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万見
- PDB-9j5z: Cryo-EM Structure of URAT1 in Complex with Verinurad -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9j5z
タイトルCryo-EM Structure of URAT1 in Complex with Verinurad
要素Solute carrier family 22 member 12
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Inhibitor / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Organic anion transport / renal urate salt excretion / urate transport / urate metabolic process / urate transmembrane transporter activity / organic anion transport / monoatomic ion transport / PDZ domain binding / brush border membrane / cellular response to insulin stimulus ...Organic anion transport / renal urate salt excretion / urate transport / urate metabolic process / urate transmembrane transporter activity / organic anion transport / monoatomic ion transport / PDZ domain binding / brush border membrane / cellular response to insulin stimulus / apical plasma membrane / response to xenobiotic stimulus / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Major facilitator, sugar transporter-like / Sugar (and other) transporter / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Solute carrier family 22 member 12
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Fan, J. / Lei, X.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: JACS Au / 年: 2025
タイトル: Structural Basis for Inhibition of Urate Reabsorption in URAT1.
著者: Junping Fan / Wenjun Xie / Han Ke / Jing Zhang / Jin Wang / Haijun Wang / Nianxin Guo / Yingjie Bai / Xiaoguang Lei /
要旨: The urate transporter 1 (URAT1) is the primary urate transporter in the kidney responsible for urate reabsorption and, therefore, is crucial for urate homeostasis. Hyperuricemia causes the common ...The urate transporter 1 (URAT1) is the primary urate transporter in the kidney responsible for urate reabsorption and, therefore, is crucial for urate homeostasis. Hyperuricemia causes the common human disease gout and other pathological consequences. Inhibition of urate reabsorption through URAT1 has been shown as a promising strategy in alleviating hyperuricemia, and clinical and preclinical drug candidates targeting URAT1 are emerging. However, how small molecules inhibit URAT1 remains undefined, and the lack of accurate URAT1 complex structures hinders the development of better therapeutics. Here, we present cryoelectron microscopy structures of a humanized rat URAT1 bound with benzbromarone, lingdolinurad, and verinurad, elucidating the structural basis for drug recognition and inhibition. The three small molecules reside in the URAT1 central cavity with different binding modes, locking URAT1 in an inward-facing conformation. This study provides mechanistic insights into the drug modulation of URAT1 and sheds light on the rational design of potential URAT1-specific therapeutics for treating hyperuricemia.
履歴
登録2024年8月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月26日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月26日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月26日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月26日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月26日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年6月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.22025年6月18日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Solute carrier family 22 member 12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,5822
ポリマ－60,2331
非ポリマー3481
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Solute carrier family 22 member 12 / Urate anion exchanger 1 / URAT1 / Urate:anion antiporter SLC22A12


分子量: 60233.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Slc22a12, Urat1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q3ZAV1
#2: 化合物 ChemComp-A1AIJ / verinurad / 2-{[(3P)-3-(4-cyanonaphthalen-1-yl)pyridin-4-yl]sulfanyl}-2-methylpropanoic acid


分子量: 348.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H16N2O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Cryo-EM Structure of URAT1 in Complex with Verinurad
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 60262 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0044031
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.555508
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d9.767557
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.039649
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.004691

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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