PDB-9ise: Human MTHFD1 in complex with LY374571

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ise

タイトル

Human MTHFD1 in complex with LY374571

要素

C-1-tetrahydrofolate synthase, cytoplasmic, N-terminally processed

キーワード

OXIDOREDUCTASE / MTHFD1 / methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

: / purine ribonucleotide biosynthetic process / formate-tetrahydrofolate ligase / formate-tetrahydrofolate ligase activity / methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NAD+) activity / methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+) / embryonic neurocranium morphogenesis / embryonic viscerocranium morphogenesis / methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase / methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.99 Å

データ登録者

Lee, L.C. / Wu, S.Y.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Development of Potent and Selective Inhibitors of Methylenetetrahydrofolate Dehydrogenase 2 for Targeting Acute Myeloid Leukemia: SAR, Structural Insights, and Biological Characterization.
著者: Chang, H.H. / Lee, L.C. / Hsu, T. / Peng, Y.H. / Huang, C.H. / Yeh, T.K. / Lu, C.T. / Huang, Z.T. / Hsueh, C.C. / Kung, F.C. / Lin, L.M. / Huang, Y.C. / Wang, Y.H. / Li, L.H. / Tang, Y.C. / ...

履歴

登録	2024年7月17日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年1月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ise.cif.gz	241.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ise.ent.gz	193.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ise.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9ise_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9ise_full_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示
XML形式データ	9ise_validation.xml.gz	54.7 KB	表示
CIF形式データ	9ise_validation.cif.gz	71.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/9ise ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/9ise	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9is9C 9iscC 9islC 9isrC 9it3C 9it6C 9itaC 9itdC 9iuoC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: C-1-tetrahydrofolate synthase, cytoplasmic, N-terminally processed

B: C-1-tetrahydrofolate synthase, cytoplasmic, N-terminally processed

C: C-1-tetrahydrofolate synthase, cytoplasmic, N-terminally processed

D: C-1-tetrahydrofolate synthase, cytoplasmic, N-terminally processed

ヘテロ分子

139 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: C-1-tetrahydrofolate synthase, cytoplasmic, N-terminally processed

B: C-1-tetrahydrofolate synthase, cytoplasmic, N-terminally processed

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
69.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: C-1-tetrahydrofolate synthase, cytoplasmic, N-terminally processed

D: C-1-tetrahydrofolate synthase, cytoplasmic, N-terminally processed

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
69.5 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	64.973, 200.316, 240.327
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	C-1-tetrahydrofolate synthase, cytoplasmic, N-terminally processed 分子量: 33590.488 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MTHFD1, MTHFC, MTHFD / プラスミド: plasmid / 詳細 (発現宿主): pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P11586
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#3: 化合物	ChemComp-9L9 / (2S)-2-[[4-[[2,4-bis(azanyl)-6-oxidanylidene-1H-pyrimidin-5-yl]carbamoylamino]phenyl]carbonylamino]pentanedioic acid 分子量: 433.375 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₁₉N₇O₇ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 502 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.73 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: NPS, Morpheus Buffer System 2 pH 7.5, Morpheus Precipitant Mix 4

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSRRC

/ ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月27日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.99→30 Å / Num. obs: 106614 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 11.5

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 3.1 %

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.99-2.06	0.609	10612	0.601	0.866	0.402	0.733	1.039	99.6
2.06-2.14	0.448	10618	0.733	0.92	0.296	0.539	1.077	99.5
2.14-2.24	0.322	10639	0.848	0.958	0.213	0.387	1.092	99.4
2.24-2.36	0.227	10584	0.923	0.98	0.15	0.273	1.009	99.5
2.36-2.51	0.176	10731	0.95	0.987	0.117	0.212	1.051	99.7
2.51-2.7	0.124	10690	0.973	0.993	0.082	0.149	1.077	99.8
2.7-2.97	0.084	10724	0.988	0.997	0.056	0.101	1.03	99.8
2.97-3.4	0.06	10743	0.992	0.998	0.04	0.073	1.003	99.3
3.4-4.28	0.039	10628	0.996	0.999	0.027	0.048	1.059	97.8
4.28-30	0.023	10645	0.999	1	0.015	0.028	1.091	94.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.21.1_5286: ???)	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
HKL-2000	2.3.10	データ削減
MOLREP	11	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.99→27.48 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.73 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2415	5367	5.04 %
R_work	0.2006	-	-
obs	0.2026	106567	98.86 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.99→27.48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8581	0	316	502	9399

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.016
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.092
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.242	3259
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.265	1468
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1567

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.99-2.01	0.3341	162	0.3036	3279	X-RAY DIFFRACTION	98
2.01-2.04	0.3625	186	0.2878	3390	X-RAY DIFFRACTION	100
2.04-2.06	0.319	175	0.2845	3360	X-RAY DIFFRACTION	99
2.06-2.09	0.3507	158	0.2764	3381	X-RAY DIFFRACTION	100
2.09-2.11	0.3169	179	0.2711	3328	X-RAY DIFFRACTION	99
2.11-2.14	0.313	176	0.2633	3383	X-RAY DIFFRACTION	99
2.14-2.17	0.2983	190	0.2534	3379	X-RAY DIFFRACTION	99
2.17-2.21	0.2861	198	0.2446	3284	X-RAY DIFFRACTION	99
2.21-2.24	0.2725	222	0.2366	3360	X-RAY DIFFRACTION	99
2.24-2.28	0.2764	184	0.2354	3319	X-RAY DIFFRACTION	99
2.28-2.32	0.2977	177	0.2381	3386	X-RAY DIFFRACTION	99
2.32-2.36	0.2846	164	0.2355	3370	X-RAY DIFFRACTION	99
2.36-2.4	0.2771	192	0.2277	3386	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4-2.45	0.2893	174	0.2345	3385	X-RAY DIFFRACTION	100
2.45-2.51	0.2775	194	0.2256	3393	X-RAY DIFFRACTION	100
2.51-2.56	0.2941	198	0.2132	3329	X-RAY DIFFRACTION	100
2.56-2.63	0.2575	178	0.2084	3394	X-RAY DIFFRACTION	100
2.63-2.7	0.256	177	0.2097	3429	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7-2.78	0.2682	162	0.2119	3381	X-RAY DIFFRACTION	100
2.78-2.87	0.2725	172	0.2224	3382	X-RAY DIFFRACTION	100
2.87-2.97	0.236	183	0.2141	3448	X-RAY DIFFRACTION	100
2.97-3.09	0.2695	187	0.1998	3400	X-RAY DIFFRACTION	100
3.09-3.23	0.2593	168	0.204	3406	X-RAY DIFFRACTION	100
3.23-3.4	0.2402	193	0.2005	3378	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4-3.61	0.2211	180	0.1845	3371	X-RAY DIFFRACTION	98
3.61-3.89	0.2069	150	0.1764	3398	X-RAY DIFFRACTION	98
3.89-4.28	0.1851	202	0.1627	3330	X-RAY DIFFRACTION	97
4.28-4.9	0.1819	172	0.1528	3389	X-RAY DIFFRACTION	97
4.9-6.16	0.2115	153	0.1879	3432	X-RAY DIFFRACTION	97
6.16-27.48	0.1811	161	0.1586	3350	X-RAY DIFFRACTION	91

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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