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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 9iit | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Full length structure of FKP in complex with GTP and GDP | ||||||
Components | L-fucokinase/L-fucose-1-P guanylyltransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / fucose / ATP / GTP / kinase / pyrophosphorylase | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationfucokinase / fucose-1-phosphate guanylyltransferase / fucokinase activity / GDP-L-fucose salvage / nucleotidyltransferase activity / ATP binding Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Bacteroides fragilis (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Ko, T.P. / Lin, S.W. / Hsu, M.F. / Lin, C.H. | ||||||
| Funding support | Taiwan, 1items
| ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2025Title: Structural insight into the catalytic mechanism of the bifunctional enzyme l-fucokinase/GDP-fucose pyrophosphorylase. Authors: Lin, S.W. / Ko, T.P. / Chiang, H.Y. / Wu, C.G. / Hsu, M.F. / Wang, A.H. / Lin, C.H. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 9iit.cif.gz | 943.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb9iit.ent.gz | 652.3 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 9iit.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 9iit_validation.pdf.gz | 3.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 9iit_full_validation.pdf.gz | 3.2 MB | Display | |
| Data in XML | 9iit_validation.xml.gz | 87.4 KB | Display | |
| Data in CIF | 9iit_validation.cif.gz | 115.1 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ii/9iit ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ii/9iit | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 9iipC ![]() 9iisC ![]() 6lh3 ![]() 6lh5 C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
|---|---|
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| Unit cell |
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| Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Ens-ID: 1
|
-
Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
| #1: Protein | Mass: 107954.164 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacteroides fragilis (bacteria) / Gene: fkp / Plasmid: pET16bProduction host: ![]() References: UniProt: Q58T34 |
|---|
-Non-polymers , 7 types, 856 molecules 












| #2: Chemical | | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-MLA / | #5: Chemical | ChemComp-GOL / #6: Chemical | ChemComp-GDP / | #7: Chemical | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | Y |
|---|---|
| Has protein modification | N |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.98 Å3/Da / Density % sol: 58.7 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 / Details: 8% Tascimate, 20% PEG 3350, 15mM GTP, 15mM MgCl2 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSRRC / Beamline: BL15A1 / Wavelength: 1 Å |
| Detector | Type: RAYONIX MX300HE / Detector: CCD / Date: Oct 8, 2015 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.3→30 Å / Num. obs: 111983 / % possible obs: 98.8 % / Redundancy: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 42.37 Å2 / CC1/2: 0.918 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 22.8 |
| Reflection shell | Resolution: 2.3→2.38 Å / Redundancy: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.94 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 11074 / CC1/2: 0.696 / % possible all: 98.2 |
-
Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: PDB 6LH3 and 6LH5 Resolution: 2.3→29.15 Å / SU ML: 0.3196 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 27.093
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 66.97 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→29.15 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Bacteroides fragilis (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
Taiwan, 1items
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