PDB-9i31: Alpha-Methylacyl-CoA racemase from Mycobacterium tuberculosis in ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9i31

タイトル

Alpha-Methylacyl-CoA racemase from Mycobacterium tuberculosis in complex with acetyl-CoA

要素

Alpha-methylacyl-CoA racemase

キーワード

ISOMERASE / CoA-transferase / epimerization / CoA-transferase family III / alpha proton exchange / homo dimer / acetyl-CoA / acetate

機能・相同性

機能・相同性情報

alpha-methylacyl-CoA racemase / alpha-methylacyl-CoA racemase activity / acyl-CoA metabolic process / lipid metabolic process / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.88 Å

データ登録者

Mojanaga, O.O. / Acharya, K.R. / Lloyd, M.D.

資金援助

Botswana, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2025
タイトル: Molecular basis of acyl-CoA ester recognition by alpha-methylacyl-CoA racemase from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Mojanaga, O.O. / Woodman, T.J. / Lloyd, M.D. / Acharya, K.R.

履歴

登録	2025年1月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年6月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9i31.cif.gz	885.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9i31.ent.gz	720.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9i31.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i3/9i31 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i3/9i31	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9i2tC 9i2uC 9i2vC 9i2wC 9i2xC 9i2zC 9i30C 9i32C 9i33C 9i34C 9i35C 9i36C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alpha-methylacyl-CoA racemase

B: Alpha-methylacyl-CoA racemase

C: Alpha-methylacyl-CoA racemase

D: Alpha-methylacyl-CoA racemase

E: Alpha-methylacyl-CoA racemase

F: Alpha-methylacyl-CoA racemase

G: Alpha-methylacyl-CoA racemase

H: Alpha-methylacyl-CoA racemase

I: Alpha-methylacyl-CoA racemase

J: Alpha-methylacyl-CoA racemase

K: Alpha-methylacyl-CoA racemase

L: Alpha-methylacyl-CoA racemase

ヘテロ分子

478 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Alpha-methylacyl-CoA racemase

B: Alpha-methylacyl-CoA racemase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
79.7 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Alpha-methylacyl-CoA racemase

D: Alpha-methylacyl-CoA racemase

ヘテロ分子

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3

E: Alpha-methylacyl-CoA racemase

F: Alpha-methylacyl-CoA racemase

ヘテロ分子

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4

G: Alpha-methylacyl-CoA racemase

H: Alpha-methylacyl-CoA racemase

ヘテロ分子

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5

I: Alpha-methylacyl-CoA racemase

J: Alpha-methylacyl-CoA racemase

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6

K: Alpha-methylacyl-CoA racemase

L: Alpha-methylacyl-CoA racemase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
79.7 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	276.626, 276.626, 390.302
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-568- HOH

#1: タンパク質	Alpha-methylacyl-CoA racemase / AMACR / MtMCR 分子量: 39027.125 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: mcr, Rv1143 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: O06543, alpha-methylacyl-CoA racemase
#2: 化合物	ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P²-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略) 分子量: 809.571 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₃₈N₇O₁₇P₃S / タイプ*: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1894 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.41 %
結晶化	温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 4 M ammonium acetate, 0.1 M Bis-Trispropane, pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.953731 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年4月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.953731 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.88→225.69 Å / Num. obs: 600791 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 27.5 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.209 / R_pim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 11.5
反射シェル	解像度: 10.3→225.69 Å / 冗長度: 26.3 % / R_merge(I) obs: 0.033 / Mean I/σ(I) obs: 59.2 / Num. unique obs: 3990 / CC_1/2: 1 / R_pim(I) all: 0.007 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0415	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.88→225.689 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / WR_factor R_free: 0.209 / WR_factor R_work: 0.183 / SU B: 3.882 / SU ML: 0.105 / Average fsc free: 0.9491 / Average fsc work: 0.9589 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.112 / ESU R Free: 0.112 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2342	30182	5.024 %
R_work	0.2035	570542	-
all	0.205	-	-
obs	-	600724	99.988 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.82 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.027 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.027 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.053 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.88→225.689 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	32572	0	612	1894	35078

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	34625
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	32074
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.618	1.659	47272
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.516	1.575	73644
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.945	5	4299
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	12.503	5	384
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	0.95	5	24
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.229	10	5144
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.447	10	1495
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	5125
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	41804
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	7900
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.223	0.2	7437
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.192	0.2	30656
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	16515
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	17733
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.161	0.2	2076
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.135	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.161	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.148	0.2	129
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.114	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.07	3.945	17250
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.07	3.945	17248
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.579	7.075	21512
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.579	7.076	21513
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.272	4.25	17375
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.272	4.25	17376
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.186	7.683	25759
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.186	7.683	25760
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.734	36.814	38867
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.733	36.684	38517

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.88-1.929	0.351	2255	0.345	41890	0.345	44165	0.911	0.91	99.9547	0.35
1.929-1.982	0.331	2193	0.328	40824	0.328	43023	0.916	0.919	99.9861	0.332
1.982-2.039	0.321	2233	0.301	39685	0.302	41922	0.926	0.936	99.9905	0.302
2.039-2.102	0.313	2039	0.284	38642	0.286	40694	0.932	0.944	99.968	0.282
2.102-2.171	0.298	1949	0.272	37509	0.274	39463	0.942	0.952	99.9873	0.265
2.171-2.247	0.289	1936	0.251	36282	0.252	38220	0.946	0.96	99.9948	0.238
2.247-2.332	0.282	1807	0.236	35004	0.238	36817	0.949	0.965	99.9837	0.219
2.332-2.427	0.269	1730	0.226	33818	0.228	35550	0.955	0.969	99.9944	0.206
2.427-2.535	0.271	1771	0.22	32323	0.223	34096	0.954	0.97	99.9941	0.199
2.535-2.659	0.254	1728	0.208	30872	0.211	32601	0.959	0.974	99.9969	0.189
2.659-2.802	0.249	1542	0.212	29438	0.214	30980	0.961	0.973	100	0.192
2.802-2.972	0.249	1384	0.209	28027	0.211	29412	0.962	0.974	99.9966	0.19
2.972-3.178	0.248	1441	0.217	26185	0.219	27626	0.963	0.973	100	0.203
3.178-3.432	0.238	1259	0.218	24507	0.219	25766	0.967	0.974	100	0.206
3.432-3.76	0.224	1160	0.192	22589	0.194	23749	0.971	0.981	100	0.184
3.76-4.203	0.184	1081	0.164	20497	0.165	21578	0.981	0.986	100	0.157
4.203-4.853	0.165	948	0.14	18108	0.141	19056	0.984	0.989	100	0.134
4.853-5.943	0.181	779	0.151	15411	0.153	16190	0.983	0.989	100	0.145
5.943-8.402	0.198	571	0.161	12100	0.163	12671	0.979	0.988	100	0.156
8.402-225.689	0.163	376	0.147	6833	0.147	7219	0.986	0.963	99.8615	0.179

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