AP*TP*AP*CP*GP*AP*TP*CP*CP*TP*TP*CP*CP*CP*CP*TP*AP*C)-3')
  • DNA polymerase
  • DNA polymerase processivity factor
キーワードREPLICATION / Herpes simplex virus type 1 / HSV-1 / UL30 / UL42 / DNA replication holoenzyme / DNA replication machinery / acyclovir triphosphate / DNA / Calcium
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA polymerase complex / bidirectional double-stranded viral DNA replication / viral DNA genome replication / DNA polymerase processivity factor activity / DNA-templated DNA replication / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA replication / nucleotide binding ...DNA polymerase complex / bidirectional double-stranded viral DNA replication / viral DNA genome replication / DNA polymerase processivity factor activity / DNA-templated DNA replication / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA replication / nucleotide binding / host cell nucleus / DNA binding
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase processivity factor (UL42) / DNA polymerase processivity factor (UL42) / DNA polymerase catalytic subunit Pol, C-terminal / DNA polymerase catalytic subunit Pol / : / DNA polymerase family B, thumb domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase family B signature. / DNA polymerase family B ...DNA polymerase processivity factor (UL42) / DNA polymerase processivity factor (UL42) / DNA polymerase catalytic subunit Pol, C-terminal / DNA polymerase catalytic subunit Pol / : / DNA polymerase family B, thumb domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase family B signature. / DNA polymerase family B / : / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACYCLOVIR TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase / DNA polymerase processivity factor
類似検索 - 構成要素
生物種Human herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Wu, Y.Q. / Chen, X.L. / Jiang, Z.Y. / Li, D.Y. / Zhang, Z.Y. / Dong, C.J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32250710142 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis of herpes simplex type 1 virus DNA polymerase holoenzyme in DNA replication and acyclovir inhibition and proof-reading
著者: Wu, Y.Q. / Chen, X.L. / Jiang, Z.Y. / Li, D.Y. / Zhang, Z.Y. / Dong, C.J.
履歴
登録2024年8月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年9月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月3日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月3日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月3日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月3日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月3日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase
B: DNA polymerase processivity factor
T: DNA (27-MER)
P: DNA (5'-D(*AP*GP*GP*CP*CP*AP*TP*AP*CP*GP*AP*TP*CP*CP*TP*TP*CP*CP*CP*CP*TP*AP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)206,9008
ポリマ－206,3154
非ポリマー5854
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 DNA polymerase


分子量: 136683.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human herpesvirus 1 (strain 17) (ヘルペスウイルス)
遺伝子: UL30
発現宿主: Insect expression vector pBlueBacmsGCA1 (その他)
参照: UniProt: G8HBE4, DNA-directed DNA polymerase
#2: タンパク質 DNA polymerase processivity factor / DNA-binding protein UL42 / Polymerase accessory protein / PAP


分子量: 54288.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human herpesvirus 1 (strain 17) (ヘルペスウイルス)
遺伝子: UL42
発現宿主: Insect expression vector pBlueBacmsGCA1His (その他)
参照: UniProt: P10226

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DNA鎖 , 2種, 2分子 TP

#3: DNA鎖 DNA (27-MER)


分子量: 8421.433 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*GP*GP*CP*CP*AP*TP*AP*CP*GP*AP*TP*CP*CP*TP*TP*CP*CP*CP*CP*TP*AP*C)-3')


分子量: 6921.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 2種, 4分子

#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-AVP / ACYCLOVIR TRIPHOSPHATE


分子量: 465.144 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H14N5O12P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Herpes simplex virus type 1 DNA replication machinery in complex DNA duplex and dGTP
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: MULTIPLE SOURCES
由来(天然)生物種: Human herpesvirus 1 (strain 17) (ヘルペスウイルス)
由来(組換発現)生物種: Insect expression vector pBlueBacmsGCA1His (その他)
緩衝液pH: 7.2
詳細: 25 mM MOPS, pH 7.2, 150mM NaCl, 5% glycerol, 1mM tris(2-carboxyethyl) phosphine (TCEP)
試料濃度: 1.4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
3次元再構成解像度: 3.15 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 678158 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00211845
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.48116292
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d17.2411965
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0411847
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0031936

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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