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- PDB-9iip: Fucokinase part of FKP with beta-L-fucose 1-phosphate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9iip
タイトルFucokinase part of FKP with beta-L-fucose 1-phosphate
要素L-fucokinase/L-fucose-1-P guanylyltransferase
キーワードTRANSFERASE / fucose / kinase / beta-L-fucose 1-phosphate / product
機能・相同性
機能・相同性情報


fucokinase / fucose-1-phosphate guanylyltransferase / fucokinase activity / GDP-L-fucose salvage / nucleotidyltransferase activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
L-fucokinase / Fucose pyrophosphorylase domain / : / Galactokinase/homoserine kinase / GHMP kinase, C-terminal domain / GHMP kinases C terminal / GHMP kinase N-terminal domain / GHMP kinases N terminal domain / GHMP kinase, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
: / L-fucokinase/L-fucose-1-P guanylyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides fragilis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Ko, T.P. / Lin, S.W. / Hsu, M.F. / Lin, C.H.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
Academia Sinica (Taiwan)AS-KPQ-105-TPP 台湾
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2025
タイトル: Structural insight into the catalytic mechanism of the bifunctional enzyme l-fucokinase/GDP-fucose pyrophosphorylase.
著者: Lin, S.W. / Ko, T.P. / Chiang, H.Y. / Wu, C.G. / Hsu, M.F. / Wang, A.H. / Lin, C.H.
履歴
登録2024年6月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年3月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-fucokinase/L-fucose-1-P guanylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,1662
ポリマ－45,9211
非ポリマー2441
水3,117173
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)95.012, 120.770, 164.979
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number22
Space group name H-MF222
Space group name HallF22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x,y+1/2,z+1/2
#6: x,-y+1/2,-z+1/2
#7: -x,y+1/2,-z+1/2
#8: -x,-y+1/2,z+1/2
#9: x+1/2,y,z+1/2
#10: x+1/2,-y,-z+1/2
#11: -x+1/2,y,-z+1/2
#12: -x+1/2,-y,z+1/2
#13: x+1/2,y+1/2,z
#14: x+1/2,-y+1/2,-z
#15: -x+1/2,y+1/2,-z
#16: -x+1/2,-y+1/2,z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1151-

HOH

21A-1173-

HOH

31A-1184-

HOH

41A-1185-

HOH

51A-1187-

HOH

61A-1218-

HOH

71A-1241-

HOH

81A-1253-

HOH

91A-1258-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 L-fucokinase/L-fucose-1-P guanylyltransferase


分子量: 45921.445 Da / 分子数: 1 / 断片: fucokinase part / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides fragilis (バクテリア)
遺伝子: fkp / プラスミド: pET16b
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q58T34
#2: 糖 ChemComp-ED6 / 6-deoxy-1-O-phosphono-beta-L-galactopyranose


タイプ: L-saccharide / 分子量: 244.136 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H13O8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.26 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 3350, Trypton, HEPES, beta-L-fucose 1-phosphate, MnCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→30 Å / Num. obs: 17444 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 67.25 Å2 / CC1/2: 0.942 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 29.9
反射 シェル解像度: 2.45→2.55 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.966 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 1726 / CC1/2: 0.737 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.45→25.02 Å / SU ML: 0.2786 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.4507
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2175 872 5 %
Rwork0.1859 --
obs0.1876 17428 99.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 95.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→25.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2790 0 0 187 2977
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00212853
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.53113877
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0418435
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042497
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.85581687
LS精密化 シェル解像度: 2.45→2.61 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3586 142 -
Rwork0.3074 2706 -
obs--99.41 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.336366166212-0.0712765270306-0.2543036020250.661035403240.6283378958110.486065432423-0.2204543845010.0142430728139-0.1596783263690.3551026265-0.0919128937187-0.148896946375-0.782068306796-0.629940006607-0.02441984295030.8298949727870.015065079379-0.07186633960950.715433420083-0.08713514602530.4366861355550.567034980261-21.0216967075-31.0391966436
20.252553814466-0.197270762648-0.2664213028780.5353667104640.3749253970670.2236358823950.144196736724-0.0585449418133-0.1862708747250.0407734327184-0.2605801380890.09825078429960.310948366939-0.6063691161764.13197206466E-50.49111523779-0.1720847199060.07732168122630.677500826319-0.03977860369610.5797668625064.03522644867-32.4321566201-21.4951443142
30.1356861971-0.06003896443650.02280472852110.3097694486950.102442183740.446621350608-0.0169604916988-0.0131808388713-0.3904406215670.139010246585-0.04800980527970.784266130992-0.218246274872-1.648934426060.06466371787420.5930373179740.2162729601450.08236758334411.83330291537-0.1385212111130.743074505589-15.5529992191-25.2245232435-29.6481167758
40.2427585017990.295913144996-0.01558466187290.3612800536720.03648152348960.0352032418362-0.470667737449-0.002965248908970.2791513233070.5147318237780.419899586714-0.443233873622-0.416300790121-0.739246353544-0.03664975882370.9748755452450.477839281282-0.06102940858251.13755209188-0.2599791551110.531373652877-13.1974780122-14.1553645522-29.1866700799
50.587789780204-0.01314632028810.5296375000610.04422410112680.04332498204750.3342365993840.21518991675-0.22166913-0.17504311318-0.0220968677463-0.475761932197-0.586434384515-0.105624816598-0.839802227468-0.0009846931278170.582859121281-0.01550407928220.009507266635670.919492697652-0.07582010023820.496382091522-1.42193723271-28.6100940173-27.9870932226
60.0559205045076-0.06748660561670.007421036444880.0759939907803-0.02035362739520.0237253027468-0.451142807853-0.3153504686580.553322244920.0506147598546-0.256626581654-0.204258694547-0.830347543735-0.2113927225950.0003659119555890.937094337317-0.0165404903186-0.003369856185781.12470023465-0.1841184987280.8565281179950.183303732356-20.662344478-20.1095240991
70.203116028134-0.2076481942420.1593028128550.332646257667-0.4232041105410.373608805077-0.0846903179505-0.3754548545370.3199577425520.00528345125595-0.06043649528890.195355539979-0.0498173980726-0.4129020882835.56145953361E-50.605976126049-0.1444192316420.07085193488770.773547639114-0.09487352541420.6442543830316.01742187664-28.7975837073-14.9919597147
81.05595868595-0.4908897776720.3474557177360.623052118663-0.2872566425840.1781315653780.177339995848-0.0719822875424-0.1964071941060.171445419894-0.0476312512647-0.2034735923950.181516881179-0.0493252883993-3.51141909504E-50.651041059176-0.2918622051840.04103981484310.538732525666-0.05136379373220.64269053298114.8561117062-40.5910568546-18.4528397248
90.0929818316835-0.06600186560560.08336139966550.09447233859910.1270276306280.3637115722660.252706684448-0.676167530798-1.104163192180.487780011772-0.337850848169-0.4967025677830.3183763687150.0107100987242-0.0001865058512440.837480125267-0.2209409935750.02407620569810.5319161238230.1078413838980.68183884087916.0256467272-46.6957720801-14.400276591
100.264948975409-0.4173754543340.4068071413990.562581306425-0.5504963628760.9272040915160.5415165318030.0340884620647-0.1566968263330.110401744315-0.2189199088720.2146363020081.835127773850.2480138349240.2233946492781.00465956552-0.3957983434130.07826805681620.440982089641-0.01348207025240.86718937485710.5423042969-53.802055499-24.3699405936
110.00735032761075-0.0979414938159-0.04565215747380.0657309336720.1475596595630.830732675859-0.1295534456670.123854103911-0.108416386049-0.7180423896380.243023845941-0.4139418724050.197258621328-0.7274988027630.0004427075051630.875299234216-0.318882087266-0.07561392914280.7079162692980.02907939004120.7153013759046.53358407674-38.9728463936-33.6955625104
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 571 through 596 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 597 through 633 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 634 through 676 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 677 through 708 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 709 through 734 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 735 through 753 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 754 through 784 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 785 through 851 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 852 through 872 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 873 through 925 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 926 through 949 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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