PDB-9iuo: Human MTHFD1 in complex with compound 16d

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9iuo

タイトル

Human MTHFD1 in complex with compound 16d

要素

C-1-tetrahydrofolate synthase, cytoplasmic, N-terminally processed

キーワード

OXIDOREDUCTASE / MTHFD1 / methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

: / purine ribonucleotide biosynthetic process / formate-tetrahydrofolate ligase / formate-tetrahydrofolate ligase activity / methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NAD+) activity / methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+) / embryonic neurocranium morphogenesis / embryonic viscerocranium morphogenesis / methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase / methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.09 Å

データ登録者

Lee, L.C. / Wu, S.Y.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Development of Potent and Selective Inhibitors of Methylenetetrahydrofolate Dehydrogenase 2 for Targeting Acute Myeloid Leukemia: SAR, Structural Insights, and Biological Characterization.
著者: Chang, H.H. / Lee, L.C. / Hsu, T. / Peng, Y.H. / Huang, C.H. / Yeh, T.K. / Lu, C.T. / Huang, Z.T. / Hsueh, C.C. / Kung, F.C. / Lin, L.M. / Huang, Y.C. / Wang, Y.H. / Li, L.H. / Tang, Y.C. / ...

履歴

登録	2024年7月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年1月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9iuo.cif.gz	240.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9iuo.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9iuo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9iuo_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9iuo_full_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示
XML形式データ	9iuo_validation.xml.gz	54.8 KB	表示
CIF形式データ	9iuo_validation.cif.gz	69.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/9iuo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/9iuo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9is9C 9iscC 9iseC 9islC 9isrC 9it3C 9it6C 9itaC 9itdC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: C-1-tetrahydrofolate synthase, cytoplasmic, N-terminally processed

B: C-1-tetrahydrofolate synthase, cytoplasmic, N-terminally processed

C: C-1-tetrahydrofolate synthase, cytoplasmic, N-terminally processed

D: C-1-tetrahydrofolate synthase, cytoplasmic, N-terminally processed

ヘテロ分子

139 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: C-1-tetrahydrofolate synthase, cytoplasmic, N-terminally processed

B: C-1-tetrahydrofolate synthase, cytoplasmic, N-terminally processed

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
69.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: C-1-tetrahydrofolate synthase, cytoplasmic, N-terminally processed

D: C-1-tetrahydrofolate synthase, cytoplasmic, N-terminally processed

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
69.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.997, 200.275, 239.040
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	C-1-tetrahydrofolate synthase, cytoplasmic, N-terminally processed 分子量: 33590.488 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MTHFD1, MTHFC, MTHFD / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P11586
#2: 化合物	ChemComp-A1L25 / (2~{S})-2-[[4-[[2,4-bis(azanyl)-6-oxidanylidene-1~{H}-pyrimidin-5-yl]carbamoylamino]-3-methyl-phenyl]carbonylamino]pentanedioic acid 分子量: 447.402 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₁N₇O₇ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 362 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.51 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: NPS, Morpheus Buffer System 2, Morpheus Precipitant Mix 4

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSRRC

/ ビームライン: TPS 05A / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月31日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.09→30 Å / Num. obs: 92306 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 10.5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.09-2.16	3.1	0.61	9214	0.555	0.845	0.41	0.738	1	100
2.16-2.25	3.1	0.426	9181	0.711	0.912	0.285	0.514	1.016	100
2.25-2.35	3.1	0.302	9175	0.84	0.956	0.201	0.364	1.066	100
2.35-2.48	3.1	0.223	9201	0.906	0.975	0.149	0.27	1.014	100
2.48-2.63	3.1	0.159	9253	0.946	0.986	0.106	0.192	1.032	100
2.63-2.84	3.1	0.111	9264	0.973	0.993	0.074	0.134	1.001	100
2.84-3.12	3.1	0.074	9276	0.989	0.997	0.049	0.09	1.042	100
3.12-3.57	3.1	0.056	9299	0.993	0.998	0.038	0.068	1.03	99.8
3.57-4.5	3	0.041	9293	0.996	0.999	0.027	0.049	1.085	99
4.5-30	3.1	0.034	9150	0.997	0.999	0.023	0.041	1.098	94.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21.1_5286_000	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.09→29.89 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.55 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2589	4652	5.05 %
R_work	0.211	-	-
obs	0.2135	92168	98.63 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.09→29.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8650	0	277	362	9289

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.012
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.658	3485
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.062	1471
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1572

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.09-2.11	0.405	137	0.3485	2444	X-RAY DIFFRACTION	83
2.11-2.13	0.3642	157	0.3235	2862	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.16	0.31	156	0.3041	2957	X-RAY DIFFRACTION	100
2.16-2.19	0.3297	136	0.2955	2925	X-RAY DIFFRACTION	100
2.19-2.21	0.386	175	0.2927	2894	X-RAY DIFFRACTION	100
2.21-2.24	0.2919	153	0.2847	2956	X-RAY DIFFRACTION	100
2.24-2.28	0.2816	150	0.2741	2897	X-RAY DIFFRACTION	100
2.28-2.31	0.3665	175	0.2733	2903	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.35	0.3445	158	0.2783	2930	X-RAY DIFFRACTION	100
2.35-2.39	0.3465	136	0.2755	2960	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.43	0.3566	149	0.2834	2895	X-RAY DIFFRACTION	100
2.43-2.47	0.3352	162	0.2752	2933	X-RAY DIFFRACTION	100
2.47-2.52	0.3728	155	0.2698	2945	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.57	0.3423	169	0.2625	2931	X-RAY DIFFRACTION	100
2.57-2.63	0.2577	150	0.2525	2923	X-RAY DIFFRACTION	100
2.63-2.69	0.318	144	0.2494	2964	X-RAY DIFFRACTION	100
2.69-2.75	0.301	165	0.2514	2917	X-RAY DIFFRACTION	100
2.75-2.83	0.324	153	0.2547	2965	X-RAY DIFFRACTION	100
2.83-2.91	0.3244	142	0.2404	2947	X-RAY DIFFRACTION	100
2.91-3	0.2862	162	0.2315	2944	X-RAY DIFFRACTION	100
3-3.11	0.2872	172	0.2216	2956	X-RAY DIFFRACTION	100
3.11-3.24	0.2739	156	0.2218	2948	X-RAY DIFFRACTION	100
3.24-3.38	0.2625	151	0.2099	2972	X-RAY DIFFRACTION	100
3.38-3.56	0.2527	156	0.1995	2956	X-RAY DIFFRACTION	100
3.56-3.78	0.237	160	0.1845	2976	X-RAY DIFFRACTION	100
3.78-4.08	0.2289	153	0.1756	2982	X-RAY DIFFRACTION	99
4.08-4.48	0.1889	149	0.1565	2916	X-RAY DIFFRACTION	98
4.48-5.13	0.1904	157	0.1518	2935	X-RAY DIFFRACTION	97
5.13-6.45	0.2223	157	0.185	2954	X-RAY DIFFRACTION	97
6.45-29.89	0.1641	157	0.1518	2829	X-RAY DIFFRACTION	90

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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