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万見
- PDB-9i86: Enterobacteriaphage PRD1 - P12 protein filament in complex with p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9i86
タイトルEnterobacteriaphage PRD1 - P12 protein filament in complex with poly(dT) ssDNA
要素
  • Single-stranded DNA-binding protein
  • ssDNA poly(dT), 80mer
キーワードREPLICATION / SSB / Protein primed replication / Protein filament / Homooligomer / ssDNA-binding
機能・相同性nucleotide binding / DNA binding / DNA / DNA (> 10) / Single-stranded DNA-binding protein
機能・相同性情報
生物種Enterobacteria phage PRD1 (ファージ)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Degen, M. / Traeger, K.L. / Hiller, S.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss Nanoscience Institute スイス
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2025
タイトル: Structural basis for cooperative ssDNA binding by bacteriophage protein filament P12.
著者: Lena K Träger / Morris Degen / Joana Pereira / Janani Durairaj / Raphael Dias Teixeira / Sebastian Hiller / Nicolas Huguenin-Dezot /
要旨: Protein-primed DNA replication is a unique mechanism, bioorthogonal to other known DNA replication modes. It relies on specialised single-stranded DNA (ssDNA)-binding proteins (SSBs) to stabilise ...Protein-primed DNA replication is a unique mechanism, bioorthogonal to other known DNA replication modes. It relies on specialised single-stranded DNA (ssDNA)-binding proteins (SSBs) to stabilise ssDNA intermediates by unknown mechanisms. Here, we present the structural and biochemical characterisation of P12, an SSB from bacteriophage PRD1. High-resolution cryo-electron microscopy reveals that P12 forms a unique, cooperative filament along ssDNA. Each protomer binds the phosphate backbone of 6 nucleotides in a sequence-independent manner, protecting ssDNA from nuclease degradation. Filament formation is driven by an intrinsically disordered C-terminal tail, facilitating cooperative binding. We identify residues essential for ssDNA interaction and link the ssDNA-binding ability of P12 to toxicity in host cells. Bioinformatic analyses place the P12 fold as a distinct branch within the OB-like fold family. This work offers new insights into protein-primed DNA replication and lays a foundation for biotechnological applications.
履歴
登録2025年2月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Single-stranded DNA-binding protein
Y: ssDNA poly(dT), 80mer
Z: ssDNA poly(dT), 80mer
B: Single-stranded DNA-binding protein
C: Single-stranded DNA-binding protein
D: Single-stranded DNA-binding protein
E: Single-stranded DNA-binding protein
F: Single-stranded DNA-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,6078
ポリマ－148,6078
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質
Single-stranded DNA-binding protein / Protein P12


分子量: 16671.012 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage PRD1 (ファージ)
遺伝子: XII / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P17637
#2: DNA鎖 ssDNA poly(dT), 80mer


分子量: 24290.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: P12 filament bound to poly(dT) ssDNA / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage PRD1 (ファージ)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 8.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 390 nm / Cs: 2.7 mm
撮影電子線照射量: 48.7 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2PHENIX1.19.2_4158モデル精密化
11cryoSPARC4.4.1最終オイラー角割当
13cryoSPARC4.4.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称
IDImage processing-ID回転角度/サブユニット (°)軸方向距離/サブユニット (Å)らせん対称軸の対称性
1119.18427.461C1
2119.18427.461C1
3次元再構成解像度: 2.75 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 463309 / 対称性のタイプ: HELICAL
精密化最高解像度: 2.75 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0077070
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.6119714
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d15.9772678
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0511118
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0031120

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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