PDB-9igq: Crystal structure of PPK2 class III from Erysipelotrichaceae bact...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9igq

タイトル

Crystal structure of PPK2 class III from Erysipelotrichaceae bacterium in complex with AppCH2p and polyphosphate

要素

Polyphosphate--nucleotide phosphotransferase

キーワード

TRANSFERASE / Polyphosphate Kinase / PPK2-III / NTP / EbPPK

機能・相同性

機能・相同性情報

polyphosphate kinase activity / polyphosphate metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Erysipelotrichaceae bacterium (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Rasche, R. / Lawrence-Doerner, A.-M. / Cornelissen, N.V. / Kuemmel, D.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Rsc Chem Biol / 年: 2025
タイトル: Structure-guided engineering of a polyphosphate kinase 2 class III from an Erysipelotrichaceae bacterium to produce base-modified purine nucleotides
著者: Mitton-Fry, R.M. / Rasche, R. / Lawrence-Dorner, A.M. / Eschenbach, J. / Tekath, A. / Rentmeister, A. / Kummel, D. / Cornelissen, N.V.

履歴

登録	2025年2月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年7月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9igq_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9igq_full_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示
XML形式データ	9igq_validation.xml.gz	65.8 KB	表示
CIF形式データ	9igq_validation.cif.gz	88.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/9igq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/9igq	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9igrC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Polyphosphate--nucleotide phosphotransferase

B: Polyphosphate--nucleotide phosphotransferase

C: Polyphosphate--nucleotide phosphotransferase

D: Polyphosphate--nucleotide phosphotransferase

ヘテロ分子

152 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.888, 110.734, 152.585
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	2	A
4	2	C
5	3	A
6	3	D
7	4	B
8	4	C
9	5	B
10	5	D
11	6	C
12	6	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ASN	ASN	PRO	PRO	A	A	3 - 295	3 - 295
2	1	1	ASN	ASN	PRO	PRO	B	B	3 - 295	3 - 295
3	2	2	ASN	ASN	ASP	ASP	A	A	3 - 289	3 - 289
4	2	2	ASN	ASN	ASP	ASP	C	C	3 - 289	3 - 289
5	3	3	ASN	ASN	TYR	TYR	A	A	3 - 288	3 - 288
6	3	3	ASN	ASN	TYR	TYR	D	D	3 - 288	3 - 288
7	4	4	ASN	ASN	ASP	ASP	B	B	3 - 289	3 - 289
8	4	4	ASN	ASN	ASP	ASP	C	C	3 - 289	3 - 289
9	5	5	ALA	ALA	TYR	TYR	B	B	2 - 288	2 - 288
10	5	5	ALA	ALA	TYR	TYR	D	D	2 - 288	2 - 288
11	6	6	ASN	ASN	TYR	TYR	C	C	3 - 288	3 - 288
12	6	6	ASN	ASN	TYR	TYR	D	D	3 - 288	3 - 288

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Polyphosphate--nucleotide phosphotransferase 分子量: 36625.246 Da / 分子数: 4 / 変異: I2A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Erysipelotrichaceae bacterium (バクテリア) 株: UBA9076 / 遺伝子: DHS57_05705 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A3D5XRJ5

-
非ポリマー , 8種, 1032分子

#2: 化合物	ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP 分子量: 505.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物	ChemComp-6YY / bis[oxidanyl-[oxidanyl-[oxidanyl-[oxidanyl(phosphonooxy)phosphoryl]oxy-phosphoryl]oxy-phosphoryl]oxy-phosphoryl] hydrogen phosphate 分子量: 897.794 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₁₃O₃₄P₁₁ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-BEZ / BENZOIC ACID / 安息香酸分子量: 122.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 化合物	ChemComp-A1I4D / bis[oxidanyl-[oxidanyl(phosphonooxy)phosphoryl]oxy-phosphoryl] hydrogen phosphate 分子量: 577.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₉O₂₂P₇ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1008 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.97 %
結晶化	温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: MPD 20%, sodium acetate 0.1 M, sodium chloride 0.2 M

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.976 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年9月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→48.9 Å / Num. obs: 145127 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 13.7 % / B_iso Wilson estimate: 18.53 Å² / CC_1/2: 0.998 / CC star: 0.999 / R_pim(I) all: 0.0533 / R_rim(I) all: 0.193 / Net I/σ(I): 10.76
反射シェル	解像度: 1.7→1.8 Å / 冗長度: 12.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.51 / Num. unique obs: 23262 / CC_1/2: 0.635 / CC star: 0.878 / R_pim(I) all: 0.593 / R_rim(I) all: 2.15 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.88)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→48.9 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.965 / SU B: 5.289 / SU ML: 0.083 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.101 / ESU R Free: 0.097 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1969	7180	4.968 %
R_work	0.1671	137349	-
all	0.169	-	-
obs	-	144529	99.467 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.49 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.228 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.946 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.717 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→48.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9812	0	330	1008	11150

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.012	10422
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	9576
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.211	1.873	14171
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.814	1.805	22104
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.95	5	1181
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.688	5	60
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	1.161	5	4
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.05	10	1886
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.737	10	554
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.112	0.2	1507
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	11952
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	2420
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	2043
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.155	0.2	8496
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	5026
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.073	0.2	5524
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.138	0.2	783
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.34	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.214	0.2	66
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.174	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.396	1.673	4688
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.393	1.673	4688
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.501	2.993	5863
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.501	2.994	5864
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.704	2.23	5734
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.703	2.23	5735
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.936	3.924	8302
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.935	3.924	8303
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.355	20.017	12187
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.336	19.47	11924
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.063	0.05	10017
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.083	0.05	9717
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.086	0.05	9662
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.086	0.05	9677
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.091	0.05	9646
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.077	0.05	9895

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06304	0.05008
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06304	0.05008
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08288	0.05008
2	4	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08288	0.05008
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08554	0.05008
3	6	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08554	0.05008
4	7	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08576	0.05008
4	8	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08576	0.05008
5	9	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0913	0.05008
5	10	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0913	0.05008
6	11	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07735	0.05008
6	12	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07735	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.7-1.744	0.295	543	0.292	10038	0.292	10585	0.938	0.941	99.9622	0.275
1.744-1.792	0.276	537	0.258	9822	0.259	10366	0.946	0.952	99.9325	0.24
1.792-1.844	0.264	475	0.24	9607	0.241	10094	0.951	0.959	99.8811	0.219
1.844-1.9	0.27	482	0.232	9281	0.234	9788	0.951	0.964	99.7446	0.205
1.9-1.963	0.319	490	0.278	8909	0.28	9518	0.948	0.96	98.7497	0.246
1.963-2.031	0.352	432	0.298	8480	0.301	9175	0.944	0.959	97.1335	0.251
2.031-2.108	0.31	443	0.271	8252	0.273	8892	0.957	0.966	97.7845	0.216
2.108-2.194	0.256	430	0.213	8047	0.215	8564	0.965	0.976	98.9841	0.166
2.194-2.291	0.206	394	0.166	7838	0.168	8245	0.976	0.984	99.8423	0.133
2.291-2.403	0.186	374	0.137	7472	0.139	7849	0.981	0.989	99.9618	0.114
2.403-2.532	0.175	388	0.13	7097	0.133	7487	0.982	0.99	99.9733	0.111
2.532-2.685	0.178	346	0.13	6783	0.132	7129	0.981	0.99	100	0.115
2.685-2.87	0.173	313	0.137	6371	0.139	6684	0.982	0.989	100	0.124
2.87-3.099	0.162	296	0.129	5953	0.13	6253	0.984	0.99	99.936	0.12
3.099-3.394	0.181	291	0.142	5471	0.144	5765	0.981	0.988	99.948	0.136
3.394-3.792	0.152	245	0.136	4985	0.137	5235	0.985	0.989	99.9045	0.135
3.792-4.374	0.138	233	0.121	4432	0.122	4665	0.989	0.991	100	0.128
4.374-5.347	0.142	212	0.133	3746	0.133	3962	0.989	0.991	99.899	0.145
5.347-7.517	0.207	165	0.166	2965	0.168	3143	0.976	0.984	99.5864	0.181
7.517-48.9	0.191	90	0.194	1763	0.194	1858	0.976	0.973	99.7309	0.222

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4013	0.2541	-0.0116	0.9881	0.2239	0.9443	0.0096	-0.0235	-0.0256	0.0261	-0.0118	0.1163	0.1047	-0.183	0.0022	0.0946	-0.0202	-0.0099	0.0808	0.0328	0.044	11.617	-10.2758	-2.4679
2	0.7002	-0.1325	-0.0245	0.7769	-0.1031	0.8864	0.0136	0.0169	-0.0219	-0.0024	-0.0092	-0.0992	0.0666	0.1277	-0.0045	0.0687	0.0105	0.0016	0.0532	-0.0238	0.0402	28.8051	-8.5455	-34.3005
3	0.4073	-0.2028	0.025	0.781	0.2118	0.9941	0.0269	0.0616	-0.0035	-0.0846	-0.0243	-0.0155	-0.0788	-0.0593	-0.0027	0.0621	0.0067	0.0014	0.0349	0.005	0.0022	17.3047	16.594	-36.1305
4	0.5535	-0.0026	0.1718	0.8168	-0.1626	1.1876	0.0232	-0.0437	-0.0455	0.031	0.0046	0.02	-0.0168	-0.0179	-0.0278	0.0308	0.0033	-0.0023	0.0213	-0.0035	0.0073	19.2031	16.5206	-0.3908

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	3 - 404
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	2 - 403
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	C	3 - 404
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	D	2 - 403

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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