[日本語] English
万見
- PDB-9i3o: Csu pilus rod type 2 stack -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9i3o
タイトルCsu pilus rod type 2 stack
要素CsuA/B
キーワードCELL ADHESION / pili / fimbriae / Acinetobacter baumannii pili / chaperone-usher pathway / archaic chaperone-usher pili / biofilm / 3D biofilm / adhesion / pathogenesis / pilus antiparallel binding junction
機能・相同性: / Spore coat protein U / Spore Coat Protein U domain / Spore Coat Protein U domain / Spore coat protein U/FanG domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.7 Å
データ登録者Malmi, H. / Pakharukova, N. / Zavialov, A.V.
資金援助 フィンランド, 3件
組織認可番号国
Academy of Finland321762 フィンランド
Academy of Finland360760 フィンランド
Sigrid Juselius Foundation2023 フィンランド
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2026
タイトル: Antiparallel stacking of Csu pili drives Acinetobacter baumannii 3D biofilm assembly.
著者: Henri Malmi / Natalia Pakharukova / Bindusmita Paul / Minna Tuittila / Irfan Ahmad / Stefan David Knight / Bernt Eric Uhlin / Debnath Ghosal / Anton V Zavialov /
要旨: Many Gram-negative nosocomial pathogens rely on adhesive filaments, known as archaic chaperone-usher pili, to establish stress- and drug-resistant, multi-layered biofilms. Here, we uncover the ...Many Gram-negative nosocomial pathogens rely on adhesive filaments, known as archaic chaperone-usher pili, to establish stress- and drug-resistant, multi-layered biofilms. Here, we uncover the mechanism by which these pili build three-dimensional (3D) biofilm architectures. In situ analyses of Acinetobacter baumannii biofilms using electron microscopy (EM) reveal an extensive network of ultrathin, flat stacks of archaic Csu pili interconnecting bacterial cells in 3D space. Cryo-EM structures of a single native pilus, pilus pairs, and two types of multi-pilus stacks show that the pili pack into antiparallel sheets, with their rods connected laterally by junctions at their zigzag corners. This antiparallel arrangement ensures that contacts form primarily between pili from interacting cells rather than pili from the same cell. With a remarkably short helical repeat, archaic chaperone-usher pili spontaneously establish a high density of junctions that determines the biofilm's 3D architecture. Our findings may help develop new therapies against multidrug-resistant bacterial infections by targeting pilus-pilus interactions.
履歴
登録2025年1月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年12月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月17日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月17日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月17日Data content type: Additional map / Part number: 2 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月17日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月17日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月17日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月17日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月17日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月17日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12026年2月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update
改定 1.12026年2月18日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update
改定 1.22026年4月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update
改定 1.22026年4月1日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.journal_volume / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A1: CsuA/B
B1: CsuA/B
C1: CsuA/B
D1: CsuA/B
E1: CsuA/B
F1: CsuA/B
G1: CsuA/B
H1: CsuA/B
I1: CsuA/B
J1: CsuA/B
K1: CsuA/B
L1: CsuA/B
M1: CsuA/B
N1: CsuA/B
O1: CsuA/B
P1: CsuA/B
Q1: CsuA/B
R1: CsuA/B
A2: CsuA/B
B2: CsuA/B
C2: CsuA/B
D2: CsuA/B
E2: CsuA/B
F2: CsuA/B
G2: CsuA/B
H2: CsuA/B
I2: CsuA/B
J2: CsuA/B
K2: CsuA/B
L2: CsuA/B
M2: CsuA/B
N2: CsuA/B
O2: CsuA/B
P2: CsuA/B
Q2: CsuA/B
R2: CsuA/B
A3: CsuA/B
B3: CsuA/B
C3: CsuA/B
D3: CsuA/B
E3: CsuA/B
F3: CsuA/B
G3: CsuA/B
H3: CsuA/B
I3: CsuA/B
J3: CsuA/B
K3: CsuA/B
L3: CsuA/B
M3: CsuA/B
N3: CsuA/B
O3: CsuA/B
P3: CsuA/B
Q3: CsuA/B
R3: CsuA/B
A4: CsuA/B
B4: CsuA/B
C4: CsuA/B
D4: CsuA/B
E4: CsuA/B
F4: CsuA/B
G4: CsuA/B
H4: CsuA/B
I4: CsuA/B
J4: CsuA/B
K4: CsuA/B
L4: CsuA/B
M4: CsuA/B
N4: CsuA/B
O4: CsuA/B
P4: CsuA/B
Q4: CsuA/B
R4: CsuA/B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,157,01472
ポリマ－1,157,01472
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

#1: タンパク質 ...
CsuA/B


分子量: 16069.642 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Csu pilus rods are homopolymers of subunit CsuA/B. Structure depicts four Csu pilus rods forming type 2 stack architecture through antiparallel interactions.
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
株: 19096 / 遺伝子: ATCC19606_12570 / プラスミド: pBAD-Csu / Cell (発現宿主): Planktonic bacteria / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): AI / 参照: UniProt: A0A6F8TDQ5
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: 2D ARRAY / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Csu pilus rod type 2 stack / タイプ: COMPLEX
詳細: Csu pilus rods are homopolymers of subunit CsuA/B. The sample contains Csu pilus rods self-assembled into type 1 and type 2 stack architectures through antiparallel interactions. The stacks ...詳細: Csu pilus rods are homopolymers of subunit CsuA/B. The sample contains Csu pilus rods self-assembled into type 1 and type 2 stack architectures through antiparallel interactions. The stacks accumulate slowly over time as a gel-like substance at the bottom of a sample tube containing purified Csu pili.
Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 16.05974 kDa/nm / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (バクテリア) / 株: 19096 / 細胞内の位置: Outer membrane / Organelle: Outer membrane / 組織: Planktonic bacteria
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21-AI / プラスミド: pBAD-Csu
緩衝液pH: 7.4
詳細: Sample is a fraction taken from an ion exchange column elution gradient, so the NaCl concentration may vary.
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHEPESC8H18N2O4S1
2170 mMsodium chlorideNaCl1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Csu pilus rods are homopolymers of subunit CsuA/B. The sample contains Csu pilus rods self-assembled into type 1 and type 2 stack architectures through antiparallel interactions. The stacks ...詳細: Csu pilus rods are homopolymers of subunit CsuA/B. The sample contains Csu pilus rods self-assembled into type 1 and type 2 stack architectures through antiparallel interactions. The stacks accumulate slowly over time as a gel-like substance at the bottom of a sample tube containing purified Csu pili.
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 400 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 2.79 sec. / 電子線照射量: 59.848 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7941
詳細: Grid squares and holes were selected manually as the pilus stack were visible in the atlas.
画像スキャン横: 5760 / 縦: 4092

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cryoSPARCv4.5.3粒子像選択Filament Tracer and Template Picker
2EPUv3.60画像取得
4cryoSPARCv4.5.3CTF補正Patch CTF Correction
7UCSF Chimera1.15モデルフィッティングUCSF Chimera was used to fit the subunits into the map and adjust their relative angles, and it was also used to adjust map pixel spacing to match model dimensions.
8Coot0.8.9.2 ELモデルフィッティングCoot was used to adjust side chain and loop positions.
10PHENIX1.20.1_4487:モデル精密化Phenix was used to fit the type 2 stack model into the map.
11cryoSPARCv4.5.3初期オイラー角割当Homogeneous Refinement and Heterogeneous Refinement
12cryoSPARCv4.5.3最終オイラー角割当
13cryoSPARCv4.5.3分類Heterogeneous Refinement
14cryoSPARCv4.5.3３次元再構成Local Refinement
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 30605819
詳細: Two different types of Csu pilus stack architectures were solved from the same particle set. Particle picking failed to distinguish between the two, so the initial number of particles is the ...詳細: Two different types of Csu pilus stack architectures were solved from the same particle set. Particle picking failed to distinguish between the two, so the initial number of particles is the same for both stack architectures.
3次元再構成解像度: 4.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 687088
詳細: Local Refinement allowed generating a single map without individual particles flipping and settling into pseudosymmetric orientations.
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 330.69 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
詳細: UCSF Chimera was used to first fit the subunits into the single native pilus rod map (PDB Accession ID: 9I37) and average their relative angles, and it was also used to adjust pixel spacing ...詳細: UCSF Chimera was used to first fit the subunits into the single native pilus rod map (PDB Accession ID: 9I37) and average their relative angles, and it was also used to adjust pixel spacing of all maps to match model dimensions. Coot was used to adjust side chain and loop positions. A pair of antiparallel pili with subunit angles adjusted to 3-turns-per-7-subunits symmetry was overlapped with a 2D class to adjust the binding junction angle. Finally, Phenix was used to fit the type 2 stack model into the map.
原子モデル構築PDB-ID: 7ZL4

7zl4


Accession code: 7ZL4 / Chain residue range: 24-178
詳細: The initial model consisted of a single pilus rod fragment of the same type. The initial model in turn is based on a crystal structure of CsuA/Bsc with PDB accession code 6FM5.
Pdb chain residue range: 24-178 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る