PDB-9j7h: Crystal structure of 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate-7-phosphate ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9j7h

タイトル

Crystal structure of 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate-7-phosphate synthase (DAHP synthase) from Providencia alcalifaciens complexed with quinic acid

要素

Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase

キーワード

TRANSFERASE / DAHP Synthase / barrel domain / inhibitor / quinic acid

機能・相同性

機能・相同性情報

3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase / 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Providencia alcalifaciens (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.68 Å

データ登録者

Jangid, K. / Mahto, J.K. / Kumar, K.A. / Kumar, P.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2025
タイトル: Structural and biochemical analyses reveal quinic acid inhibits DAHP synthase a key player in shikimate pathway.
著者: Jangid, K. / Mahto, J.K. / Kumar, K.A. / Dhaka, P. / Sharma, A. / Tariq, A. / Sharma, A.K. / Kumar, P.

履歴

登録	2024年8月19日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年1月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9j7h.cif.gz	453.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9j7h.ent.gz	373.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9j7h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j7/9j7h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j7/9j7h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9j7sC 1kflS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase

B: Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase

C: Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase

D: Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase

ヘテロ分子

156 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	122.978, 51.823, 133.303
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 108.93, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase 分子量: 38761.996 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Providencia alcalifaciens (バクテリア) 遺伝子: PROVALCAL_03276 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: B6XIT1, 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase
#2: 化合物	ChemComp-QIC / (1S,3R,4S,5R)-1,3,4,5-tetrahydroxycyclohexanecarboxylic acid / Quinic acid / キナ酸分子量: 192.167 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.53 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 25%w/v PEG3350, 0.2M Magnesium chloride, 0.1M bis Tris PH-5.5, 20% ETG

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54184 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.68→25.21 Å / Num. obs: 43906 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 3.5 % / CC_1/2: 0.943 / Net I/σ(I): 4.5
反射シェル	解像度: 2.68→2.78 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 4373 / CC_1/2: 0.699 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
CrysalisPro		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1KFL

1kfl

解像度: 2.68→25.21 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.845 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.787 / SU B: 32.288 / SU ML: 0.301 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.005 / ESU R Free: 0.396 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.30539	2152	4.9 %	RANDOM
R_work	0.26468	-	-	-
obs	0.2667	41750	96.68 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.944 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.37 Å²	-0 Å²	0.08 Å²
2-	-	-1.42 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.81 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.68→25.21 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9148	0	52	22	9222

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.012	9341
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	9043
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.549	1.818	12641
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.826	1.772	20823
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.107	5	1166
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	12.415	5	68
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.581	10	1650
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.111	0.2	1480
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	10923
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	2013
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.166	2.317	4712
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.166	2.317	4712
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.766	4.129	5862
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.766	4.13	5863
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.882	2.676	4629
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.882	2.676	4630
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.911	4.741	6780
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	11.333	21.64	10294
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	11.333	21.64	10295
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.68→2.749 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.407	153	-
R_work	0.323	3076	-
obs	-	-	97.97 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2864	0.019	0.138	0.2506	-0.0624	0.0898	-0.0145	0.0206	-0.0006	-0.0183	0.0267	0.0309	-0.0124	0.023	-0.0121	0.0813	-0.0089	0.0275	0.2201	-0.0061	0.0152	40.882	1.0329	14.4156
2	0.2975	0.0608	-0.0557	0.2189	-0.1285	0.1158	-0.0198	-0.0261	-0.006	0.003	0.0278	0.0215	-0.019	-0.0039	-0.008	0.078	0.0054	0.0268	0.2251	-0.0001	0.0138	32.6207	-21.9992	39.0071
3	0.2221	0.1929	0.0145	0.2036	-0.0717	0.5113	0.0445	-0.0581	-0.0306	0.0249	-0	-0.0327	-0.0273	0.0856	-0.0445	0.036	-0.0274	0.0115	0.3067	-0.0259	0.0178	79.7823	-10.6718	59.6424
4	0.4355	-0.1902	-0.0539	0.1699	-0.0981	0.3134	0.0146	-0.0129	0.0792	-0.0223	-0.03	-0.0237	0.0977	0.1501	0.0154	0.0493	0.038	0.0251	0.3136	0.0044	0.0289	90.1694	-10.3529	27.0954

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 401
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 402
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	3 - 401
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	3 - 401

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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