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- PDB-9j2w: Human cGAS catalytic domain bound with XL-3156 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9j2w
タイトルHuman cGAS catalytic domain bound with XL-3156
要素Cyclic GMP-AMP synthase
キーワードIMMUNE SYSTEM / cGAS / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


2',3'-cyclic GMP-AMP synthase activity / cyclic GMP-AMP synthase / STING mediated induction of host immune responses / paracrine signaling / poly-ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / regulation of immunoglobulin production / cGAS/STING signaling pathway / regulation of T cell activation / pattern recognition receptor signaling pathway / : ...2',3'-cyclic GMP-AMP synthase activity / cyclic GMP-AMP synthase / STING mediated induction of host immune responses / paracrine signaling / poly-ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / regulation of immunoglobulin production / cGAS/STING signaling pathway / regulation of T cell activation / pattern recognition receptor signaling pathway / : / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / cellular response to exogenous dsRNA / positive regulation of type I interferon production / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / : / nucleosome binding / positive regulation of defense response to virus by host / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / activation of innate immune response / determination of adult lifespan / molecular condensate scaffold activity / positive regulation of cellular senescence / site of double-strand break / double-stranded DNA binding / defense response to virus / nuclear body / innate immune response / DNA repair / DNA damage response / chromatin binding / GTP binding / protein homodimerization activity / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Mab-21-like, nucleotidyltransferase domain / Mab-21 protein nucleotidyltransferase domain / Mab-21-like / Mab-21-like, HhH/H2TH-like domain / Mab-21 protein HhH/H2TH-like domain / Mab-21
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Cyclic GMP-AMP synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Zhao, W.F. / Li, M.J. / Xu, Y.C.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: De novo design of protein condensation inhibitors by targeting an allosteric site of cGAS.
著者: Zhao, W. / Chen, G. / He, J. / Shen, X. / Xiong, M. / Xiong, L. / Qi, Z. / Xie, H. / Li, W. / Li, J. / Dou, H. / Hu, H. / Su, H. / Shao, Q. / Li, M. / Sun, H. / Xu, Y.
履歴
登録2024年8月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年6月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年9月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclic GMP-AMP synthase
B: Cyclic GMP-AMP synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,6846
ポリマ－85,5192
非ポリマー1,1664
水1,26170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)216.292, 47.502, 87.581
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.53, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Cyclic GMP-AMP synthase / cGAMP synthase / cGAS / h-cGAS / 2'3'-cGAMP synthase / Mab-21 domain-containing protein 1


分子量: 42759.270 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CGAS, C6orf150, MB21D1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8N884, cyclic GMP-AMP synthase
#2: 化合物 ChemComp-A1EAH / 2-(1~{H}-benzimidazol-2-yl)-4-[[1-(1~{H}-benzimidazol-2-yl)-3-methyl-5-oxidanyl-pyrazol-4-yl]-pyridin-2-yl-methyl]-5-methyl-pyrazol-3-ol


分子量: 517.541 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H23N9O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 18-20% V/V PEG 3350, 0.2 M AMMONIUM CITRATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 40994 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 12.6 % / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.11 / Χ2: 0.989 / Net I/σ(I): 6.7 / Num. measured all: 517408
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.2-2.288.80.88937430.9110.9770.2810.9340.85290.1
2.28-2.3710.40.79940200.9310.9820.2440.8370.89496
2.37-2.4812.80.6841110.9580.9890.1930.7080.9199.2
2.48-2.6113.60.51941210.9680.9920.1440.5390.91199.2
2.61-2.7713.20.36241470.9850.9960.1020.3760.92199.1
2.77-2.9913.40.22340980.9930.9980.0620.2320.93898.2
2.99-3.2913.90.13841610.9960.9990.0380.1431.02299.3
3.29-3.76130.08741310.9980.9990.0250.0911.13198.3
3.76-4.74140.06342090.99810.0170.0661.14198.8
4.74-5012.70.05542530.99910.0160.0571.07897.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4lev

4lev


解像度: 2.2→32.92 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.65 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.259 1805 4.83 %
Rwork0.2311 --
obs0.2324 37371 88.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→32.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5278 0 80 70 5428
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0045462
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8577344
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.7812072
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058808
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005916
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.260.3711900.29121550X-RAY DIFFRACTION51
2.26-2.320.3125790.29241914X-RAY DIFFRACTION62
2.32-2.40.30871120.27422230X-RAY DIFFRACTION73
2.4-2.480.35061320.26842598X-RAY DIFFRACTION85
2.48-2.580.26911580.26532913X-RAY DIFFRACTION96
2.58-2.70.27621590.25862979X-RAY DIFFRACTION98
2.7-2.840.28971540.2463024X-RAY DIFFRACTION98
2.84-3.020.31061610.24983047X-RAY DIFFRACTION99
3.02-3.250.25151420.24483057X-RAY DIFFRACTION99
3.25-3.580.24261240.22753088X-RAY DIFFRACTION99
3.58-4.10.22511840.23003X-RAY DIFFRACTION98
4.1-5.160.22561420.18753093X-RAY DIFFRACTION98
5.16-32.920.24241680.2333070X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 31.1892 Å / Origin y: 17.7724 Å / Origin z: -0.4669 Å
111213212223313233
T0.1621 Å2-0.0136 Å2-0.0148 Å2-0.2225 Å2-0.0406 Å2--0.2959 Å2
L0.6831 °2-0.2121 °2-0.2582 °2-0.9188 °20.6576 °2--1.859 °2
S0.0065 Å °0.1039 Å °-0.0692 Å °-0.0113 Å °-0.1648 Å °0.3263 Å °-0.0128 Å °-0.4596 Å °0.1255 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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