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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9ja1 | ||||||
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タイトル | The RNA polymerase II elongation complex from Saccharomyces cerevisiae | ||||||
要素 |
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キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN / RNA polymerase / elongation complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RPB4-RPB7 complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / RNA Polymerase I Transcription Initiation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes ...RPB4-RPB7 complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / RNA Polymerase I Transcription Initiation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / termination of RNA polymerase II transcription / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA-templated transcription / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / termination of RNA polymerase III transcription / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / termination of RNA polymerase I transcription / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / RNA Polymerase I Promoter Escape / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / transcription by RNA polymerase I / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / Estrogen-dependent gene expression / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase II activity / Dual incision in TC-NER / transcription elongation by RNA polymerase I / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I activity / RNA polymerase I complex / RNA polymerase III complex / positive regulation of translational initiation / translesion synthesis / RNA polymerase II, core complex / translation initiation factor binding / DNA-templated transcription initiation / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription elongation by RNA polymerase II / P-body / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / cytoplasmic stress granule / mRNA processing / ribosome biogenesis / peroxisome / single-stranded DNA binding / transcription by RNA polymerase II / single-stranded RNA binding / protein dimerization activity / nucleotide binding / mRNA binding / nucleolus / mitochondrion / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.98 Å | ||||||
データ登録者 | Yi, G. / Ma, J. / Zhang, P. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: The RNA polymerase II elongation complex from Saccharomyces cerevisiae 著者: Ma, J. / Yi, G. / Zhang, P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 9ja1.cif.gz | 724.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb9ja1.ent.gz | 564.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 9ja1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 9ja1_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 9ja1_full_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 9ja1_validation.xml.gz | 101.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 9ja1_validation.cif.gz | 152.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ja/9ja1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ja/9ja1 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 61287MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-DNA-directed RNA polymerase II subunit ... , 6種, 6分子 ABCKDG
#1: タンパク質 | 分子量: 191821.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: RPO21, RPB1, RPB220, SUA8, YDL140C, D2150 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04050, DNA-directed RNA polymerase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 138937.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: RPB2, RPB150, RPO22, YOR151C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P08518, DNA-directed RNA polymerase |
#3: タンパク質 | 分子量: 35330.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: RPB3, YIL021W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P16370 |
#8: タンパク質 | 分子量: 13633.493 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: RPB11, YOL005C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P38902 |
#10: タンパク質 | 分子量: 25451.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: RPB4, YJL140W, J0654 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P20433 |
#11: タンパク質 | 分子量: 19081.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: RPB7, YDR404C, D9509.22 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P34087 |
-DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ... , 5種, 5分子 EFHJL
#4: タンパク質 | 分子量: 25117.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: RPB5, RPA7, RPC9, YBR154C, YBR1204 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P20434 |
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#5: タンパク質 | 分子量: 17931.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: RPO26, RPB6, YPR187W, P9677.8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P20435 |
#6: タンパク質 | 分子量: 16525.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: RPB8, YOR224C, YOR50-14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P20436 |
#7: タンパク質 | 分子量: 8290.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: RPB10, YOR210W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22139 |
#9: タンパク質 | 分子量: 7729.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: RPC10, RPB12, YHR143W-A, YHR143BW / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40422 |
-RNA鎖 , 1種, 1分子 R
#12: RNA鎖 | 分子量: 2934.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 TN
#13: DNA鎖 | 分子量: 22582.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#14: DNA鎖 | 分子量: 22851.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-非ポリマー , 3種, 9分子
#15: 化合物 | ChemComp-ZN / #16: 化合物 | #17: 化合物 | ChemComp-ATP / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: synthetic construct (人工物) | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2400 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 2.98 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 146186 / 対称性のタイプ: POINT |