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- PDB-9j83: Cryo-EM structure of Aquifex aeolicus RseP E18Q mutant in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9j83
タイトルCryo-EM structure of Aquifex aeolicus RseP E18Q mutant in complex with Fab
要素
  • L chain of mouse monoclonal antibody IgG 4A9
  • Putative zinc metalloprotease aq_1964
  • VH-CH1 region of mouse monoclonal antibody IgG 4A9
  • unknown peptide
キーワードHYDROLASE / Intramembrane protease
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / metalloendopeptidase activity / proteolysis / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidase M50, putative membrane-associated zinc metallopeptidase / Peptidase M50 / Peptidase family M50 / PDZ domain / PDZ domain 6 / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative zinc metalloprotease aq_1964
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア)
Mus musculus (ハツカネズミ)
Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.61 Å
データ登録者Asahi, K. / Hirose, M. / Aruga, R. / Kato, T. / Nogi, T.
資金援助 日本, 5件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)23K23825 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)22H02561 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19H03170 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)26291016 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)22370039 日本
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM structure of the bacterial intramembrane metalloprotease RseP in the substrate-bound state.
著者: Kikuko Asahi / Mika Hirose / Rie Aruga / Yosuke Shimizu / Michiko Tajiri / Tsubasa Tanaka / Yuriko Adachi / Yukari Tanaka / Mika K Kaneko / Yukinari Kato / Satoko Akashi / Yoshinori Akiyama / ...著者: Kikuko Asahi / Mika Hirose / Rie Aruga / Yosuke Shimizu / Michiko Tajiri / Tsubasa Tanaka / Yuriko Adachi / Yukari Tanaka / Mika K Kaneko / Yukinari Kato / Satoko Akashi / Yoshinori Akiyama / Yohei Hizukuri / Takayuki Kato / Terukazu Nogi /
要旨: Site-2 proteases (S2Ps), conserved intramembrane metalloproteases that maintain cellular homeostasis, are associated with chronic infection and persistence leading to multidrug resistance in ...Site-2 proteases (S2Ps), conserved intramembrane metalloproteases that maintain cellular homeostasis, are associated with chronic infection and persistence leading to multidrug resistance in bacterial pathogens. A structural model of how S2Ps discriminate and accommodate substrates could help us develop selective antimicrobial agents. We previously proposed that the S2P RseP unwinds helical substrate segments before cleavage, but the mechanism for accommodating a full-length membrane-spanning substrate remained unclear. Our present cryo-EM analysis of RseP (RseP) revealed that a substrate-like membrane protein fragment from the expression host occupied the active site while spanning a transmembrane cavity that is inaccessible via lateral diffusion. Furthermore, in vivo photocrosslinking supported that this substrate accommodation mode is recapitulated on the cell membrane. Our results suggest that the substrate accommodation by threading through a conserved membrane-associated region stabilizes the substrate-complex and contributes to substrate discrimination on the membrane.
履歴
登録2024年8月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年3月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月5日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月5日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月5日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月5日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月5日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月5日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月5日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update
改定 1.22025年3月19日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / em_admin / entity / struct / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update / _em_admin.title / _entity.pdbx_mutation / _struct.title / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.02025年3月19日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata
Group: Database references / Experimental summary / Structure summary
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / em_admin / entity / struct_ref_seq_dif
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update / _em_admin.title / _entity.pdbx_mutation / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative zinc metalloprotease aq_1964
H: VH-CH1 region of mouse monoclonal antibody IgG 4A9
L: L chain of mouse monoclonal antibody IgG 4A9
C: unknown peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,9805
ポリマ－99,9154
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Putative zinc metalloprotease aq_1964


分子量: 49321.219 Da / 分子数: 1 / 変異: E18Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア)
遺伝子: aq_1964 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O67776, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ
#2: 抗体 VH-CH1 region of mouse monoclonal antibody IgG 4A9


分子量: 25564.592 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 L chain of mouse monoclonal antibody IgG 4A9


分子量: 23734.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: タンパク質・ペプチド unknown peptide


分子量: 1294.587 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The peptide is presumed to be a fragment of Escherichia coli membrane protein.
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1RseP ortholog E18 mutant in complex with 4A9 FabCOMPLEX#1-#40RECOMBINANT
2Fab of mouse monoclonal antibody IgG 4A9COMPLEX#2-#31RECOMBINANT
3RseP orhtholog E18 mutant from Aquifex aeolicusCOMPLEX#11RECOMBINANT
4unknown peptideCOMPLEX#41RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID値 (°)実験値
110.1 MDaNO
210.05 MDaNO
310.05 MDaYES
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Mus musculus (ハツカネズミ)10090
23Aquifex aeolicus (strain VF5) (バクテリア)224324
34Escherichia coli (大腸菌)562
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Homo sapiens (ヒト)9606
23Escherichia coli (大腸菌)562
34Escherichia coli (大腸菌)562
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R0.6/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 倍率（補正後）: 103703 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Calibrated defocus min: 100 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3081 nm / Cs: 0.024 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 3.427 sec. / 電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 15777
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
球面収差補正装置: CEOS, spherical aberration corrector
画像スキャン横: 5760 / 縦: 4092

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.4.0粒子像選択
2SerialEM4画像取得
4cryoSPARC4.4.0CTF補正
7UCSF ChimeraX1.71モデルフィッティング
8Coot0.9.8.92モデルフィッティング
10PHENIX1.21_5207モデル精密化
11cryoSPARC4.4.0初期オイラー角割当
12cryoSPARC4.4.0最終オイラー角割当
13cryoSPARC4.4.0分類
14cryoSPARC4.4.0３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 4429254
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.61 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 120267 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1

IDPDB-IDPDB chain-IDChain-IDChain residue rangeSource nameタイプAccession codeInitial refinement model-IDPdb chain residue range
1A1-113AlphaFoldin silico model
26AKQ

6akq

AA114-206PDBexperimental model6AKQ2114-206
33WKM

3wkm

AA207-298PDBexperimental model3WKM3207-298
4A299-429AlphaFoldin silico model
58ZAY

8zay

HHPDBexperimental model8ZAY4
68ZAY

8zay

LLPDBexperimental model8ZAY4
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 147.17 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00286956
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.67059451
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04421084
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00451189
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.9306953

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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