PDB-9it6: Human MTHFD2 in complex with compound 16g

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9it6

タイトル

Human MTHFD2 in complex with compound 16g

要素

Bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase, mitochondrial

キーワード

OXIDOREDUCTASE / MTHFD2 / methylenetetrahydrofolate dehydrogenase 2 / 1C metabolism / mitochondria

機能・相同性

機能・相同性情報

methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NAD+) / methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NAD+) activity / methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase / methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase activity / methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+) activity / Metabolism of folate and pterines / tetrahydrofolate metabolic process / tetrahydrofolate interconversion / phosphate ion binding / folic acid metabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.04 Å

データ登録者

Lee, L.C. / Wu, S.Y.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Development of Potent and Selective Inhibitors of Methylenetetrahydrofolate Dehydrogenase 2 for Targeting Acute Myeloid Leukemia: SAR, Structural Insights, and Biological Characterization.
著者: Chang, H.H. / Lee, L.C. / Hsu, T. / Peng, Y.H. / Huang, C.H. / Yeh, T.K. / Lu, C.T. / Huang, Z.T. / Hsueh, C.C. / Kung, F.C. / Lin, L.M. / Huang, Y.C. / Wang, Y.H. / Li, L.H. / Tang, Y.C. / ...

履歴

登録	2024年7月19日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年1月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9it6.cif.gz	131.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9it6.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9it6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/it/9it6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/it/9it6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9is9C 9iscC 9iseC 9islC 9isrC 9it3C 9itaC 9itdC 9iuoC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase, mitochondrial

B: Bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase, mitochondrial

ヘテロ分子

71.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	114.849, 114.849, 113.413
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

#1: タンパク質	Bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase, mitochondrial 分子量: 34597.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MTHFD2, NMDMC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P13995, methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NAD+), methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase
#2: 化合物	ChemComp-A1L24 / (2~{S})-2-[[4-[[2,4-bis(azanyl)-6-oxidanylidene-1~{H}-pyrimidin-5-yl]carbamoylamino]-3-chloranyl-phenyl]carbonylamino]-4-(1~{H}-1,2,3,4-tetrazol-5-yl)butanoic acid 分子量: 491.849 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₁₈ClN₁₁O₅
#3: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.58 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: isopropanol, Bis-Tris pH 7.1, PEG 400

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月25日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.04→30 Å / Num. obs: 53789 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 12.2

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.04-2.11	4.2	0.473	5369	0.818	0.948	0.252	0.541	1.033	99.8
2.11-2.2	4.3	0.33	5380	0.902	0.974	0.175	0.377	1	100
2.2-2.3	4.2	0.255	5390	0.925	0.98	0.137	0.293	1.065	99.6
2.3-2.42	4.3	0.186	5418	0.966	0.991	0.097	0.212	1.007	100
2.42-2.57	4.2	0.137	5394	0.982	0.996	0.07	0.156	1.068	100
2.57-2.77	4.2	0.105	5397	0.989	0.997	0.053	0.119	1.02	99.9
2.77-3.05	4.2	0.07	5414	0.996	0.999	0.034	0.079	1.056	99.9
3.05-3.49	4.2	0.06	5409	0.996	0.999	0.028	0.067	1.039	99.6
3.49-4.39	4.1	0.048	5371	0.997	0.999	0.023	0.054	1.091	99
4.39-30	4	0.036	5247	0.998	0.999	0.018	0.04	1.097	95.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.21.1_5286: ???)	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.04→28.62 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.49 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2237	2783	5.19 %
R_work	0.1965	-	-
obs	0.198	53646	99.04 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.04→28.62 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4362	0	166	188	4716

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.917
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.521	1781
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.198	739
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	794

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.04-2.07	0.3293	163	0.2926	2472	X-RAY DIFFRACTION	98
2.07-2.11	0.3275	146	0.2654	2530	X-RAY DIFFRACTION	100
2.11-2.15	0.3096	155	0.2543	2527	X-RAY DIFFRACTION	100
2.15-2.19	0.2726	122	0.2468	2561	X-RAY DIFFRACTION	100
2.19-2.24	0.3023	142	0.2442	2572	X-RAY DIFFRACTION	99
2.24-2.29	0.3297	134	0.2706	2530	X-RAY DIFFRACTION	99
2.29-2.35	0.2597	121	0.2271	2576	X-RAY DIFFRACTION	100
2.35-2.42	0.2828	110	0.2261	2584	X-RAY DIFFRACTION	100
2.42-2.49	0.2683	160	0.2107	2524	X-RAY DIFFRACTION	100
2.49-2.57	0.2291	135	0.2181	2569	X-RAY DIFFRACTION	100
2.57-2.66	0.266	137	0.2081	2545	X-RAY DIFFRACTION	100
2.66-2.76	0.2939	148	0.2247	2559	X-RAY DIFFRACTION	100
2.76-2.89	0.2366	153	0.2115	2552	X-RAY DIFFRACTION	100
2.89-3.04	0.2125	144	0.2084	2572	X-RAY DIFFRACTION	100
3.04-3.23	0.2554	149	0.2146	2554	X-RAY DIFFRACTION	100
3.23-3.48	0.2266	158	0.1986	2535	X-RAY DIFFRACTION	99
3.48-3.83	0.2081	120	0.1851	2577	X-RAY DIFFRACTION	99
3.83-4.38	0.2057	120	0.1628	2558	X-RAY DIFFRACTION	99
4.39-5.52	0.1689	151	0.1586	2532	X-RAY DIFFRACTION	98
5.52-28.62	0.1609	115	0.1744	2434	X-RAY DIFFRACTION	92

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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