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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9j9z | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Outward state Anhydromuropeptide permease (AmpG) complex with GlcNAc-1,6-anhMurNAc | ||||||
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![]() | MEMBRANE PROTEIN / AmpG / MFS / Anhydromuropeptide permease | ||||||
機能・相同性 | ![]() electron transport chain / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() synthetic construct (人工物) ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.97 Å | ||||||
![]() | Chang, N. / Kim, U. / Cho, H. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Structural and functional insights of AmpG in muropeptide transport and multiple β-lactam antibiotics resistance. 著者: Nienping Chang / Hoyoung Kim / Uijin Kim / Yongju Cho / Youngki Yoo / Hyunsook Lee / Ji Won Kim / Min Sung Kim / Jaeho Lee / Young-Lag Cho / Kitae Kim / Dongeun Yong / Hyun-Soo Cho / ![]() ![]() 要旨: Anhydromuropeptide permease (AmpG) is a transporter protein located in the inner membrane of certain gram -negative bacteria, involved in peptidoglycan (PG) recycling and β-lactamase induction. ...Anhydromuropeptide permease (AmpG) is a transporter protein located in the inner membrane of certain gram -negative bacteria, involved in peptidoglycan (PG) recycling and β-lactamase induction. Decreased AmpG function reduces resistance of antibiotic-resistant bacteria to β-lactam antibiotics. Therefore, AmpG-targeting inhibitors are promising 'antibiotic adjuvants'. However, as the tertiary structure of AmpG has not yet been identified, the development of targeted inhibitors remains challenging. We present four cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures: the apo-inward and apo-outward state structures and the inward-occluded and outward states complexed with the substrate GlcNAc-1,6-anhMurNAc. Through functional analysis and molecular dynamics (MD) simulations, we identified motif A, which stabilizes the outward state, substrate-binding pocket, and protonation-related residues. Based on the structure of AmpG and our experimental results, we propose a muropeptide transport mechanism for AmpG. A deeper understanding of its structure and transport mechanism provides a foundation for the development of antibiotic adjuvants. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 231.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 180.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 58 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 85.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: 抗体 | 分子量: 23904.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 抗体 | 分子量: 13159.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: ![]() ![]() |
#3: 抗体 | 分子量: 23209.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
#4: タンパク質 | 分子量: 64720.977 Da / 分子数: 1 / Mutation: G50W/L269W / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: ampG, NCTC11967_01129, cybC / 発現宿主: ![]() ![]() |
#5: 化合物 | ChemComp-2YP / ( |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: AmpG(G50W/L269W)_BRIL_Fab_nanobody complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||
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分子量 | 値: 124.8 kDa/nm / 実験値: NO | ||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||
試料 | 濃度: 11 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||
試料支持 | グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.21.2_5419 / カテゴリ: モデル精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.97 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 173837 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 2.97 Å 立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS) | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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