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- PDB-9ivp: 24-mer DARPin-apoferritin scaffold in complex with the maltose bi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ivp
タイトル24-mer DARPin-apoferritin scaffold in complex with the maltose binding protein
要素
  • DARPin,Ferritin heavy chain, N-terminally processed
  • Maltodextrin-binding protein
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / DARPin / apoferritin / scaffold / maltose binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


iron ion sequestering activity / ferritin complex / Scavenging by Class A Receptors / negative regulation of ferroptosis / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / autolysosome / ferroxidase activity / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding ...iron ion sequestering activity / ferritin complex / Scavenging by Class A Receptors / negative regulation of ferroptosis / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / autolysosome / ferroxidase activity / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / negative regulation of fibroblast proliferation / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ferric iron binding / autophagosome / Iron uptake and transport / ferrous iron binding / iron ion transport / tertiary granule lumen / outer membrane-bounded periplasmic space / ficolin-1-rich granule lumen / intracellular iron ion homeostasis / immune response / iron ion binding / negative regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ferritin iron-binding regions signature 1. / Ferritin iron-binding regions signature 2. / Ferritin, conserved site / Ferritin / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain ...Ferritin iron-binding regions signature 1. / Ferritin iron-binding regions signature 2. / Ferritin, conserved site / Ferritin / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Bacterial extracellular solute-binding protein / Ferritin-like / Bacterial extracellular solute-binding protein / Ferritin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Maltodextrin-binding protein / Ferritin heavy chain
類似検索 - 構成要素
生物種synthetic construct (人工物)
Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Lu, X. / Yan, M. / Zhang, H.M. / Hao, Q.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2019YFA0906004 中国
引用ジャーナル: IUCrJ / 年: 2025
タイトル: A large, general and modular DARPin-apoferritin scaffold enables the visualization of small proteins by cryo-EM.
著者: Xin Lu / Ming Yan / Yang Cai / Xi Song / Huan Chen / Mengtan Du / Zhenyi Wang / Jia'an Li / Liwen Niu / Fuxing Zeng / Quan Hao / Hongmin Zhang /
要旨: Single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) has emerged as an indispensable technique in structural biology that is pivotal for deciphering protein architectures. However, the medium-sized ...Single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) has emerged as an indispensable technique in structural biology that is pivotal for deciphering protein architectures. However, the medium-sized proteins (30-40 kDa) that are prevalent in both eukaryotic and prokaryotic organisms often elude the resolving capabilities of contemporary cryo-EM methods. To address this challenge, we engineered a scaffold strategy that securely anchors proteins of interest to a robust, symmetric base via a selective adapter. Our most efficacious constructs, namely models 4 and 6c, feature a designed ankyrin-repeat protein (DARPin) rigidly linked to an octahedral human apoferritin via a helical linker. By utilizing these large, highly symmetric scaffolds (∼1 MDa), we achieved near-atomic-resolution cryo-EM structures of green fluorescent protein (GFP) and maltose-binding protein (MBP), revealing nearly all side-chain densities of GFP and the distinct structural features of MBP. The modular design of our scaffold allows the adaptation of new DARPins through minor amino-acid-sequence modifications, enabling the binding and visualization of a diverse array of proteins. The high symmetry and near-spherical shape of the scaffold not only mitigates the prevalent challenge of preferred particle orientation in cryo-EM but also significantly reduces the demands of image collection and data processing. This approach presents a versatile solution, breaking through the size constraints that have traditionally limited single-particle cryo-EM.
履歴
登録2024年7月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年6月4日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DARPin,Ferritin heavy chain, N-terminally processed
B: Maltodextrin-binding protein
C: DARPin,Ferritin heavy chain, N-terminally processed
D: Maltodextrin-binding protein
E: DARPin,Ferritin heavy chain, N-terminally processed
F: Maltodextrin-binding protein
G: DARPin,Ferritin heavy chain, N-terminally processed
H: Maltodextrin-binding protein
I: DARPin,Ferritin heavy chain, N-terminally processed
J: Maltodextrin-binding protein
K: DARPin,Ferritin heavy chain, N-terminally processed
L: Maltodextrin-binding protein
M: DARPin,Ferritin heavy chain, N-terminally processed
N: Maltodextrin-binding protein
O: DARPin,Ferritin heavy chain, N-terminally processed
P: Maltodextrin-binding protein
Q: DARPin,Ferritin heavy chain, N-terminally processed
R: Maltodextrin-binding protein
S: DARPin,Ferritin heavy chain, N-terminally processed
T: Maltodextrin-binding protein
V: DARPin,Ferritin heavy chain, N-terminally processed
W: Maltodextrin-binding protein
X: DARPin,Ferritin heavy chain, N-terminally processed
Y: Maltodextrin-binding protein
Z: DARPin,Ferritin heavy chain, N-terminally processed
AA: Maltodextrin-binding protein
BA: DARPin,Ferritin heavy chain, N-terminally processed
CA: Maltodextrin-binding protein
DA: DARPin,Ferritin heavy chain, N-terminally processed
EA: Maltodextrin-binding protein
FA: DARPin,Ferritin heavy chain, N-terminally processed
GA: Maltodextrin-binding protein
HA: DARPin,Ferritin heavy chain, N-terminally processed
IA: Maltodextrin-binding protein
JA: DARPin,Ferritin heavy chain, N-terminally processed
KA: Maltodextrin-binding protein
LA: DARPin,Ferritin heavy chain, N-terminally processed
MA: Maltodextrin-binding protein
NA: DARPin,Ferritin heavy chain, N-terminally processed
OA: Maltodextrin-binding protein
PA: DARPin,Ferritin heavy chain, N-terminally processed
QA: Maltodextrin-binding protein
RA: DARPin,Ferritin heavy chain, N-terminally processed
SA: Maltodextrin-binding protein
TA: DARPin,Ferritin heavy chain, N-terminally processed
UA: Maltodextrin-binding protein
VA: DARPin,Ferritin heavy chain, N-terminally processed
WA: Maltodextrin-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,081,79248
ポリマ－2,081,79248
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 ...
DARPin,Ferritin heavy chain, N-terminally processed


分子量: 41047.145 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) synthetic construct (人工物), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: FTH1, FTH, FTHL6, OK/SW-cl.84, PIG15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02794
#2: タンパク質 ...
Maltodextrin-binding protein


分子量: 45694.176 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: malE, ACN81_05700, ACU57_23670, B6R31_000964, BANRA_02708, BANRA_05111, BCB93_001091, BG944_002391, BGM66_004246, BGZ_01772, BGZ_04952, BJI68_06200, BK292_00970, BTB68_002078, BTQ06_17300, ...遺伝子: malE, ACN81_05700, ACU57_23670, B6R31_000964, BANRA_02708, BANRA_05111, BCB93_001091, BG944_002391, BGM66_004246, BGZ_01772, BGZ_04952, BJI68_06200, BK292_00970, BTB68_002078, BTQ06_17300, BvCmsKKP061_03224, BvCmsSIP010_04050, C0P57_003867, C1Q91_002164, C2R31_001890, C3F40_15210, CF22_001770, CG704_16590, CIG67_12040, CQ842_10105, CQ842_11395, CTR35_003815, CV83915_02005, D4M65_12865, DIV22_28370, DNX30_07695, DS732_01860, DTL43_19585, E2865_05243, E4K51_08355, E5H86_20640, E6D34_15030, EAI46_20350, ECs5017, EIZ93_13775, EN85_000970, EPS97_17355, ExPECSC038_04540, F9461_21760, FGAF848_44030, FIJ20_18085, FJQ40_13885, FOI11_015465, FOI11_20215, FPS11_04610, FWK02_22115, G3V95_18070, G4A38_02205, G4A47_04495, GAI89_05080, GAJ12_13200, GKF66_19285, GNW61_17855, GOP25_18965, GP965_07770, GP975_07695, GP979_10140, GQA06_09595, GQE86_14675, GQM04_22095, GQM21_08325, GRW05_14255, GRW24_12940, GUC01_08260, H0O72_20100, HEP30_015080, HHH44_003952, HLX92_13085, HMV95_14740, HV109_22180, HV209_20940, HVW43_14700, HVY77_23840, I6H00_16895, I6H02_15990, J0541_001933, J5U05_001620, JNP96_01525, NCTC10418_07064, NCTC10429_00012, NCTC10865_05806, NCTC11126_02082, NCTC11181_01902, NCTC13148_04480, NCTC8009_08341, NCTC8179_05034, NCTC8333_05503, NCTC8500_05253, NCTC8622_01707, NCTC8960_02276, NCTC8985_03950, NCTC9706_01951, NCTC9962_03706, P6223_003521, QDW62_24215, RZR61_19445, SAMEA3752557_02201, WR15_07725
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SHQ8
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 24-mer DARPin-apoferritin in complex with the maltose binding protein
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Homo sapiens (ヒト)9606
31Escherichia coli (大腸菌)562
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 1.28 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 91926 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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