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- EMDB-61155: Cryo-EM Structure of URAT1 in Complex with Benzbromarone -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-61155
タイトルCryo-EM Structure of URAT1 in Complex with Benzbromarone
マップデータ
試料
  • 複合体: Cryo-EM Structure of URAT1 in Complex with Benzbromarone
    • タンパク質・ペプチド: Solute carrier family 22 member 12
  • リガンド: [3,5-bis(bromanyl)-4-oxidanyl-phenyl]-(2-ethyl-1-benzofuran-3-yl)methanone
キーワードInhibitor / complex / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Organic anion transport / renal urate salt excretion / urate transport / urate metabolic process / urate transmembrane transporter activity / organic anion transport / monoatomic ion transport / PDZ domain binding / brush border membrane / cellular response to insulin stimulus ...Organic anion transport / renal urate salt excretion / urate transport / urate metabolic process / urate transmembrane transporter activity / organic anion transport / monoatomic ion transport / PDZ domain binding / brush border membrane / cellular response to insulin stimulus / apical plasma membrane / response to xenobiotic stimulus / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Major facilitator, sugar transporter-like / Sugar (and other) transporter / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Solute carrier family 22 member 12
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Fan J / Lei X
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: JACS Au / 年: 2025
タイトル: Structural Basis for Inhibition of Urate Reabsorption in URAT1.
著者: Junping Fan / Wenjun Xie / Han Ke / Jing Zhang / Jin Wang / Haijun Wang / Nianxin Guo / Yingjie Bai / Xiaoguang Lei /
要旨: The urate transporter 1 (URAT1) is the primary urate transporter in the kidney responsible for urate reabsorption and, therefore, is crucial for urate homeostasis. Hyperuricemia causes the common ...The urate transporter 1 (URAT1) is the primary urate transporter in the kidney responsible for urate reabsorption and, therefore, is crucial for urate homeostasis. Hyperuricemia causes the common human disease gout and other pathological consequences. Inhibition of urate reabsorption through URAT1 has been shown as a promising strategy in alleviating hyperuricemia, and clinical and preclinical drug candidates targeting URAT1 are emerging. However, how small molecules inhibit URAT1 remains undefined, and the lack of accurate URAT1 complex structures hinders the development of better therapeutics. Here, we present cryoelectron microscopy structures of a humanized rat URAT1 bound with benzbromarone, lingdolinurad, and verinurad, elucidating the structural basis for drug recognition and inhibition. The three small molecules reside in the URAT1 central cavity with different binding modes, locking URAT1 in an inward-facing conformation. This study provides mechanistic insights into the drug modulation of URAT1 and sheds light on the rational design of potential URAT1-specific therapeutics for treating hyperuricemia.
履歴
登録2024年8月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年2月26日-
マップ公開2025年2月26日-
更新2025年6月18日-
現状2025年6月18日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_61155.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_61155.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 256 pix.
= 217.6 Å		0.85 Å/pix.
x 256 pix.
= 217.6 Å		0.85 Å/pix.
x 256 pix.
= 217.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.18
最小 - 最大-0.94150305 - 1.3878593
平均 (標準偏差)0.00039445545 (±0.032036383)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 217.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_61155_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_61155_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM Structure of URAT1 in Complex with Benzbromarone

全体名称: Cryo-EM Structure of URAT1 in Complex with Benzbromarone
要素
  • 複合体: Cryo-EM Structure of URAT1 in Complex with Benzbromarone
    • タンパク質・ペプチド: Solute carrier family 22 member 12
  • リガンド: [3,5-bis(bromanyl)-4-oxidanyl-phenyl]-(2-ethyl-1-benzofuran-3-yl)methanone

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超分子 #1: Cryo-EM Structure of URAT1 in Complex with Benzbromarone

超分子名称: Cryo-EM Structure of URAT1 in Complex with Benzbromarone
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)

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分子 #1: Solute carrier family 22 member 12

分子名称: Solute carrier family 22 member 12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 60.233234 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAFPELLDRV GGRGRFQLLQ AVALVTPILW VTTQSMLENF SAAVPHHRCW VPLLDNSTSQ ASIPGDFGRD VLLAVSIPPG PDQRPHQCL RFRQPQWQLI ESNTTATNWS DADTEPCEDG WVYDHSTFRS TIVTTWDLVC DSQALRPMAQ SIFLAGILVG A AVCGHASD ...文字列:
MAFPELLDRV GGRGRFQLLQ AVALVTPILW VTTQSMLENF SAAVPHHRCW VPLLDNSTSQ ASIPGDFGRD VLLAVSIPPG PDQRPHQCL RFRQPQWQLI ESNTTATNWS DADTEPCEDG WVYDHSTFRS TIVTTWDLVC DSQALRPMAQ SIFLAGILVG A AVCGHASD RFGRRRVLTW SYLLVSVSGT IAALMPTFPL YCLFRFLVAS AVAGVMMNTA SLLMEWTSAQ AGPLMMTLNA LG FSFGQVL TGSVAYGVRS WRMLQLAVSA PFFLFFVYSW WLPESARWLI TVGRLDQSLR ELQRVAAVNR RKAEADTLTV EVL RSAMQE EPNGNQAGAR LGTLLHTPGL RLRTFISMLC WFAFGFTFFG LALDLQALGS NIFLLQALIG IVDLPVKMGS LLLL SRLGR RLCQASSLVL PGLCILANIL VPREMGILRS SLAVLGLGSL GAAFTCVTIF SSELFPTVIR MTAVGLGQVA ARGGA ILGP LVRLLGVYGS WLPLLVYGVV PVLSGLAALL LPETKNLPLP DTIQDIQKQS VKKVTHDIAG GSVLKSARL

UniProtKB: Solute carrier family 22 member 12

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分子 #2: [3,5-bis(bromanyl)-4-oxidanyl-phenyl]-(2-ethyl-1-benzofuran-3-yl)...

分子名称: [3,5-bis(bromanyl)-4-oxidanyl-phenyl]-(2-ethyl-1-benzofuran-3-yl)methanone
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: R75
分子量理論値: 424.083 Da
Chemical component information

ChemComp-R75:
[3,5-bis(bromanyl)-4-oxidanyl-phenyl]-(2-ethyl-1-benzofuran-3-yl)methanone / ベンズブロマロン / 抗不整脈薬, 阻害剤*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: AF2 model
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 69925
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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