PDB-9isj: Crystal structure of Klebsiella pneumoniae ZapA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9isj

タイトル

Crystal structure of Klebsiella pneumoniae ZapA

要素

Cell division protein ZapA

キーワード

CELL CYCLE / Bacterial cell division

機能・相同性

機能・相同性情報

septin ring assembly / cell septum / division septum assembly / FtsZ-dependent cytokinesis / cell division site / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Fujita, J. / Hibino, K. / Kagoshima, G. / Kamimura, N. / Kato, Y. / Uehara, R. / Namba, K. / Uchihashi, T. / Matsumura, H.

資金援助

日本, 15件

組織	認可番号	国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	JP20K22630	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	JP23K06418	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	JP24K01994	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	JP24H02277	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	JP24H02270	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	JP23K18033	日本
Uehara Memorial Foundation		日本
Nagase Science and Technology		日本
Novartis Foundation		日本
G-7 Foundation		日本
Japan Science and Technology	JPMJOP1861	日本
The Program for the R-GIRO Research from the Ritsumeikan Global Innovation Research Organization, Ritsumeikan University		日本
JEOL YOKOGUSHI Research Alliance Laboratories of Osaka University		日本
The Cooperative Research Program of the Institute for Protein Research, Osaka University	CR-22-02	日本
The Cooperative Research Program of the Institute for Protein Research, Osaka University	CR-23-02	日本

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural basis for the interaction between the bacterial cell division proteins FtsZ and ZapA.
著者: Junso Fujita / Kazuki Kasai / Kota Hibino / Gota Kagoshima / Natsuki Kamimura / Shungo Tobita / Yuki Kato / Ryo Uehara / Keiichi Namba / Takayuki Uchihashi / Hiroyoshi Matsumura /

要旨: Cell division in most bacteria is regulated by the tubulin homolog FtsZ as well as ZapA, a FtsZ-associated protein. However, how FtsZ and ZapA function coordinately has remained elusive. Here we ...

履歴

登録	2024年7月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年7月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9isj.cif.gz	60 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9isj.ent.gz	42.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9isj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9isj_validation.pdf.gz	817.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9isj_full_validation.pdf.gz	818.6 KB	表示
XML形式データ	9isj_validation.xml.gz	12.7 KB	表示
CIF形式データ	9isj_validation.cif.gz	17.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/9isj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/9isj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	60837C 9iskC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cell division protein ZapA

B: Cell division protein ZapA

ヘテロ分子

25.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cell division protein ZapA

B: Cell division protein ZapA

ヘテロ分子

A: Cell division protein ZapA

B: Cell division protein ZapA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
50.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.173, 54.173, 330.044
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

#1: タンパク質	Cell division protein ZapA / Z ring-associated protein ZapA 分子量: 12609.186 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (strain 342) (肺炎桿菌) 株: 342 / 遺伝子: zapA, KPK_0754 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B5XUC8
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.63 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2 M Sodium acetate trihydrate, 0.1 M Sodium citrate pH5.5, and 10% PEG4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→46.45 Å / Num. obs: 28055 / % possible obs: 99.84 % / 冗長度: 9 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 20.03
反射シェル	解像度: 1.8→1.86 Å / Num. unique obs: 2712 / CC_1/2: 0.872

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→46.448 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.124 / ESU R Free: 0.115 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2393	1361	4.852 %
R_work	0.2186	26691	-
all	0.22	-	-
obs	-	28052	99.868 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.009 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.008 Å²	0.004 Å²	-0 Å²
2-	-	0.008 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.025 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→46.448 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1712	0	1	132	1845

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	1727
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	1575
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.53	1.654	2322
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.807	1.55	3698
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.387	5	208
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	10.576	10	21
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.849	10	338
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.807	10	99
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	259
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2007
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.01	0.02	309
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.224	0.2	326
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.202	0.2	1345
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	880
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	1017
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.18	0.2	85
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.337	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.264	0.2	148
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.204	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.911	4.083	841
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.904	4.082	841
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.077	6.088	1046
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.083	6.095	1047
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.891	4.898	886
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.847	4.896	885
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.641	7.06	1276
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.638	7.063	1277
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.919	78.974	1952
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.875	74.744	1920

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.8-1.847	0.369	91	0.348	1896	0.349	1987	0.893	0.898	100	0.325
1.847-1.897	0.315	93	0.306	1872	0.307	1965	0.93	0.929	100	0.273
1.897-1.952	0.325	96	0.283	1824	0.285	1921	0.93	0.939	99.9479	0.241
1.952-2.012	0.273	96	0.247	1757	0.249	1854	0.954	0.958	99.9461	0.21
2.012-2.078	0.25	96	0.24	1728	0.24	1825	0.96	0.96	99.9452	0.205
2.078-2.151	0.288	86	0.237	1633	0.24	1722	0.937	0.964	99.8258	0.209
2.151-2.232	0.369	75	0.215	1628	0.221	1704	0.899	0.97	99.9413	0.187
2.232-2.323	0.26	78	0.212	1554	0.215	1632	0.956	0.971	100	0.187
2.323-2.426	0.302	68	0.222	1500	0.225	1569	0.938	0.97	99.9363	0.194
2.426-2.544	0.217	82	0.214	1434	0.214	1517	0.968	0.972	99.9341	0.199
2.544-2.681	0.231	55	0.211	1403	0.212	1462	0.964	0.972	99.7264	0.195
2.681-2.843	0.234	69	0.219	1308	0.219	1382	0.967	0.97	99.6382	0.207
2.843-3.038	0.247	54	0.231	1245	0.231	1299	0.954	0.967	100	0.231
3.038-3.281	0.259	73	0.23	1136	0.231	1209	0.954	0.968	100	0.233
3.281-3.592	0.239	51	0.219	1105	0.22	1156	0.967	0.973	100	0.229
3.592-4.013	0.238	54	0.206	974	0.208	1028	0.959	0.977	100	0.227
4.013-4.628	0.172	53	0.174	890	0.174	944	0.983	0.981	99.8941	0.211
4.628-5.654	0.207	42	0.197	765	0.198	809	0.982	0.979	99.7528	0.245
5.654-7.937	0.266	35	0.254	635	0.255	673	0.954	0.967	99.5542	0.309
7.937-46.448	0.22	14	0.221	404	0.221	429	0.961	0.964	97.4359	0.309

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)