PDB-9isl: Human MTHFD1 in complex with compound 16e

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9isl

タイトル

Human MTHFD1 in complex with compound 16e

要素

C-1-tetrahydrofolate synthase, cytoplasmic

キーワード

OXIDOREDUCTASE / MTHFD1 / methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

: / serine family amino acid biosynthetic process / purine ribonucleotide biosynthetic process / serine family amino acid metabolic process / formate-tetrahydrofolate ligase / formate-tetrahydrofolate ligase activity / methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NAD+) activity / methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+) / embryonic viscerocranium morphogenesis / methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.06 Å

データ登録者

Lee, L.C. / Wu, S.Y.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Development of Potent and Selective Inhibitors of Methylenetetrahydrofolate Dehydrogenase 2 for Targeting Acute Myeloid Leukemia: SAR, Structural Insights, and Biological Characterization.
著者: Chang, H.H. / Lee, L.C. / Hsu, T. / Peng, Y.H. / Huang, C.H. / Yeh, T.K. / Lu, C.T. / Huang, Z.T. / Hsueh, C.C. / Kung, F.C. / Lin, L.M. / Huang, Y.C. / Wang, Y.H. / Li, L.H. / Tang, Y.C. / ...

履歴

登録	2024年7月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年1月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9isl.cif.gz	239.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9isl.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9isl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/9isl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/9isl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9is9C 9iscC 9iseC 9isrC 9it3C 9it6C 9itaC 9itdC 9iuoC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: C-1-tetrahydrofolate synthase, cytoplasmic

B: C-1-tetrahydrofolate synthase, cytoplasmic

C: C-1-tetrahydrofolate synthase, cytoplasmic

D: C-1-tetrahydrofolate synthase, cytoplasmic

ヘテロ分子

140 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.020, 200.679, 240.140
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	C-1-tetrahydrofolate synthase, cytoplasmic / C1-THF synthase / Epididymis secretory sperm binding protein 分子量: 33721.688 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MTHFD1, MTHFC, MTHFD / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P11586
#2: 化合物	ChemComp-A1L23 / (2~{S})-2-[[4-[[2,4-bis(azanyl)-6-oxidanylidene-1~{H}-pyrimidin-5-yl]carbamoylamino]-3-chloranyl-phenyl]carbonylamino]pentanedioic acid 分子量: 467.821 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₁₈ClN₇O₇ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 350 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.81 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.09 M NPS, Morpheus Buffer System 2 pH 7.5, 42% Morpheus Precipitant Mix 4

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSRRC

/ ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2018年5月11日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.06→30 Å / Num. obs: 96188 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 13.3

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.06-2.13	3.4	0.625	9593	0.616	0.873	0.395	0.741	1.008	100
2.13-2.22	3.4	0.438	9640	0.773	0.934	0.276	0.52	1.049	100
2.22-2.32	3.4	0.311	9639	0.869	0.964	0.197	0.369	1.054	99.9
2.32-2.44	3.4	0.236	9536	0.925	0.98	0.149	0.279	1.017	99.3
2.44-2.6	3.4	0.174	9648	0.957	0.989	0.11	0.206	1.072	99.4
2.6-2.8	3.4	0.12	9629	0.977	0.994	0.076	0.143	1.014	99.8
2.8-3.08	3.4	0.079	9665	0.991	0.998	0.05	0.093	1.006	99.5
3.08-3.52	3.3	0.054	9589	0.995	0.999	0.035	0.065	1.048	98.4
3.52-4.43	3.3	0.033	9617	0.997	0.999	0.022	0.04	1.014	97.9
4.43-30	3.3	0.022	9632	0.999	1	0.014	0.026	1.058	95.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.21.1_5286: ???)	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
HKL-2000	2.3.10	データ削減
MOLREP	11	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.06→29.69 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.8 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2502	4928	5.13 %
R_work	0.2064	-	-
obs	0.2086	96156	98.77 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.06→29.69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8588	0	320	350	9258

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.01
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.032	3517
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	1470
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1571

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.06-2.08	0.3208	172	0.2992	2854	X-RAY DIFFRACTION	95
2.08-2.11	0.3444	205	0.2873	3039	X-RAY DIFFRACTION	100
2.11-2.13	0.337	145	0.2904	3025	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.16	0.335	171	0.2798	3073	X-RAY DIFFRACTION	100
2.16-2.19	0.3638	168	0.2662	3029	X-RAY DIFFRACTION	100
2.19-2.22	0.276	147	0.2601	3053	X-RAY DIFFRACTION	100
2.22-2.25	0.3155	142	0.2498	3069	X-RAY DIFFRACTION	100
2.25-2.28	0.3108	156	0.2475	3064	X-RAY DIFFRACTION	100
2.28-2.32	0.3034	151	0.2495	3055	X-RAY DIFFRACTION	100
2.32-2.36	0.3172	160	0.2489	3017	X-RAY DIFFRACTION	99
2.36-2.4	0.318	181	0.2412	3059	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4-2.44	0.2867	155	0.2484	3004	X-RAY DIFFRACTION	99
2.44-2.49	0.27	164	0.2392	3044	X-RAY DIFFRACTION	99
2.49-2.54	0.2785	174	0.2353	3028	X-RAY DIFFRACTION	99
2.54-2.59	0.2887	155	0.2299	3073	X-RAY DIFFRACTION	100
2.59-2.66	0.283	165	0.2321	3036	X-RAY DIFFRACTION	100
2.66-2.72	0.2738	178	0.2303	3067	X-RAY DIFFRACTION	100
2.72-2.8	0.2612	167	0.2203	3061	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8-2.88	0.288	175	0.2336	3034	X-RAY DIFFRACTION	100
2.88-2.97	0.311	167	0.2346	3073	X-RAY DIFFRACTION	99
2.97-3.08	0.2542	151	0.2215	3057	X-RAY DIFFRACTION	99
3.08-3.2	0.2463	146	0.218	3096	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2-3.34	0.2638	170	0.2113	3008	X-RAY DIFFRACTION	98
3.34-3.52	0.2458	170	0.2025	3024	X-RAY DIFFRACTION	98
3.52-3.74	0.229	170	0.1904	3005	X-RAY DIFFRACTION	98
3.74-4.03	0.2216	170	0.1816	3073	X-RAY DIFFRACTION	98
4.03-4.43	0.2017	184	0.1614	3036	X-RAY DIFFRACTION	98
4.43-5.07	0.2056	144	0.1617	3079	X-RAY DIFFRACTION	97
5.07-6.38	0.213	154	0.1899	3101	X-RAY DIFFRACTION	97
6.38-29.69	0.193	171	0.1644	2992	X-RAY DIFFRACTION	91

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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