PDB-9isr: Human MTHFD1 in complex with compound 16g

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9isr

タイトル

Human MTHFD1 in complex with compound 16g

要素

C-1-tetrahydrofolate synthase, cytoplasmic, N-terminally processed

キーワード

OXIDOREDUCTASE / MTHFD1 / methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

: / purine ribonucleotide biosynthetic process / formate-tetrahydrofolate ligase / formate-tetrahydrofolate ligase activity / methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NAD+) activity / methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+) / embryonic neurocranium morphogenesis / embryonic viscerocranium morphogenesis / methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase / methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Lee, L.C. / Wu, S.Y.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Development of Potent and Selective Inhibitors of Methylenetetrahydrofolate Dehydrogenase 2 for Targeting Acute Myeloid Leukemia: SAR, Structural Insights, and Biological Characterization.
著者: Chang, H.H. / Lee, L.C. / Hsu, T. / Peng, Y.H. / Huang, C.H. / Yeh, T.K. / Lu, C.T. / Huang, Z.T. / Hsueh, C.C. / Kung, F.C. / Lin, L.M. / Huang, Y.C. / Wang, Y.H. / Li, L.H. / Tang, Y.C. / ...

履歴

登録	2024年7月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年1月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9isr.cif.gz	234.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9isr.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9isr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9isr_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9isr_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
XML形式データ	9isr_validation.xml.gz	51.6 KB	表示
CIF形式データ	9isr_validation.cif.gz	64.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/9isr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/9isr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9is9C 9iscC 9iseC 9islC 9it3C 9it6C 9itaC 9itdC 9iuoC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: C-1-tetrahydrofolate synthase, cytoplasmic, N-terminally processed

B: C-1-tetrahydrofolate synthase, cytoplasmic, N-terminally processed

C: C-1-tetrahydrofolate synthase, cytoplasmic, N-terminally processed

D: C-1-tetrahydrofolate synthase, cytoplasmic, N-terminally processed

ヘテロ分子

139 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: C-1-tetrahydrofolate synthase, cytoplasmic, N-terminally processed

B: C-1-tetrahydrofolate synthase, cytoplasmic, N-terminally processed

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
69.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: C-1-tetrahydrofolate synthase, cytoplasmic, N-terminally processed

D: C-1-tetrahydrofolate synthase, cytoplasmic, N-terminally processed

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
69.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.075, 201.469, 240.021
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	C-1-tetrahydrofolate synthase, cytoplasmic, N-terminally processed 分子量: 33590.488 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MTHFD1, MTHFC, MTHFD / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P11586
#2: 化合物	ChemComp-A1L24 / (2~{S})-2-[[4-[[2,4-bis(azanyl)-6-oxidanylidene-1~{H}-pyrimidin-5-yl]carbamoylamino]-3-chloranyl-phenyl]carbonylamino]-4-(1~{H}-1,2,3,4-tetrazol-5-yl)butanoic acid 分子量: 491.849 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₁₈ClN₁₁O₅
#3: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.99 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: NPS, Morpheus Buffer System 2, Morpheus Precipitant Mix 4

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSRRC

/ ビームライン: TPS 05A / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月26日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 52966 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 5.4 % / CC_1/2: 0.998 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.102 / R_pim(I) all: 0.046 / R_rim(I) all: 0.112 / Χ²: 1.046 / Net I/σ(I): 10.2 / Num. measured all: 283980

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.5-2.59	5.3	0.926	5002	0.546	0.84	0.418	1.02	1.009	92.5
2.59-2.69	5.1	0.662	5020	0.697	0.906	0.309	0.733	1.025	92.6
2.69-2.82	5	0.486	5078	0.803	0.944	0.228	0.539	1.012	93.3
2.82-2.96	5.4	0.345	5166	0.912	0.977	0.155	0.379	1.032	94.8
2.96-3.15	5.1	0.219	5315	0.954	0.988	0.103	0.243	1.037	97.7
3.15-3.39	5.6	0.144	5421	0.984	0.996	0.063	0.158	1.051	98.8
3.39-3.73	5.7	0.096	5441	0.991	0.998	0.043	0.105	1.071	99.3
3.73-4.27	5.6	0.067	5491	0.995	0.999	0.03	0.074	1.089	99.3
4.27-5.38	5.2	0.049	5492	0.996	0.999	0.023	0.055	1.048	98.5
5.38-30	5.5	0.037	5540	0.999	1	0.017	0.041	1.066	95.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.21.1_5286: ???)	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
HKL-2000	2.3.10	データ削減
MOLREP	11	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→30 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.9 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2637	2693	5.09 %
R_work	0.2128	-	-
obs	0.2154	52903	95.84 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8576	0	328	146	9050

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.137
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.198	3508
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.062	1475
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.013	1562

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.54	0.4101	123	0.3117	2287	X-RAY DIFFRACTION	85
2.54-2.59	0.3406	143	0.3025	2510	X-RAY DIFFRACTION	92
2.59-2.65	0.3614	111	0.2984	2577	X-RAY DIFFRACTION	93
2.65-2.7	0.3954	134	0.2983	2504	X-RAY DIFFRACTION	92
2.7-2.77	0.3563	141	0.2935	2532	X-RAY DIFFRACTION	94
2.77-2.83	0.335	122	0.2879	2560	X-RAY DIFFRACTION	94
2.83-2.91	0.343	139	0.2706	2587	X-RAY DIFFRACTION	95
2.91-3	0.3111	148	0.258	2616	X-RAY DIFFRACTION	96
3-3.09	0.3133	132	0.256	2675	X-RAY DIFFRACTION	97
3.09-3.2	0.3155	148	0.2636	2703	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2-3.33	0.3147	136	0.2465	2709	X-RAY DIFFRACTION	99
3.33-3.48	0.2579	155	0.2204	2713	X-RAY DIFFRACTION	99
3.48-3.67	0.2758	147	0.2151	2740	X-RAY DIFFRACTION	99
3.67-3.9	0.2492	160	0.2008	2729	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9-4.2	0.2418	144	0.1842	2737	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2-4.62	0.2103	161	0.1658	2774	X-RAY DIFFRACTION	99
4.62-5.28	0.2187	157	0.1663	2709	X-RAY DIFFRACTION	98
5.28-6.64	0.2311	144	0.1892	2769	X-RAY DIFFRACTION	97
6.65-30	0.1889	148	0.1533	2779	X-RAY DIFFRACTION	95

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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