PDB-9i36: Alpha-Methylacyl-CoA racemase from Mycobacterium tuberculosis in ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9i36

タイトル

Alpha-Methylacyl-CoA racemase from Mycobacterium tuberculosis in complex with decanoyl-CoA

要素

Alpha-methylacyl-CoA racemase

キーワード

ISOMERASE / CoA-transferase / epimerization / CoA-transferase family III / alpha proton exchange / homo dimer / decanoyl-CoA

機能・相同性

機能・相同性情報

alpha-methylacyl-CoA racemase / alpha-methylacyl-CoA racemase activity / acyl-CoA metabolic process / lipid metabolic process / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.08 Å

データ登録者

Mojanaga, O.O. / Acharya, K.R. / Lloyd, M.D.

資金援助

Botswana, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2025
タイトル: Molecular basis of acyl-CoA ester recognition by alpha-methylacyl-CoA racemase from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Mojanaga, O.O. / Woodman, T.J. / Lloyd, M.D. / Acharya, K.R.

履歴

登録	2025年1月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年6月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年7月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9i36.cif.gz	867.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9i36.ent.gz	698.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9i36.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9i36_validation.pdf.gz	4.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9i36_full_validation.pdf.gz	4.2 MB	表示
XML形式データ	9i36_validation.xml.gz	200.2 KB	表示
CIF形式データ	9i36_validation.cif.gz	255.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i3/9i36 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i3/9i36	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9i2tC 9i2uC 9i2vC 9i2wC 9i2xC 9i2zC 9i30C 9i31C 9i32C 9i33C 9i34C 9i35C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alpha-methylacyl-CoA racemase

B: Alpha-methylacyl-CoA racemase

C: Alpha-methylacyl-CoA racemase

D: Alpha-methylacyl-CoA racemase

E: Alpha-methylacyl-CoA racemase

F: Alpha-methylacyl-CoA racemase

G: Alpha-methylacyl-CoA racemase

H: Alpha-methylacyl-CoA racemase

I: Alpha-methylacyl-CoA racemase

J: Alpha-methylacyl-CoA racemase

K: Alpha-methylacyl-CoA racemase

L: Alpha-methylacyl-CoA racemase

ヘテロ分子

479 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Alpha-methylacyl-CoA racemase

B: Alpha-methylacyl-CoA racemase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
79.9 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Alpha-methylacyl-CoA racemase

D: Alpha-methylacyl-CoA racemase

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3

E: Alpha-methylacyl-CoA racemase

F: Alpha-methylacyl-CoA racemase

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4

G: Alpha-methylacyl-CoA racemase

H: Alpha-methylacyl-CoA racemase

ヘテロ分子

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5

I: Alpha-methylacyl-CoA racemase

J: Alpha-methylacyl-CoA racemase

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6

K: Alpha-methylacyl-CoA racemase

L: Alpha-methylacyl-CoA racemase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
79.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	276.305, 276.305, 390.677
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-543- HOH

#1: タンパク質	Alpha-methylacyl-CoA racemase / AMACR / MtMCR 分子量: 39027.125 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: mcr, Rv1143 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: O06543, alpha-methylacyl-CoA racemase
#2: 化合物	ChemComp-MFK / decanoyl-CoA / S-デカノイル補酵素A 分子量: 921.783 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₁H₅₄N₇O₁₇P₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1692 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.18 %
結晶化	温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 4 M ammonium acetate, 0.1 M Bis-Trispropane, pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.953731 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年4月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.953731 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.08→225.59 Å / Num. obs: 443965 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 27.5 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.341 / R_pim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 9.2
反射シェル	解像度: 11.39→225.59 Å / 冗長度: 25.8 % / R_merge(I) obs: 0.05 / Mean I/σ(I) obs: 40.3 / Num. unique obs: 2989 / CC_1/2: 0.998 / R_pim(I) all: 0.01 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.88)	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.08→225.587 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 5.18 / SU ML: 0.125 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.15 / ESU R Free: 0.143 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2342	22339	5.033 %
R_work	0.2018	421544	-
all	0.203	-	-
obs	-	443883	99.981 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.638 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.251 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.251 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.502 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.08→225.587 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	32457	0	708	1692	34857

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	33955
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	31841
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.874	1.81	46228
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.596	1.747	73102
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.022	5	4271
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	9.009	5	336
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	5.844	12.5	48
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.103	10	5129
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.542	10	1488
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	4998
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	41321
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	7811
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.227	0.2	7531
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.196	0.2	31210
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	16710
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	17740
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.163	0.2	1989
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.12	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.158	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.18	0.2	125
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.174	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.8	3.818	17144
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.8	3.818	17144
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.725	6.845	21395
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.725	6.845	21396
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.312	4.096	16811
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.312	4.096	16808
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.366	7.384	24833
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.366	7.384	24834
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.187	35.407	38550
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.182	35.146	38243

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.08-2.134	0.34	1595	0.334	30915	0.334	32516	0.912	0.915	99.9815	0.337
2.134-2.193	0.329	1630	0.317	30241	0.317	31880	0.923	0.927	99.9718	0.319
2.193-2.256	0.333	1585	0.297	29295	0.299	30894	0.924	0.937	99.9547	0.297
2.256-2.325	0.31	1541	0.275	28592	0.277	30140	0.934	0.949	99.9768	0.27
2.325-2.402	0.293	1545	0.26	27498	0.262	29053	0.945	0.956	99.9656	0.25
2.402-2.486	0.294	1384	0.254	26828	0.256	28215	0.944	0.959	99.9894	0.24
2.486-2.58	0.278	1366	0.236	25825	0.239	27197	0.95	0.965	99.9779	0.22
2.58-2.685	0.275	1304	0.224	25005	0.226	26314	0.953	0.969	99.981	0.203
2.685-2.805	0.264	1244	0.225	23849	0.227	25097	0.958	0.97	99.9841	0.203
2.805-2.941	0.252	1230	0.219	22919	0.221	24151	0.961	0.971	99.9917	0.196
2.941-3.101	0.256	1110	0.214	21807	0.216	22918	0.96	0.973	99.9956	0.193
3.101-3.289	0.245	1005	0.214	20761	0.216	21768	0.964	0.973	99.9908	0.196
3.289-3.516	0.249	1072	0.21	19317	0.212	20391	0.963	0.977	99.9902	0.195
3.516-3.797	0.213	989	0.18	18067	0.182	19059	0.974	0.983	99.9843	0.167
3.797-4.159	0.184	928	0.157	16601	0.158	17529	0.98	0.987	100	0.145
4.159-4.65	0.16	718	0.135	15253	0.136	15972	0.986	0.99	99.9937	0.124
4.65-5.369	0.165	674	0.136	13423	0.138	14097	0.986	0.991	100	0.126
5.369-6.575	0.182	583	0.147	11432	0.149	12016	0.984	0.99	99.9917	0.138
6.575-9.295	0.165	534	0.125	8838	0.127	9373	0.986	0.991	99.9893	0.118
9.295-225.587	0.16	302	0.159	5082	0.159	5390	0.987	0.956	99.8887	0.229

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関連情報:EMDBヘッダ

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