PDB-9i63: Synthetic Human Saposin D glycoprotein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9i63

タイトル

Synthetic Human Saposin D glycoprotein

要素

Prosaposin

キーワード

LIPID BINDING PROTEIN / glycoprotein / ligation / lipid metabolism / n-glycan

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of beta-galactosidase activity / ganglioside GM1 transport to membrane / ganglioside GM2 binding / ganglioside GM3 binding / ganglioside GP1c binding / ganglioside GM1 binding / ganglioside GT1b binding / sphingolipid metabolic process / prostate gland growth / epithelial cell differentiation involved in prostate gland development ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Weyand, M. / Unverzagt, C.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2017
タイトル: Synthetic Glycoforms Reveal Carbohydrate-Dependent Bioactivity of Human Saposin D.
著者: Graf, C.G.F. / Schulz, C. / Schmalzlein, M. / Heinlein, C. / Monnich, M. / Perkams, L. / Puttner, M. / Boos, I. / Hessefort, M. / Lombana Sanchez, J.N. / Weyand, M. / Steegborn, C. / Breiden, ...

履歴

登録	2025年1月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年4月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9i63.cif.gz	110.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9i63.ent.gz	65.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9i63.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i6/9i63 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i6/9i63	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2r0r 2r1q 2rb3 3bqp 3bqq 5u85
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #202 - 2016年10月ジペプチジルペプチダーゼ4 (Dipeptidyl Peptidase 4) 類似性 (1) #25 - 2002年1月トロンビン (Thrombin) 類似性 (1) #149 - 2012年5月レプチン (Leptin) 類似性 (1) #83 - 2006年11月フィブリン (Fibrin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Prosaposin

B: Prosaposin

ヘテロ分子

18.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Prosaposin

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
9.12 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Prosaposin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
9.21 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.440, 65.680, 42.470
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 114.498, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Prosaposin / Proactivator polypeptide 分子量: 9117.519 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P07602
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.21 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2.4 M (NH4)2SO4, 0.2 M NH4OAc, 20 mM Tris pH 7.5 / PH範囲: 7.0-7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918007 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月5日 / 詳細: Sagitally bended Si111-crystal
放射	モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.918007 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 23455 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 3.12 % / B_iso Wilson estimate: 25.765 Å² / CC_1/2: 0.987 / R_merge(I) obs: 0.091 / R_rim(I) all: 0.105 / Net I/σ(I): 13.73
反射シェル	解像度: 1.65→1.67 Å / 冗長度: 2.04 % / R_merge(I) obs: 0.423 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 659 / CC_1/2: 0.695 / R_rim(I) all: 0.569 / % possible all: 78.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.5.7	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.65→36.799 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 4.988 / SU ML: 0.072 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.089 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2011	1173	5.001 %
R_work	0.1614	22282	-
all	0.163	-	-
obs	-	23455	96.245 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.721 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.09 Å²	-0 Å²	0.587 Å²
2-	-	-0.631 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.115 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→36.799 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1203	0	5	213	1421

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	1327
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1289
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.013	1.846	1823
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.692	1.736	3017
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.888	5	180
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	3.285	5	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.688	10	239
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.234	10	58
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.104	0.2	210
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1513
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	259
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.242	0.2	335
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.19	0.2	1124
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.189	0.2	653
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.074	0.2	665
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.155	0.2	122
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.049	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.095	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.204	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.122	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.893	1.767	653
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.859	1.766	653
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.239	3.179	821
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.255	3.182	822
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.469	2.019	674
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.348	2.01	671
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.524	3.622	989
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	9.362	3.603	984
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	14.999	20.744	1623
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	13.643	18.294	1570
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	5.603	3	2616

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.65-1.693	0.3	71	0.282	1355	0.283	1787	0.972	0.979	79.7985	0.235
1.693-1.739	0.263	77	0.254	1469	0.254	1741	0.977	0.983	88.7995	0.202
1.739-1.789	0.251	83	0.217	1566	0.219	1697	0.985	0.988	97.1715	0.163
1.789-1.844	0.269	82	0.196	1558	0.2	1662	0.975	0.988	98.6763	0.144
1.844-1.905	0.246	78	0.179	1475	0.182	1578	0.977	0.988	98.4157	0.132
1.905-1.971	0.188	76	0.16	1450	0.162	1543	0.981	0.99	98.8982	0.116
1.971-2.046	0.237	74	0.149	1406	0.153	1513	0.965	0.99	97.8189	0.118
2.046-2.129	0.19	72	0.147	1365	0.149	1454	0.983	0.991	98.8308	0.123
2.129-2.223	0.209	68	0.148	1294	0.151	1368	0.971	0.99	99.5614	0.129
2.223-2.331	0.178	65	0.147	1244	0.148	1311	0.987	0.99	99.8474	0.128
2.331-2.457	0.158	63	0.136	1189	0.137	1258	0.985	0.99	99.523	0.122
2.457-2.605	0.174	59	0.138	1123	0.139	1193	0.985	0.991	99.0779	0.126
2.605-2.784	0.186	55	0.143	1051	0.146	1120	0.982	0.987	98.75	0.138
2.784-3.006	0.181	53	0.151	997	0.152	1058	0.985	0.986	99.2439	0.149
3.006-3.29	0.185	47	0.141	889	0.143	954	0.979	0.989	98.1132	0.144
3.29-3.675	0.194	43	0.147	822	0.149	885	0.975	0.988	97.7401	0.16
3.675-4.236	0.161	36	0.138	696	0.139	756	0.985	0.989	96.8254	0.152
4.236-5.171	0.219	32	0.156	593	0.159	667	0.974	0.989	93.7031	0.181
5.171-7.242	0.23	25	0.259	475	0.258	519	0.97	0.974	96.3391	0.292
7.242-36.799	0.279	14	0.213	265	0.215	305	0.948	0.979	91.4754	0.256

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