PDB-9itd: Human MTHFD1 in complex with compound 16a

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9itd

タイトル

Human MTHFD1 in complex with compound 16a

要素

C-1-tetrahydrofolate synthase, cytoplasmic, N-terminally processed

キーワード

OXIDOREDUCTASE / MTHFD1 / methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

: / purine ribonucleotide biosynthetic process / formate-tetrahydrofolate ligase / formate-tetrahydrofolate ligase activity / methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NAD+) activity / methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+) / embryonic neurocranium morphogenesis / embryonic viscerocranium morphogenesis / methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase / methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.28 Å

データ登録者

Lee, L.C. / Wu, S.Y.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Development of Potent and Selective Inhibitors of Methylenetetrahydrofolate Dehydrogenase 2 for Targeting Acute Myeloid Leukemia: SAR, Structural Insights, and Biological Characterization.
著者: Chang, H.H. / Lee, L.C. / Hsu, T. / Peng, Y.H. / Huang, C.H. / Yeh, T.K. / Lu, C.T. / Huang, Z.T. / Hsueh, C.C. / Kung, F.C. / Lin, L.M. / Huang, Y.C. / Wang, Y.H. / Li, L.H. / Tang, Y.C. / ...

履歴

登録	2024年7月19日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年1月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9itd.cif.gz	235.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9itd.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9itd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9itd_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9itd_full_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示
XML形式データ	9itd_validation.xml.gz	52 KB	表示
CIF形式データ	9itd_validation.cif.gz	65.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/it/9itd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/it/9itd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9is9C 9iscC 9iseC 9islC 9isrC 9it3C 9it6C 9itaC 9iuoC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: C-1-tetrahydrofolate synthase, cytoplasmic, N-terminally processed

B: C-1-tetrahydrofolate synthase, cytoplasmic, N-terminally processed

C: C-1-tetrahydrofolate synthase, cytoplasmic, N-terminally processed

D: C-1-tetrahydrofolate synthase, cytoplasmic, N-terminally processed

ヘテロ分子

139 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: C-1-tetrahydrofolate synthase, cytoplasmic, N-terminally processed

B: C-1-tetrahydrofolate synthase, cytoplasmic, N-terminally processed

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
69.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: C-1-tetrahydrofolate synthase, cytoplasmic, N-terminally processed

D: C-1-tetrahydrofolate synthase, cytoplasmic, N-terminally processed

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
69.6 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	65.296, 200.343, 239.744
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	C-1-tetrahydrofolate synthase, cytoplasmic, N-terminally processed 分子量: 33590.488 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MTHFD1, MTHFC, MTHFD / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P11586
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#3: 化合物	ChemComp-A1L22 / (2~{S})-2-[[4-[[2,4-bis(azanyl)-6-oxidanylidene-1~{H}-pyrimidin-5-yl]carbamoylamino]phenyl]carbonylamino]-4-(1~{H}-1,2,3,4-tetrazol-5-yl)butanoic acid 分子量: 457.403 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₁₉N₁₁O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.84 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: NPS, Morpheus Buffer System 2, Morpheus Precipitant Mix 4

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSRRC

/ ビームライン: TPS 05A / 波長: 0.99984 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月5日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.99984 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.28→30 Å / Num. obs: 72243 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 9.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.28-2.36	3.1	0.584	7153	0.577	0.855	0.385	0.703	1.019	99.6
2.36-2.46	3.6	0.542	7171	0.69	0.904	0.319	0.631	1.022	100
2.46-2.57	3.8	0.426	7196	0.799	0.942	0.243	0.492	1.048	100
2.57-2.7	3.8	0.301	7221	0.888	0.97	0.172	0.348	1.099	100
2.7-2.87	3.8	0.217	7192	0.937	0.984	0.125	0.251	1.072	100
2.87-3.09	3.8	0.143	7235	0.972	0.993	0.082	0.165	1.097	100
3.09-3.4	3.8	0.091	7238	0.989	0.997	0.053	0.105	1.061	100
3.4-3.9	3.7	0.067	7271	0.992	0.998	0.04	0.078	1.075	99.8
3.9-4.91	3.7	0.044	7317	0.996	0.999	0.026	0.052	1.019	99.8
4.91-30	3.7	0.03	7249	0.999	1	0.018	0.035	1.04	95.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21.1_5286_000	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.28→26.21 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.87 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2993	3604	5 %
R_work	0.2368	-	-
obs	0.2399	72100	98.78 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.28→26.21 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8676	0	324	180	9180

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.048
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.948	3578
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	1479
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1587

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.28-2.3	0.4139	131	0.34	2226	X-RAY DIFFRACTION	85
2.3-2.33	0.3661	123	0.3369	2680	X-RAY DIFFRACTION	99
2.33-2.37	0.3801	134	0.3189	2565	X-RAY DIFFRACTION	100
2.37-2.4	0.4019	148	0.3219	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4-2.44	0.3872	134	0.3323	2621	X-RAY DIFFRACTION	100
2.44-2.48	0.3763	137	0.3132	2603	X-RAY DIFFRACTION	100
2.48-2.52	0.3763	137	0.3091	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.57	0.3703	128	0.3054	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
2.57-2.62	0.3553	148	0.2998	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
2.62-2.67	0.3382	143	0.2928	2617	X-RAY DIFFRACTION	100
2.67-2.73	0.3265	138	0.2928	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
2.73-2.79	0.3579	149	0.2918	2621	X-RAY DIFFRACTION	100
2.79-2.86	0.3619	145	0.2991	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
2.86-2.94	0.4061	151	0.2834	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
2.94-3.02	0.3256	130	0.2785	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
3.02-3.12	0.3442	151	0.2677	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
3.12-3.23	0.3338	141	0.2672	2659	X-RAY DIFFRACTION	100
3.23-3.36	0.318	132	0.2531	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
3.36-3.51	0.2927	131	0.2384	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
3.51-3.7	0.2674	149	0.2231	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7-3.93	0.3111	159	0.2195	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
3.93-4.23	0.2743	126	0.2032	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
4.23-4.66	0.2692	119	0.1824	2729	X-RAY DIFFRACTION	100
4.66-5.33	0.2343	147	0.1826	2702	X-RAY DIFFRACTION	100
5.33-6.69	0.2215	148	0.189	2673	X-RAY DIFFRACTION	98
6.69-26.21	0.1792	125	0.1458	2604	X-RAY DIFFRACTION	91

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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